Die Medline-Datenbank mit der Suchoberfläche von PubMed

Transkript

1 Die Medline-Datenbank mit der Suchoberfläche von PubMed Stand Frühjahr 2010 Bitte beachten: PubMed führt an der Suchoberfläche laufend Änderungen durch. Links zu aktuellen Hilfen und Tutorials finden Sie auf der PubMed-Startseite. Konzeption und Inhalt: Edith Motschall, Institut für Medizinische Biometrie und Medizinische Informatik, Universitätsklinikum Freiburg; Layout und Aktualisierung: Christine Pauli-Klöppinger, Paul-Ehrlich-Institut, Bundesinstitut für Impfstoffe und biomedizinische Arzneimittel, Langen

2 Einstieg in die einfache Suche Wir suchen Artikel zur Frage: Ist Akupunktur bei Migräne wirksam? Eingabe der Suchbegriffe in englischer Sprache: Acupuncture migraine

3 Einstieg in die einfache Suche Englische Suchbegriffe eingeben

4 Suchbegriff eingeben Pull down Menü mit Vorschlägen von Suchbegriffen öffnet sich entsprechenden Suchbegriff anklicken oder in die Eingabezeile eintragen. Mit Search die Suche starten.

5 Liste der gefundenen Zitate

6 Liste der gefundenen Zitate Anzeige der Zitate mit bibliografischen Angaben z.b. die eindeutige PMID (PubMed- Identifikationsnummer des Zitates) und der PubMed Komponente. Die Sortierung ist chronologisch: Das zuletzt hinzugefügte Zitat steht oben. Die Sortierung kann unter Display Settings geändert werden.

7 Liste der gefundenen Zitate PubMed-Komponente: [PubMed in process] = Zitat noch nicht verschlagwortet

8 Liste der gefundenen Zitate PubMed-Komponente: [PubMed Epub ahead of print] = elektronische Vorabveröffentlichung, noch nicht als Print erschienen

9 Liste der gefundenen Zitate PubMed-Komponente: [PubMed-indexedforMEDLINE] = verschlagwortete Zitate

10 Liste der gefundenen Zitate PubMed-Komponente: [PubMed as supplied by publisher] = vom Verlag an PubMed geschickt

11 Liste der gefundenen Zitate Anzeigeformate wählbar Filterfunktion z.b. Anzeige der kostenlos verfügbaren Artikel im Volltext Zeigt inhaltlich ähnliche Artikel an Kostenlose Artikel im PubMed Central Archiv

12 Änderung, des Anzeigeformates: Display settings anklicken Auswahl der Anzeigeformate

13 Änderung, des Anzeigeformates: Display settings anklicken Ändert Anzahl der Treffer oder Sortierung

14 Display Anzeige Insgesamt stehen 7 Anzeigeformate zur Verfügung Summary - Kurzanzeige der Treffer (Normalanzeige) Abstract enthält Titel, Autoren mit Adresse, Inhaltsangabe (abstract), Link zum Volltext und eine Übersicht über die Related articles MEDLINE mit zusätzlichen Feldern für den Export in Literaturverwaltungsprogramme wie z.b. EndNote Summary oder Abstract (text) zeigt den reinen Text im Browser an

15 , Anzeige im Abstract Format Das Abstract Format zeigt die Abstracts an, sofern vorhanden. Klickt man das + Zeichen an, werden weitere Daten angezeigt z.b. die MeSH Terms (=Medical Subject Headings) und falls vorhanden, Ändert Anzahl Publication Types. Bei einigen Zitaten der Treffer oder verweisen Sortierung Verlags-Symbole auf den vollständigen Artikel der Zeitschrift.

16 , Anzeige Publication Type und MeSH MeSH Terms = normiertes Schlagwortvokabular, welches die Inhalte der Aufsätze näher beschreibt. Überfliegen Sie die ersten Zitate. Prüfen Sie die verschlagworteten Zitate [Pub-Med indexed for MEDLINE], dadurch bekommen Sie eine Vorstellung, welche MeSH-Terms Sie für eine umfassendere Suche in den nächsten Schritten verwenden können.

17 Abstract Format mit Anzeige der Medical Subject Headings (MeSH) * kennzeichnet den Hauptaspekt des Artikels: MeSH - Major Topic

18 Nachweis des kostenlosen Volltextangebotes oder des kostenpflichtigen Verlagsangebots Volltextangebot des Verlages kostenpflichtig/lizenzpflichtig Freie Artikel in PubMed Central

19 Nachweis des Bibliotheksbestandes oder Verlagsangebotes Bestandsnachweis Bibliothek (falls die Bibliothek am Bestandsnachweis teilnimmt)

20 Tipps zur Beschaffung des kompletten Artikels im Volltext Im Display Modus Abstract sehen Sie bei einigen Zitaten ein Verlagssymbol, das direkt zum Zeitschriftenartikel führt. Der Zugang zum Volltext funktioniert nur, falls - der Volltext für alle Nutzer kostenlos ist oder - der Online-Zugang zur Zeitschrift für Ihre Einrichtung lizenziert ist und über die Erkennung der IP-Adresse läuft. Falls kein Symbol als Link zum Volltext vorhanden ist, schauen Sie in der Elektronischen Zeitschriftenbibliothek unter dem Link nach.

21 Advanced Search

22 Advanced Search Hier werden nun folgende Möglichkeiten zur Einschränkung bzw. Präzisierung der Suche angeboten: 1. Search History: listet Suchschritte auf, die in einem zweiten Schritt verknüpft werden können 2. Search Builder: Suche nach verschiedenen Kategorien z.b. Autor, Zeitschrift, Publikationsdatum 3. Limits: Eingrenzung nach Alter, Geschlecht, Publikationsdatum, Publikationstyp, Sprache 4. Details: Zeigt an, wie PubMed die Suche intern umgewandelt hat 5. More Resources: Einschränkung auf Clinical Queries, Topic Specific Queries

23 Anzeige der Search History Search history listet Suchschritte auf, die in einem zweiten Schritt verknüpft werden können. Suchen werden nach 8 Stunden Inaktivität gelöscht.

24 Details Anzeige Klicken Sie die Auswahl Details an und prüfen Sie, wie PubMed Ihre Suche intern umgewandelt hat. PubMed sucht nach einem definierten Schema dem Automatic Term Mapping.

25 Details Anzeige: Automatic Term Mapping Anzeige der tatsächlich durchgeführten Suche. Mittels Automatic Term Mapping ordnet PubMed passende MeSH-Terms zu Searchund history sucht listet zusätzlich Suchschritte wörtlich (als auf, die Textwort) in einem nach zweiten den eingegebenen Schritt verknüpft Begriffen werden in allen können. Feldern. Suchen werden nach 8 Sunden Inaktivität gelöscht

26 Einschränkung mit Limits Funktion

27 Eingrenzung der Treffer mit Limits

28 Anzeige der gewählten Limits Anzeige der gewählten Limits, diese müssen bei einer neuen Suche gelöscht werden.

29 Details Anzeige + Automatic Term Mapping Ansehen der Details und see more anklicken

30 PubMed-interne Umwandlung der Eingabe mittels Automatic Term Mapping Klicken Sie Details, um zu sehen, was gesucht wurde. PubMed ordnet automatisch nach einem definierten Schema passende MeSH-Terms zu und sucht außerdem wörtlich (als Textword) nach den eingegebenen Begriffen in allen Feldern.

31 Automatic Term Mapping Unter Search Details finden Sie die durchgeführte Suche. Diese einfache Suche ist nur als Einstieg für eine umfassendere Suche gedacht. In vielen Fällen reicht das Automatic Term Mapping nicht aus.

32 Automatic Term Mapping Ihre Suche reicht aus, sofern Sie relevante Artikel gefunden haben und kein Anspruch auf eine möglichst vollständige Suche besteht. Unter Details sehen Sie, wie PubMed Ihre Eingabe intern umgewandelt hat: 1. Passende MeSH Begriffe werden automatisch zugeordnet und gesucht. 2. Eine wörtliche Suche (als Textwort) nach den eingegebenen Begriffen in allen Feldern. Da diese Suche in vielen Fällen nicht ausreicht, verwenden Sie weitere Suchfunktionen.

33 Suche nach Schlagwörtern zum Aspekt Akupunktur in der MeSH Database Gehen Sie zur Startseite zurück. Wählen Sie die Funktion Advanced Search aus und scrollen Sie nach unten. Hier klicken Sie die MeSH Database an und geben das Schlagwort zum Aspekt Akupunktur ein. Suchbegriff acupuncture. Suchbegriffe nur für einen Aspekt (Akupunktur) eingeben. Nicht beide Aspekte (Akupunktur und Migräne) suchen.

34 Wechseln zur MeSH Database 1. Möglichkeit

35 Wechseln zur MeSH Database 2. Möglichkeit Zum Aufrufen der MeSH Database nach unten scrollen MeSH Database anklicken

36 MeSH Database

37 Suche nach Schlagwörtern zum Aspekt Akupunktur in der MeSH Database 1. MeSH Database aufrufen. 2. Suchbegriff acupuncture eingeben (Suchbegriff nur für einen Aspekt eingeben. Nicht beide Aspekte acupuncture migraine eingeben!) 3. Auf Go klicken.

38 Liste der gefundenen MeSH-Terms Hier finden Sie wichtige Informationen zum MeSH-Term: Erklärung des MeSH-Terms, Jahr der Einführung.

39 Liste der gefundenen MeSH-Terms Klicken Sie auf den ersten passenden MeSH-Term auf der Liste der vorgeschlagenen MeSH-Terms (kein Häkchen im Kasten links daneben setzen)

40 Informationen zum ausgewählten MeSH Term Hier finden Sie wichtige Informationen zu MeSH-Term: -Erklärung des MeSH-Terms - Subheadings (=Qualifiers/Teilgebiete), mit denen man den MeSH-Term eingrenzen kann - die Entry Terms (Synonyme), die automatisch gesucht werden - Previous Indexing (MeSH-Begriffe, die vor der Einführung von Acupuncture Therapy verwendet wurden - See also Verweise auf verwandte MeSH- Terms - Hierarchische Position des MeSH-Terms, spezifische Unterbegriffe

41 Informationen zum ausgewählten MeSH Term Die Unterbegriffe werden für die Suche durch die Explode-Funktion eingeschlossen, sofern man diese nicht durch Häkchen bei Do Not Explode this term deaktiviert. Durch die Explode-Funktion werden auch einige der MeSH-Terms berücksichtigt, die auf der Seite vorher vorgeschlagen wurden. Unterbegriffe

42 Informationen zum ausgewählten MeSH Term Restrict Search to Major Topic sucht den Hauptaspekt des Artikels so wird die Suche spezifischer (bei angestrebter hoher Vollständigkeit abzuraten).

43 Suche mit MeSH-Term Markieren Sie das Kästchen links neben dem MeSH-Term, um nach Acupuncture Therapy oder einem der Unterbegriffe zu suchen (interne OR-Verbindung). In diesem Fall nicht mit Subheadings eingrenzen.

44 Suche mit MeSH-Term Wählen Sie bei Send to die Möglichkeit Search Box with AND oder Search Wählen Box Sie with bei Send OR aus. to die Die Auswahl Möglichkeit von AND/OR ist beim ersten MeSH-Term egal.

45 Suche mit MeSH-Term Nach einigen Sekunden erscheint der ausgewählte MeSH-Term in der Search Box.

46 Auswahl eines 2. MeSH-Terms See also Verweise Führen Sie die Suche noch nicht durch. Beachten Sie zuerst die See Also-Verweise und Verweise auf früher geltende MeSH-Terms (Previous Indexing). Klicken Sie auf diesen, sofern er für Ihre Suche in Frage kommt. Nehmen Sie Acupuncture hinzu, indem Sie auf den Begriff klicken.

47 MeSH-Term zum Aspekt Acupuncture Es öffnet sich die Seite mit Informationen zum MeSH-Term Acupuncture. Markieren Sie das Kästchen links davon und wählen Sie bei Send to die Möglichkeit Search Box with OR aus. Hier muss es OR sein, da Literaturzitate gefunden werden sollen, die zumindest einen der MeSH-Terms Acupuncture, Acupuncture Therapy oder Unterbegriffe enthalten sollen.

48 Search Box Suche starten Search Box Mit Search PubMed verlassen Sie die MeSH-Database und starten die Suche. Falls Sie den falschen Booleschen Operator ausgewählt haben, können Sie diesen in der Search Box überschreiben. (Großbuchstaben)

49 Liste der gefundenen Zitate zum Aspekt Akupunktur (MeSH Suche) Anzeige der Zitatenliste. Sie sind nun wieder auf der PubMed- Suchoberfläche.

50 Liste der gefundenen Zitate zum Aspekt Akupunktur (MeSH Suche) Suchen Sie nun nach Schlagwörtern, mit denen der Aspekt Migräne verschlagwortet sein kann. Dazu wechseln Sie wieder zur MeSH Database über Advanced Search.

51 Suche nach MeSH-Terms zum Aspekt Migräne Suche nach migraine Klicken Sie auf den ersten passenden MeSH-Term der Liste (kein Häkchen im Kasten links daneben)

52 Eingrenzung mittels Subheadings Mittels der Subheadings (Auswahl durch Ankreuzen) suchen Sie gezielt nach Therapie oder Prävention von Migräne und nicht z.b. nach Diagnose von Migräne. Wählen Sie Search Box with OR aus oder Search Box with AND. Das ist bei nur einem MeSH Term egal.

53 Search PubMed Suche ausführen Search PubMed Suche starten.

54 Liste der gefundenen Zitate zum Aspekt Migräne (MeSH Suche) mit Eingrenzung mittels Subheadings

55 Aufrufen der History und Kombination der bisherigen Suchen: Advanced Search Sie sehen die bisherigen Suchanfragen mit der Anzahl der gefundenen Zitate (Spalte Result). Suchschritte können anders durchnummeriert sein. Lücken in der Nummerierung können vorkommen.

56 Anzeige und Kombination der bisherigen Suchen Geben Sie die Suchnummern der Suchanfragen ein, deren Ergebnisse, Sie verbinden möchten und kombinieren Sie mit dem Booleschen Operator AND (groß schreiben). Führen Sie die Suche mit Search aus.

57 Liste der gefundenen Zitate aus der Kombination von Suchanfragen Dieses Ergebnis kann man über Limits eingrenzen.

58 Limits Funktion Trefferliste eingrenzen Sind Sie nur an randomisierten Studien interessiert, wählen Sie über Limits Funktion im Kasten Type of Article das Kästchen neben Randomized Controlled Trial aus. Mit Search starten Sie die Suche.

59 Limits Funktion Trefferliste Die Trefferzahl wurde auf eine überschaubare Anzahl reduziert. Bei weiteren Suchen muss die Limits Funktion gelöscht werden!

60 Textwortsuche (1) Bei der Suche mit MeSH-Terms findet man nur verschlagwortete Artikel und sucht damit nach Literatur in der MEDLINE-Datenbank. PubMed enthält aber auch Artikel, die nicht zur MEDLINE- Datenbank gehören oder noch nicht verschlagwortet sind. Wir suchen daher in den folgenden Schritten mit verschiedenen Textwortvarianten und schließen anschließend Medline-Zitate aus, um nur unverschlagwortete Artikel zu finden. Eine Textwortsuche kann man auch für den verschlagworteten Teil als Erweiterung der Suche mit MeSH-Begriffen anwenden. Dies erhöht in der Regel den Recall, verringert aber meist die Precision.

61 Textwortsuche (2) Eingabe folgender Suchbegriffe in die Eingabezeile: acupunct*[tw] OR electroacupunct*[tw] OR electroacupunct*[tw] Durch die Trunkierung mit * berücksichtigen Sie variable Endungen. Das Feldkürzel [tw] bedeutet Textwort und sucht in den Feldern title, abstract, MeSH terms, MeSH Subheadings, Publication Types, Substance Names Die Feldkürzel werden erklärt unter Help Search Field Descriptions and Tags. Schreiben Sie die Begriffe in eine Zeile bei gemischten AND/OR Kombinationen in einer Zeile empfiehlt sich eine Klammerung (wie in der Mathematik). Sie können die Begriffe auch in einzelnen Schritten suchen und danach in der History mittels Suchnummern kombinieren. Achten Sie auf korrekte Schreibweise. Mit Search starten Sie die Suche.

62 Eingabe der Textwortsuche Limits der vorigen Suche deaktivieren

63 Trefferliste Textwortsuche Mit der Textwortsuche erhalten Sie Zitate aus dem verschlagworteten und nicht verschlagworteten Teil in PubMed.

64 Suche nach migrain*[tw]

65 History aufrufen und Suchschritte kombinieren

66 Suchschritte kombinieren

67 Trefferliste zur kombinierten Textwortsuche Dieses Ergebnis soll nun auf den nicht verschlagworteten Teil eingegrenzt werden. Dazu rufen Sie erneut die History auf.

68 Ausschließen des verschlagworteten Teils Geben Sie die Suchnummer des Suchschrittes ein, von dem der verschlagwortete Teil ausgeschlossen werden soll: #17 NOT medline[sb]. Die Suchnummer kann bei Ihnen anders sein. [sb] ist das Kürzel für Subset (Teilsegment). Mit Search starten Sie die Suche.

69 Liste der Zitate aus der Textwortsuche im nicht verschlagworteten Teil Bei dieser überschaubaren Trefferzahl ist eine weitere Eingrenzung mit dem Textwort rando* nicht zu empfehlen.

70 Ergänzende Anmerkungen Für eine umfassende Suche mit dem Anspruch, möglichst wenig relevante Zitate zu verpassen, kombiniert man in der Regel MeSH-Begriffe und Textwörter und beschränkt die Textwortsuche nicht nur auf den nicht-verschlagworteten Teil von PubMed. Schritte #19 - #24

71 Speichern/Exportieren von Zitaten Um alle Zitate in einem Import- Format für ein Literaturverwaltungsprogramm zu speichern, wählen Sie unter: Send to das Ausgabeformat Medline.

72 Speichern/Exportieren von Zitaten Apply drücken und warten

73 Daten speichern zum Import in ein Literaturverwaltungsprogramm

74 Zwischenspeichern von ausgewählten Zitaten mittels Clipboard Zitate markieren, Send to anklicken und Clipboard auswählen. Add to Clipboard klicken und die Zitate speichern.

75 Zwischenspeichern von ausgewählten Zitaten mittels Clipboard Zitate markieren, Send to anklicken und Clipboard auswählen. Add to Clipboard klicken und die Zitate speichern.

76 Aufrufen der Treffer Zitate im Clipboard gehen nach 8 Stunden Inaktivität verloren. Maximal können 500 Zitate gespeichert werden.

77 Speichern der Search History in PubMed Klicken Sie in der History auf die Trefferzahl, zu der Sie die Suchschritte speichern wollen.

78 Suchschritt 18 soll gespeichert werden Save Search anklicken

79 Einloggen in My NCBI Save Search anklicken Register for an account ausfüllen und anmelden.

80 Strategie speichern Save anklicken

81 Strategie speichern Save anklicken und speichern

82 Späterer Neustart der gespeicherten Search History Einloggen in My NCBI. Sign in anklicken

83 Unter Saved Data die Suche aufrufen Gespeicherte Suche aufrufen

84

85 Klicken Sie auf Ihre Saved Searches

86 Gespeicherte Suchen werden angezeigt Klicken Sie auf Ihre Saved Searches

87 Gespeicherte Suche wird angezeigt Anmerkung: Falls die ursprüngliche Suchstrategie aus mehreren Einzelschritten bestand, geht bei erneutem Aufruf der gespeicherten Strategie die Anzeige in Tabellenform verloren. Die gesamte Strategie wird als One- Line-Strategie mit vielen Klammerungen angezeigt. Das macht die Strategie zum nachvollziehen unübersichtlich.

88 History löschen Mit Clear History löschen Sie die komplette Suche, wenn Sie eine neue Suche starten wollen. Die History bleibt 8 Stunden erhalten.

89 Einzelne History Schritte löschen Sie können während der Suche einzelne Schritte löschen, indem Sie die Nummer des Suchschrittes anklicken und Delete wählen. Schritte, die sich darauf beziehen, werden allerdings nicht automatisch mit gelöscht.