Auswahl und Präparation geeigneter Einkristalle, Tests zur Qualitätsbestimmung, Mess-Strategien, Integration von IPDS- und D8-Daten, Datenkorrekturen

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1 Übersicht: Tag 1: Grundlagen der Röntgenbeugung Tag 2: Auswahl und Präparation geeigneter Einkristalle, Tests zur Qualitätsbestimmung, Mess-Strategien, Integration von IPDS- und D8-Daten, Datenkorrekturen Tag 3: Strukturlösung mittels Direkter Methoden, einfache Strukturverfeinerungen Tag 4: Verfeinerung komplexer Strukturen und Behandlung verschiedener Probleme Tag 5: Zwillingsintegration, Zwillingsverfeinerung

2 2. Auswahl und Präparation von geeigneten Einkristallen 2.1 Auswahl Morphologie Tracht / Habitus: Tracht: Kombination von Würfel {100} mit Oktaeder {111} würfeliger Habitus oktaedrischer Habitus. Kristalle, die zwar gut kristallin sind, aber die wegen bestimmter Bedingungen während der Wachstumsphase keine ideomorphe Form entwickeln konnten, nennt man xenomorph. Nicht Kartoffeln. Kristalle bilden immer konvexe Polyeder aus. Einspringende Ecken und Kanten weisen auf Verwachsungen und Verzwilligungen hin. Beim Zerdrücken brechen die Kristalle mit etwas Glück an den Verwachsungsgrenzen ein einkristalline Domänen. SiO2: Japaner-Zwilling Gips: SchwalbenschwanzZwilling HgS: revers-obvers-zwilling polysynthetischer Saphir

3 2. Auswahl und Präparation von geeigneten Einkristallen 2.1 Auswahl optische Eigenschaften Auch wenn die äußere Form in Ordnung zu sein scheint, kann es sich um eine Verwachsung oder einen Mehrling handeln. Ein guter Test ist die Ansicht unter dem Polarisationsmikroskop. Bei nicht-kubischen Kristallen gibt es eine optische Anisotropie. Der Brechungsindex, die Doppelbrechung und die Polarisation sind richtungsabhängig. Zwei gekreuzte Polfilter löschen das Licht vollständig aus. Bringt man eine optisch anisotrope Substanz in allgemeiner Orientierung zwischen die Polfilter, drehen sie die Polarisationsebene des Lichts. Damit ist das Licht, das durch den zweiten Polfilter fällt nicht mehr genau um 90 gedreht und wird daher nicht vollständig ausgelöscht. Der Kristall leuchtet. Dreht man den zweiten Polfilter ( Analysator ), kann man den Drehwinkel bestimmen, bei dem der Kristall dunkel erscheint. So kann man die optischen Achsen finden und ausmessen. Gibt es Domänen unterschiedlicher Orientierung, dreht jede Domäne um einen anderen Betrag und zeigt dann eine andere Helligkeit oder auch Farbe. Ein Einkristall zeigt eine Auslöschung des polarisierten Lichts bei einem einheitlichen Winkel.

4 2. Auswahl und Präparation von geeigneten Einkristallen 2.1 Auswahl optische Eigenschaften Boracit, α-(mg,fe)3[cl B7O13] BaFe2As2 PbCl2

5 2. Auswahl und Präparation von geeigneten Einkristallen 2.1 Auswahl optische Eigenschaften Ein undurchsichtiger Kristall ist schwieriger zu beurteilen. Man geht hier meist nur nach der Gestalt des Kristalls. Anzeichen für schlechte Kristalle: einspringende Kanten und Ecken gestreifte Flächen beim Brechen zerbröseln die Kristalle statt glatt zu brechen inhomogene Auslöschung / Farben unter gekreuzten Polarisatoren Wenn man drei schlechte Kristalle aus ein und demselben Ansatz präpariert hat, sind die Chancen groß, dass die anderen auch schlecht sind. Manchmal ist man schneller, wenn man die Kristallisationsbedingungen in einem neuen Versuch optimiert.

6 2. Auswahl und Präparation von geeigneten Einkristallen 2.2 Präparation Aufkleben auf Glasfäden Im einfachsten Fall ist der Kristall luftstabil, nicht hygroskopisch und nicht reaktiv gegenüber Klebstoff. Dann kann man den Kristall aufkleben auf einen nicht zu dünnen (!) Glasfaden. Optimal: Suboptimal:

7 2. Auswahl und Präparation von geeigneten Einkristallen 2.2 Präparation Micromounts, Microgripper Wenn die Kristalle gegenüber Luft stabil sind, kann man sie mit Hilfe von Paraffinöl oder perfluoriertem Polyetheröl auf Micromounts oder Microgrippern präparieren. Vorsicht: schwere Kristalle können runterfallen oder sich in ungünstigen Fällen bewegen! In Micromounts können die Kristalle ganz gut arretiert werden. Abhilfe schafft bei Microgrippern eine Tieftemperaturmessung, weil das Öl dann fest wird. Für Micromounts gibt es relativ dicht schließende Plastikkappen. Wenn man unter Argon präpariert, sind mit Kappen versehene Kristalle zumindest während der Messdauer geschützt.

8 2. Auswahl und Präparation von geeigneten Einkristallen 2.2 Präparation Kapillaren in der Glovebox Empfindliche Kristalle müssen in Kapillaren eingeschmolzen werden. Wer möchte, kann Kristalle an einer Glovebox mit Mikroskop präparieren. Das ist nicht ganz ohne, weil man dicken Handschuhe hat und in trockener Argon-Atmosphäre eine statische Aufladung schnell passieren kann. Die Kristalle kleben dann gerne an irgendwelchen Stellen... Ein Einkristall in der Probe wird ausgewählt und dann mittels eines Glasfadens in die Kapillare geschoben. ZumTransfer des Kristalls in die Kapillare kann man den Kristall mit einem Glasfaden, der an der Spitze etwas Schlifffett hat (nicht zu viel!), berühren. Der Kristall muss dann so weit in die Kapillare geschoben werden, bis er richtig verkeilt ist. Dann wird abgeschmolzen und idealerweise die Stelle, an der der Kristall in der Kapillare sitzt, mit einem Stift markiert.

9 2. Auswahl und Präparation von geeigneten Einkristallen 2.2 Präparation Kapillaren mit Öl Auch empfindliche Proben können unter dem normalen Mikroskop präpariert werden. Man bringt die Probe unter getrocknetem Öl (Paraffin, perfluoriertes Polyetheröl) aus der Glovebox an Luft. Unter Öl halten sie sich bis zu einigen Tagen. Eine getrocknete Kapillare wird mit Öl befüllt (Öl in den Napf, unten die Spitze abknipsen, warten, bis das Öl einmal ganz durchgelaufen ist, unten wieder zuschmelzen). Man wählt einen Kristall aus und transferiert ihn (am besten mit einer feinen Pinzette) in die Kapillare, lässt ihn so weit absinken, wie's geht und schiebt ihn dann mit einem Glasstab so weit, dass er steckenbleibt. Ist der Kristall farblos, sieht man ihn evtl. im Öl schlecht oder gar nicht. Dann kann man unter gekreuzten Polarisatoren präparieren, wo er dann leuchtet.

10 2. Auswahl und Präparation von geeigneten Einkristallen 2.2 Präparation Wichtig beim Präparieren und Abgeben von Kristallen: Die Zeit, die man investiert, um einen wirklich guten Kristall auszuwählen, rentiert sich doppelt und dreifach, weil sie Test- und Messzeit spart! Bitte gebt Euch Mühe bei der Auswahl der Kristalle, die ihr präparieren wollt! Eine Einkristallstrukturbestimmung kann nur so gut werden, wie es der Kristall erlaubt. Ein Kristall, der sich während der Messung bewegt, ist vollkommen unbrauchbar! Hat man eine Probe, die besonders empfindlich ist (luft-, feuchtigkeits-, temperaturempfindlich), sollte man vorher Bescheid geben, damit das Diffraktometer auch zeitnah frei ist und evtl. die Kühlung an ist. Stäbchen- oder Plättchenförmige Kristalle möglichst schief aufkleben oder arretieren, damit (vor allem am IPDS) keine spezielle Orientierung des Kristalls bestimmte Reflexklassen (typischerweise 00l) verhindert. Bei Problemfällen darauf hinweisen, dann kann man reagieren. Bitte für Messungen immer angeben, welche Elemente drin sind, wenn möglich auch eine Summenformel. Probennummer XY123 ist nicht hilfreich. Bekannte zu erwartende Phasen mit Gitterkonstanten dazu angeben! Sonst muss man jedes Mal rückfragen, ob die gefundene Zelle auch interessant ist und gemessen werden soll.

11 2. Auswahl und Präparation von geeigneten Einkristallen 2.2 Präparation Wichtig beim Präparieren und Abgeben von Kristallen: Kristallgröße: Der Durchmesser des Röntgenstrahls am D8 ist ca. 100 µm. Die Kristalle sollten deswegen nicht größer sein. Am IPDS dürfen die Kristalle durchaus bis 500 µm groß sein, hier ist der Kollimator auswechselbar. Absorptionskoeffizient: Ein Kristall, der nur aus Leichtatomen besteht, hat ein geringes Streuvermögen. Hier sollten größere Kristalle präpariert werden. Von Strukturen mit schwere Atomen sollten kleine Kristalle präpariert werden. Kristalle, die Elemente mit starker Resonanzabsorption (K-Kante)haben, erzeugen hohen Untergrund (siehe folgende Tabelle). Hat man mit MoKα inkompatible Elemente, sollte man in AgKα messen. Elementarzellvolumen: Die Intensität der Streustrahlung ist umgekehrt proportional zum Volumen der Elementarzelle. Ein kleiner Kristall mit großen Gitterkonstanten ergibt ein schwaches Beugungsbild.

12 2. Auswahl und Präparation von geeigneten Einkristallen 2.2 Präparation In CuKα besonders ungünstig: Co, Fe, Mn, Cr, V, Ti, Sc, In MoKα besonders ungünstig: Y, Sr, Rb, Br, Se, As,...

13 2. Auswahl und Präparation von geeigneten Einkristallen 2.3 Qualitätstest Wir haben eine Laue-Kamera. Bitte benutzt die. Auf dem IPDS dauert ein Test, ob der Kristall was taugt, etwa h. Wenn man vorher schon die dümmsten Dinger aussortiert hat, kann man eine Menge Zeit und Nerven sparen. Auf dem D8 geht ein Test viel schneller, ca. 15 Minuten. Trotzdem: vier Kristalle zu checken, von denen man durch einfache Laue-Aufnahmen schon gesehen hätte, dass sie Mist sind, kosten einen Operateur eine Stunde Arbeit. Mehrere Kristalle von ein und derselben Substanz abzugeben, macht nur dann Sinn, wenn die sich mophologisch oder durch Farbe etc. unterscheiden. Dreimal denselben Mist macht keinen Sinn. Ideal wäre es, wenn die Laue-Aufnahmen beim Operateur vorliegen vor Beginn der eigentlichen Messung am Diffraktometer. Orientierte Laue-Aufnahmen wären natürlich schön, sind aber nicht wirklich notwendig.

14 2.4 Mess-Strategien Dinge, die man überlegen muss, wenn man Einkristallmessungen startet: Symmetrie: Je nach Laueklasse müssen unterschiedlich große Bereiche der Ewaldkugel gemessen werden, um alle zugänglichen Informationen wenigstens einmal gemessen zu haben. Friedel'sches Gesetz: F2(h, k, l) = F2(-h, -k, -l) ½ Ewaldkugel enthält auch im Triklinen alle Information. Die Laueklasse definiert die asymmetrische Einheit im Reziproken Raum (der Teil, in dem sämtliche Information einmal enthalten ist): Man versucht, eine mittlere Redundanz von ca. 5 zu erhalten. Dann kann man über die Mittelung der Intensitäten symmetrieäquivalenter Reflexe z. B. Rint verlässlich angeben.

15 2.4 Mess-Strategien Dinge, die man überlegen muss, wenn man Einkristallmessungen startet: Abstand Kristall Detektor: Aus der Ewald-Konstruktion sieht man, dass der Abstand eines Flächendetektors mit gegebenem Durchmesser darüber entscheidet, welche Bereiche des Beugungsbilds noch detektiert werden. Je näher der Detektor am Kristall ist, desto höhere Beugungswinkel werden noch aufgenommen. Aber gemäß dem Strahlensatz liegen die Reflexe dann auch näher beieinander und können evtl. nicht mehr aufgelöst werden. Große Gitterkonstante(n) eng beieinander liegende Reflexe lieber großen Detektorabstand wählen guter Streuer noch viele gute Intensitäten bei hohen Beugungswinkeln lieber kleinen Abstand

16 2.4 Mess-Strategien Dinge, die man überlegen muss, wenn man Einkristallmessungen startet: Schwenkwinkel: Wenn man den Schwenkwinkel zu klein wählt, sind bei kleinen Gitterkonstanten wenige bis gar keine Reflexe auf den einzelnen Aufnahmen. Wählt man ihn zu groß, können so viele Reflexe auf einer Aufnahme sein, dass sie überlappen. Begrenzende Faktoren für den Schwenkwinkel: niedrige Symmetrie (= hohe Anzahl zu erwartender Reflexe) große Gitterkonstanten (= geringer Reflexabstand) geringer Detektorabstand (= geringer Reflexabstand) keine Auslöschungsbedingungen (= hohe Anzahl zu erwartender Reflexe) kurze Wellenlänge (Radius der Ewald-Kugel = 1/λ) Kleine Schwenkwinkel (< 1 ) führen dazu, dass die Reflexe auf mehreren Aufnahmen sind. Sie werden in Scheibchen geschnitten. Man benötigt mehr Aufnahmen, hat aber Intensität und Reflexposition besser bestimmt.

17 2.4 Mess-Strategien Dinge, die man überlegen muss, wenn man Einkristallmessungen startet: Auflösung: Plattenabstand und Plattenradius zusammen mit der Wellenlänge entscheiden darüber, wie groß der maximale Beugungswinkel und damit, wie hoch indiziert die Reflexe sein können. Eine hohe Auflösung bekommt man mit vielen, gut bestimmten Hochwinkel-Intensitäten. Dann wird die Elektronendichtekarte so detailliert, dass man z. B. H-Atome erkennen kann.

18 2.4 Mess-Strategien Dinge, die man überlegen muss, wenn man Einkristallmessungen startet: Redundanz und Vollständigkeit: Je mehr symmetrieäquivalente Daten ich sammle, desto höher ist durch die Mittelung über redundante Informationen die Präzision der Daten. Außerdem kann man über ein und denselben Reflex hkl der in verschiedenen Gegenden der Ewald-Kugel beobachtet wurde, Aussagen über die Kristallgestalt machen und darauf eine Absorptionskorrektur begründen. Hohe Redundanz bedeutet natürlich auch lange Messdauern. Die Vollständigkeit sagt aus, wieviele der aufgrund der Mess-Strategie zu erwartenden Reflexe auch tatsächlich beobachtet wurden.

19 2.5 Integration und Korrektur A) Indizierung, Metrik, Orientierungsmatrix Entweder aus einem Satz von ca Testaufnahmen oder aus dem gesamten Datensatz nach einer Messung wird eine Suche der Reflexpositionen gestartet. Man wählt dazu nicht alle Reflexe, sondern diejenigen oberhalb eines Intensitätsschwellwertes, z. B. I > 6σ(I), aus. Aus diesen Positionen wird ein Bravais-Gitter bestimmt. Strategie: die kürzesten und die häufigsten Vektoren zwischen Reflexen werden bestimmt (Difference Vectors). Die Software des IPDS erlaubt nun die Indizierung mit einem schlauen graphischen Trick.

20 2.5 Integration und Korrektur A) Indizierung, Metrik, Orientierungsmatrix Die Differenzvektoren werden auf eine Äquatorebene projiziert. Sich wiederholende Richtungsvektoren ergeben eine Linie. Wählt man drei Linien aus, die sich nicht in einem gemeinsamen Punkt schneiden, hat man damit einen Satz von drei linear unabhängigen Vektoren. Entlang dieser drei Linien erkennt man die regelmäßigen Abstände der n-fachen Vielfachen des kleinsten Vektors im reziproken Raum. Die zugehörige reale Länge wird angegeben. Sie muss nicht direkt einer Gitterkonstante entsprechen. Aus drei Vektoren wird dann (Volumenminimierung, Suche nach 90 - oder 120 -Winkeln, Zentrierungsanalyse) das Bravais-Gitter gemacht. Hat man eine sinnvolle Elementarzelle indiziert, kennt man die hkl-indizes aller Reflexe. Und man kennt auch die Orientierung des Reziproken Gitters relativ zum Primärstrahl, also wie der Kristall auf dem Diffraktometer steht (Orientierungsmatrix).

21 2.5 Integration und Korrektur B) Datenkorrekturen: Lorentzkorrektur Die Bahngeschwindigkeit eines Reflexes durch den Detektor hängt von seinem Breitengrad auf der Ewald-Kugel ab. Die Verweilzeit eines Reflexes in Reflexionsstellung ist also nicht für alle Reflexe dieselbe und muss korrigiert werden. Der Korrekturfaktor L ist proportional zur Zeit, die der Reflex in Beugungsposition ist. Bei konstanter Winkelgeschwindigkeit ω und einer Lineargeschwindigkeit von v = r* ω erhält man die Komponente vn entlang r der Ewald-Kugel: vn = r* ω cos θ. Daraus folgt mit der Bragg'schen Gleichung: r* = 1/d = (2 sin θ) / λ vn = ω/λ sin θ cos θ und damit L = ω / (λ vn) = 1 / (sin θ cos θ) = (sin 2θ) 1 L ist damit + (für θ = 0 ), 1 (θ = 45 ) und + (θ = 90 ).

22 2.5 Integration und Korrektur B) Datenkorrekturen: Polarisationskorrektur Einfacher Fall: zirkularpolarisierter Primärstrahl Die Amplitude A kann zerlegt werden in A und A. Ihr Verhältnis ist 1:1. wird durch die Beugung nicht verändert, von bleibt nur die Komponente in Ausfallsrichtung erhalten: cos 2θ = (Ankathete) / (Hypothenuse) = Aaus / Aein. Wegen Iaus = Aein2 folgt für die senkrechte Komponente: Iaus = Iein cos22θ und wegen dem unveränderten A ergibt sich der Polarisationskorrekturfaktor insgesamt zu p = (1 + cos22θ) / 2 p = 1 bei θ = 0, 90 und 180, 0.5 bei θ = 45 usw.

23 2.5 Integration und Korrektur B) Datenkorrekturen: Polarisationskorrektur In der Realität ist das allerdings komplizierter, weil der Primärstrahl durch den Monochromatorkristall oder Göbelspiegel bereits teilpolarisiert ist. Das kompliziert die Formel für p gewaltig. Die hängt also vom Diffraktometer ab und daher muss die Polarisationskorrektur immer auf dem Diffraktometer gemacht werden, auf dem gemessen wurde! Man fasst Lorentz- und Polarisationskorrektur häufig zusammen mit dem Korrekturfaktor Lp = (1 + cos22θ) / (2 sin 2θ) Wegen Fobs = Iroh 1 / (LpA) werden durch diese Korrektur die Hochwinkeldaten relativ zu den Kleinwinkeldaten verstärkt.

24 2.5 Integration und Korrektur B) Datenkorrekturen: Absorptionskorrektur Absorption geschieht bei der Röntgenbeugung durch elastische (Rayleigh) oder inelastische Streuung (Compton) und durch Ionisation. Korrektur erfolgt pauschal über das Labert-Beer'sche Gesetz: A = e µd A hängt ab vom Massenschwächungskoeffizienten µ der enthaltenen Elemente und ist von der Ordnungszahl abhängig: A ~ Z4 A hängt auch von der Wellenlänge der Strahlung ab: A ~ λ3 A hängt von der Weglänge, die der Strahl durch den Kristall zurücklegt, ab: A~d

25 2.5 Integration und Korrektur B) Datenkorrekturen: Absorptionskorrektur Verschiedene Methoden der Absorptionskorrektur können verwendet werden. 1.) Sphärische Korrektur: der Kristall ist zur Kugel geschliffen, die Absorption damit isotrop. Nur µ und r müssen bekannt sein. 2.) Numerische Korrektur: der Kristall hat indizierte Flächen und seine Orientierung auf dem Diffraktometer ist bekannt. Es kann über alle Volumeninkremente addiert werden. 3.) Empirische Korrektur: mittels ψ-scans einiger ausgewählter Reflexe wird die Form des Kristalls vermessen (4Kreis-Diffraktometer) 4.) Semiempirische Korrektur: Ähnlich wie mit ψ-scans kann anhand mehrfach gemessener Symmetrieäquivalenter die Kristallform abgebildet werden. Dazu braucht man hohe Redundanzen!

26 2.5 Integration und Korrektur von IPDS-Daten Beispiel für eine Integration von IPDS1-Daten: MW14K5M (Cs9AlO4), Beispieldatensatz 10 Import der Daten in die IPDS2-Software X-Area (*.TRA und *.CRS benötigt, *.xi und *.x) Öffnen des neuen files MW14K5M.x (1) Crystal Parameters eingeben, wenn bekannt. Ist aber nicht zwingend notwendig. Sobald eine Elementarzelle bestimmt wurde, steht die automatisch hier drin. (2) Peak/Cell Find Peaks. (3) Run list(s) auswählen Fehlermeldung ignorieren (4). Ggf. mit Rescale die Grauwerte so anpassen, dass man das Beugungsbild gut sieht (5, 6). Links unten gibt s Knöpfe > und <, mit denen man durch die Frames scrollen kann. Peak search starten mit default Min I/Sigma = 6 Search: Start (7) Peak List speichern (8-10). Peak/Cell Recipe / Index / Refine. Mit X(+), Y(+), Z(+) kann man die Ewald-Kugel drehen (11), bis man eine spezielle Blickrichtung hat (12). Gutes Analysetool! Sollte man standardmäßig machen, man sieht Probleme sofort. Select z. B. mit I/Sigma Range nur die schwachen Reflexe auswählen (0.0, 10.0) Delete Undelete alle wieder da. Rechter Mausklick ins Bild: Auswahl aufgehoben (blau: ausgewählte Reflexe) (13) Index Directions drei sich nicht in einem Punkt schneidende Linien auswählen (14). Die Maxima genau einstellen (15), dann die Zelle auswählen (16). Unter Matrix kann man verschiedene Möglichkeiten, die man vergleichen will, an- und ausschalten. Mit Display View Direction kann man entlang einer Richtung schauen (17, 18). Analyse: sind alle Reflexe erschlagen? Macht die Zelle Sinn? Cell Refine: Gitterparameter verfeinern. Index Tolerance = hkl ± 0.2 default. Nach Refine New HKL. Dann Refine crystal displacement anhäkeln, nochmal verfeinern (19, 20).

27 2.5 Integration und Korrektur von IPDS-Daten Screenshots:

28 2.5 Integration und Korrektur von IPDS-Daten Screenshots:

29 2.5 Integration und Korrektur von IPDS-Daten Screenshots:

30 2.5 Integration und Korrektur von IPDS-Daten Beispiel für eine Integration von IPDS1-Daten: MW14K5M (Cs9AlO4), Beispieldatensatz 10 Integrate (big mask, wer will). Domain auswählen (für Zwillinge wichtig), Overlap check ggf. anpassen, bei Control Reflections sollten Max immer ca. 4x mehr sein als Min. I/sigma limit default 6 ist ok (21). OK Fehlermeldung ignorieren. Graphic Kontrast anpassen, damit man das Beugungsbild gut sieht (22, 23). Optimisation: Integrationsprofile automatisch optimieren. Default-Einstellungen sind ok Start. (24, 25) Sollten die Profile nicht gut aussehen, kann man die Parameter unter Simulation von Hand nachjustieren (26). Ist ein großer Overlap unvermeidlich, kann man mehr erlauben, wenn man unter Parameters den Overlap check hochsetzt. Integrate Integration mit den optimierten Reflexprofilen startet. Wenn man bemerkt, dass die Integration falsch läuft: Stop drücken, Werte verbessern, neu starten. Wichtige Indikatoren: Cell volume (sollte konstant sein), Mean Chi (sollte nicht kontinuierlich ansteigen). Mean Intensity und Control Reflections sollten parallel zueinander laufen und können stark schwanken (27). Nach der Integration werden die Gitterkonstanten aus allen Kontrollreflexen neu verfeinert: Peak/Cell Recipe / Index / Refine Postrefine (28) Cell Refine / New HKL (29) Die Gitterkonstanten stehen danach automatisch in den Crystal Parameters (Edit Crystal Parameters). Wenn man jetzt das Programm schließt, hat man ein hkl-file, das Lorentz- und polarisationskorrigiert ist. Jetzt kann man schon rechnen. Weiß man Summenformel und Z, macht man die Absorptionskorrektur.

31 2.5 Integration und Korrektur von IPDS-Daten Screenshots:

32 2.5 Integration und Korrektur von IPDS-Daten Screenshots:

33 2.5 Integration und Korrektur von IPDS-Daten Beispiel für eine Integration von IPDS1-Daten: MW14K5M (Cs9AlO4), Beispieldatensatz 10 Absorptionskorrektur Extras X-Red32 Open File Crystal Parameters (30). Hier ein richtiges (!) Z und die Summenformel eingeben. Mit den Werten der Dichte und µ überprüfen! Unter E-Statistics kann man schön die Wilson-Statistik graphisch analysieren (31). Space Group macht gute Vorschläge (32) schöne, übersichtliche Analyse! Vgl. Xprep! Wurden die Kristallflächen ausgemessen? Flächenindizes stehen unter Crystal Faces und da wird dann auch der Kristall abgebildet. Erscheint kein Bild, gibt es virtuelle Flächen einzeln durchtesten, welche man löschen muss, bis ein Bild erscheint. Die Flächen stehen im *.crs Wurden keine Kristallflächen ausgemessen? Verschiedene Möglichkeiten: Verfeinerung der Kristall-Gestalt ausgehend von einem (hinreichend komplizierten) Startpolyeder. Egal, ob man Flächen hat oder nicht: zur Verfeinerung der Kristallgestalt muss man geeignete Symmetrieäquivalente aus dem Datensatz suchen (möglichst stark, möglichst in alle Richtungen vertreten) Extras Select X-Shape Reflections. Number of groups möglichst hoch, Minimum I / sigma = 6. Friedelpaare nur bei azentrischen Dingen separieren. Exit. (33 35)

34 2.5 Integration und Korrektur von IPDS-Daten Screenshots:

35 2.5 Integration und Korrektur von IPDS-Daten Beispiel für eine Integration von IPDS1-Daten: MW14K5M (Cs9AlO4), Beispieldatensatz 10 Absorptionskorrektur Extras X-Shape File open Shape. Entweder man hat Flächen, dann wird hier die aktuelle gemessene Kristallform mit Flächenindizes angezeigt, oder man wählt sich hier eine Startgestalt aus. Die sollte für normale kartoffelförmige Kristalle (xenomorph!) hinreichend kompliziert sein, damit viele Parameter unabhängig variiert werden können. z. B. Dodecahedron + cube (36). In X-Shape: Execute Optimisation Both (distances first oder HKL first ist eigentlich wurscht). Erst mal mit den Standardwerten (37), in einem zweiten / dritten Lauf kann man hier die Grenzen für ABSC Accuracy kleiner machen und auch das Konvergenzkriterium verkleinern. Im neuen Fenster Reflection data auf Equivalents setzen (38). Start. Man kann jetzt die so erhaltene Kristallgestalt nochmal verfeinern, bis sie so aussieht, wie man meint, das sie sein soll. In unserem Fall wurden keine Flächen vermessen, aber die tatsächliche Form (angeknabbertes tetragonales Prisma) kommt am Ende ganz gut raus ausgehend vom Dodecahedron + Cube (39). Jetzt in Extras X-Red32 Process. Merge ausschalten (40). Jetzt wird eine Datei MW14K5M.lxr geschrieben (41), in der man Tmin und Tmax und andere Angaben zur Absorptionskorrektur findet. Die korrigierten Daten stehen in MW14K5M.hkc.

36 2.5 Integration und Korrektur von IPDS-Daten Screenshots:

37 2.5 Integration und Korrektur von IPDS-Daten Beispiel für eine Integration von IPDS1-Daten: MW14K5M (Cs9AlO4), Beispieldatensatz 10 Absorptionskorrektur Andere Möglichkeiten zur Absorptionskorrektur: PLATON (42) ABSTompa Flächenkorrektur, Flächen und µ müssen von Hand eingegeben werden. Sehr guter Algoritmus, Goldstandard (43 45). ABSXtal Ebenfalls Flächenkorrektur, anderer Algoritmus. MulScanAbs Einfache, effektive und sehr elegante Absorptionskorrektur anhand von mehrfach gemessenen Symmetrieäquivalenten (46). Benötigt µ (aus der Summenformel und Z) und einen mittleren Kristallradius (im einfachsten Fall Radius der Kapillare). SHXABS verboten. Passt die Daten ans Modell an. Man kann's nur dazu verwenden, um zu testen, was eine ordentliche Absorptionskorrektur im Idealfall hinbekommen könnte. Die einfachste Möglichkeit einer Absorptionskorrektur besteht darin, den Kristall zur Kugel zu schleifen. Die Absorption ist dann isotrop und nur von Radius und µ abhängig ABSSphere

38 2.5 Integration und Korrektur von IPDS-Daten Screenshots:

39 2.5 Integration und Korrektur von D8-Daten Die Bruker-Software APEX2 funktioniert prinzipiell nach demselben Prinzip: Reflexe sammeln Indizierung Bravais-Gitter festlegen Integrationsprofile optimieren Integration Lp-Korrektur Absorptionskorrektur Sowohl D8 Quest (Microfocus-Röhre) als auch D8 Venture (Drehanode) besitzen im Unterschied zu IPDS Zweikreis-Goniometer mit CCD-Detektoren. Der Messmodus ist ein anderer, da die Maschine jetzt durch Drehen um zwei Kreise und Änderung der Detektorposition prinzipiell die vollständige Ewald-Kugel abtasten kann. Die Mess-Strategie (wie müssen die Kreise positioniert werden, damit mit möglichst wenigen Scans möglichst viele Daten und möglichst hohe Redundanz erhalten wird?) erfordert dann in den allermeisten Fällen verschiedene Scans: 1.) ω-scan (festes θ, festes φ) 2.) φ-scan (festes θ, festes ω) Beide Scan-Arten können mit anderem festen Startwinkel oder anderem θ ggf. wiederholt werden. Man erhält so drei bis acht Runs, die hinterher aufeinander skaliert werden müssen. Das ist beim IPDS nicht notwendig. Das Scaling erfolgt anhand der Intensitäten symmetrieäquivalenter Reflexe. Bei Bruker wird das Scaling auch als Merging bezeichnet, obwohl das nicht unbedingt dasselbe ist...

40 2.5 Integration und Korrektur von D8-Daten D8 liefert nach Integration mehrere wichtige files im work-unterverzeichnis: *.abs *_01._ls *_01.raw *_0m._ls *_0m.hkl *_0m.p4p *_0m.raw Hier stehen Details zur Absorptionskorrektur (es wird defaultmäßig immer eine durchgeführt), z. B. auch die Tmin/Tmax-Werte. Details zur Integration des Runs 01, sehr viele Angaben, muss man nur in wenigen Fällen zu Rate ziehen. Gibts für jeden Run. Rohdaten (nicht korrigiert) des Runs 01. Gibts für jeden Run. Wichtig, falls die BrukerAbsorptionskorrektur zweifelhaft ist. Details zum Merging (= Scaling) aller Runs. Nur in Problemfällen aufschlussreich. hkl nach allen Korrekturen und nach Scaling. Default-hkl bei richtiger Absorptionskorrektur. Enthält Gitterkonstanten und Orientierungsmatrix und einige Goniometerkonstanten. Skalierte Runs, aber unkorrigiert. Wichtig, wenn man selbst die Absorptionskorrektur machen möchte / muss. Im Unterverzeichnis report stehen die wichtigeren Daten. Default: report.html.

41 2.5 Integration und Korrektur von D8-Daten Wichtig: die Messung (der ganze Ordner vom Analytik-Server) muss genau hier stehen: C:\frames\guest\TollerKristall\ Das Programm starten (APEX2). Einloggen als user guest mit Passwort guest (1). Die Messung öffnen mit Sample New... Folder Auswählen (2) und Dateinamen passend dazu wählen (3). Wenn man eine alte Probe nochmal anschauen will, dann nicht New... sondern Open und dann aus der Database auswählen. Mein Beispiel hier: PR05Dii_K1, Beispieldatensatz 09. Wurde der Datensatz schon am Diffraktometer indiziert, kann man mit Sample Import P4P/SPIN file die bisherige Arbeit hineinladen. Einfach Import All anhäkeln (7) und das entsprechende file auswählen: Hier wäre das das PR05Dii_K1_0m.p4p. Setup: Ist die Summenformel bekannt, dann trägt man sie unter Describe ein (4). Wichtig für die Absorptionskorrektur. Evaluate: Determine Unit Cell (5). Hier kann man als erstes einen Überblick über die Beugungsbilder erhalten. Zum Durchlaufen durch einen Frame gibt es die gelben Pfeiltasten oben. Die unterschiedlichen Frames muss man im Drop-down-Menu auswählen (PR05Dii_K1_01 bis _03, matrix sind die Orientierungsaufnahmen) (6). Mit den Schiebereglern unterhalb des Beugungsbildes stellt man sich den Kontrast auf sinnvolle Werte ein.

42 2.5 Integration und Korrektur von D8-Daten Screenshots:

43 2.5 Integration und Korrektur von D8-Daten Unter Evaluate Determine Unit Cell: Auslesen der Reflexe: Harvest Spots. Hierzu überprüfen, ob das first image auch das ist, was man will. Hat man einen ganzen Datensatz, reicht es aus, aus jedem Run ca Images auszulesen. Wenn ein Run schlecht sein sollte (Abgammeln, Wandern des Kristalls), nimmt man nur Reflexe aus den guten Runs. Min. I / sigma (I) sollte nicht zu groß sein. Ich lese mit 3.00 aus. Diejenigen Reflexe, die über der Sigma-Schwelle liegen, werden mit grünen Kringeln markiert. Möchte man die schonmal ausgelesene Reflexliste nicht überschreiben, kann man bei Store: Group X eine neue Gruppe eröffnen, in die man die Reflexe hineinspeichert (8). So kann man verschiedene Sigma-Schwellen getrennt voneinander auslesen und z. B. bei Überstruktur-Reflexen oder Satelliten Untergitter indizieren und mit dem tatsächlichen Gitter vergleichen. Hat man alles eingestellt Harvest. Indizieren der ausgelesenen Reflexe: Index. Erst diejenige Gruppe auswählen, in die man die Reflexe gespeichert hat. Unter Store: wieder evtl. eine neue Gruppe auswählen, wenn man eine schon gefundene Zelle nicht überschreiben will. Bei Methods ruhig auch Least Squares auswählen. Dauert zwar, spuckt aber auch sinnvolle Lösungen aus. Dann Index... (9) Das Ergebnis (10) sollte im Idealfall für alle drei Algoritmen gleich sein. Und zudem sollte das hkl Histogram ein bis rechts reichender grauer Balken sein. Dann passen alle beobachteten Reflexe zu dieser Indizierung. Achtung: das Ergebnis ist nicht unbedingt die Elementarzelle, sondern eine primitive Zelle. Man sollte die Volumina vergleichen bei unterschiedlichen Lösungen! Die beste auswählen Accept... Danach Refine. Mit dem Schieberegler Tolerance / More Reflections / Fewer Reflections ausprobieren, welcher Datenbereich die kleinsten Fehler ergibt.

44 2.5 Integration und Korrektur von D8-Daten Unter Evaluate Determine Unit Cell: Histograms (11) zeigt, wie gut die Indizierung erfüllt ist. Transformations erlaubt eine Umstellung der Zelle (z. B. P21/c P21/n, oder Pmnb Pnma etc., 12). Alles gut? Accept Zuordnung eines Bravais-Gitters: Bravais. Anhand des FOM (figure of merit) wird eine passende Zelle ausgewählt (13). In Zweifelsfällen lieber zu niedrige Symmetrie annehmen. Hochtransformieren kann man immer, aber wenn man aufgrund zu hoher Symmetrie ganze Reflexgruppen gar nicht erst integriert hat, kann man nachträglich nicht beliebig weit absteigen in der Symmetrie. Accept. Tatsächliche Gitterkonstanten verfeinern: Refine. Hier wird mit den Constraints der Kristallklasse verfeinert, also im Orthorhombischen mit 90 ohne Standardabweichung etc. Im Refine nach Index wird triklin (also ohne Constraints) verfeinert. Hier am besten diejenige Reflexklasse mit dem Schieberegler einstellen, die beim ersten Refine schon die besten Standardabweichungen ergeben hatte. Accept. Jetzt haben wir die Daten indiziert und eine Elementarzellmetrik (mit Zentrierung) aufgestellt. Die Orientierungsmatrix ist also jetzt bekannt. Schaut man sich jetzt ein Beugungsbild an, kann man die Mausposition (unten links: Cursor Position-Reiter anschalten) auch als hkl bekommen. Mit Transform Unit Cell könnte man noch Matrizen zur Umindizierung eingeben (14). Hat man mehrfach indiziert, kann man die erhaltenen Zellen (jede unter einer eigenen Gruppe gespeichert) mit Compare Unit Cell vergleichen und auswählen (15). Man kann im Reciprocal Lattice Viewer die Ewald-Kugel checken (F1, F2, F3 Blick entlang der Achsen) Das ist analog zu Recipe/Index/Refine in der STOE-Software und ein wichtiges Tool! (16)

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47 2.5 Integration und Korrektur von D8-Daten Reciprocal Lattice Viewer (16): Drehen: mit der Maus. Orientierte Blicke (wenn man eine Orientierungmatrix hat) mit F1, F2, F3. Mehrfach drücken. Rotation um 90. Mehr Möglichkeiten: Rechtsklick auf das Bild. u Overlay der Zelle. Intensity Filter, Reflection Size und Zoom: zum Auswählen und Verdeutlichen. Select Visible Groups: Wenn man verschiedene Gruppen angelegt hat beim Harvest, kann man die hier auswählen. Mit den Editing Tools kann man das Auswahlwerkzeug ändern. Man kann Reflexe löschen, in Gruppen speichern (die man dann in Determine Unit Cell einzeln indizieren kann), etc. Mit Measure kann man auch Abstände ausmessen. Oben im Reiter Sample / Instrument / RLATT / Windows / Help steht RLATT für den Reciprocal Lattice Viewer. Man kann hier oben zusätzlich noch ein paar Dinge tun, unter anderem mit Incommensurates Satelliten anaylsieren, q-vektoren hineinziehen und als solche definieren. Man muss für diese Art von Untersuchungen stark hineinzoomen. Rumspielen!

48 2.5 Integration und Korrektur von D8-Daten View Images: Einzelne Bilder anschauen oder als Filmchen einen Run durchsehen. Rechtsklick auf die Intensitätsskala: Farbschema ändern. Rechtsklick zoomen, Bilder als png speichern, Show Overlay: Reziproke Gitterpunkte werden markiert Configure Overlay: Mosaizität kann von Hand variiert werden (aber wird so nicht abgespeichert! Die tatsächlich bei der Integration verwendete Mosaizität findet man im *.p4p-file. Image Header Frame & Images : wichtige Einstellungen und Details der Frames (z. B. Imax oder der Schwenkwinkel zur Unterscheidung von wide frames und narrow frames, correlated ja oder nein, etc.) Auch Experimen t liefert wichtige Aussagen zur Messung. Wichtig! Unbedingt vor der Integration Folgendes machen: Rechts oben, neben den Pfeilen zum Durchsehen der Frames ist ein ellipsenförmiges Symbol Draw Circle. Wählt man dieses Tool und schaltet im Bild den Overlay aus (Rechtsklick), kann man sehen, bis zu welcher Auflösung noch Reflexe zu sehen sind. Das sollte man auf mehreren Bildern anschauen. Die Auflösungsgrenze müssen wir gleich bei den Integrationsparametern wissen! (17) Hier im Beispiel PR05Dii_K1 sehe ich keine Reflexe mehr bei einer Auflösung < 0.65 Å. (50 2θ in MoKα-Strahlung entsprechen ca Å Auflösung)

49 2.5 Integration und Korrektur von D8-Daten Integrate Images: Zur Datenintegration muss wieder ein Musterprofil für die Reflexe erstellt werden. APEX2 macht das etwas detaillierter als die STOE-Software. 1.) Resolution Limit setzen. 2.) Find Runs... alle Runs der Messung auswählen. 3.) evtl. diejenige Metrik auswählen, die integriert werden soll. (17) 4.) Refinement Options 5.) Integration Options

50 2.5 Integration und Korrektur von D8-Daten Integrate Images: Refinement Options Hier gibt man an, was alles während der Integration verfeinert werden soll: Orientation Refinement und Box Size Refinement sollte immer angehäkelt sein, ebenso Periodic Refinement und Global Refinement. Die Box Size bezieht sich auf diejenige Box, die das Programm um die Reflexprofile drumherum legt und innerhalb derer sie die Intensität integriert. Die Ränder der Box sind dann der Untergrund, der subtrahiert wird (analog zur STOE-Software). Die Startwerte der Box setzt man mit Initial XYZ Box Size [ ]. Was sind sinnvolle Startwerte? Einen Frame mit möglichst starken, fetten Reflexen in Evaluate View Images öffnen. Mit dem Quadrat-Werkzeug rechts neben der Auflösungs-Ellipse um einen fetten Reflex mit der linken Maustaste ein enges Kästchen malen, dann mit der rechten Maustaste Rocking curve auswählen (18). Jetzt sieht man, wie breit der Reflex ist. Im Beispiel (19) ist der Reflex ca. 3 breit. Die Startwerte setze deswegen auf Eine zu große Box ist nicht so sehr das Problem, die ist einfacher zu korrigieren für die Software als eine zu kleine Box (20).

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52 2.5 Integration und Korrektur von D8-Daten Integrate Images: Integration Options More Options: großes Fenster. LS Profile Fitting wird eingeschaltet. Blend Profiles from all Detector Regions kann helfen, wenn man einen sehr schwachen Streuer gemessen hat. Für alle Reflexe wird ein und dasselbe Modellprofil verwendet. Sollte man aber einen normalen Kristall, der auf der gesamten Frame-Fläche Reflexe zeigt, haben, sollte man nicht blenden. Dann wird für alle 9 Teilbereiche ein gesondertes Modellprofil erstellt Image Queue: Ein Reflex wird ja bei der Messung in Scheibchen geschnitten und kommt daher auf mehreren Frames vor. Eine Queue von 7 bedeutet, dass der Reflex in 7 Scheibchen links und 7 Scheibchen rechts vom Maximum zerschnitten ist. Wird der Wert zu klein, wird nicht alles vom Reflex aufgesammelt. Ein zu großer Wert macht nicht allzu viele Probleme. Ich setze ihn hier auf 13. 7

53 2.5 Integration und Korrektur von D8-Daten Integrate Images: Integration Options Der wichtigste und kniffligste Parameter ist Intensity / Sigma Lower Limit for Model Profile Update. Bedeutung dieses Parameters: Alle Reflexe, die mehr Intensität haben als dieser Wert tragen zum Modellprofil bei. Was drunter ist, nicht. Es macht Sinn, diesen Wert bei starken Streuern mit vielen breiten Reflexen auf zu setzen. Nur wenn alle Reflexe etwa gleich breit sind, sollte man kleine Werte (10-20) wählen. Für reine Organik ist 10 ein guter Wert. Eventuell muss man die Integration mehrfach wiederholen und diesen Wert jeweils verändern. Ich setze ihn hier auf 80. Schwache Reflexe werden mit einem statistischen Modell beschrieben, das die Intensitäten prinzipiell unterschätzt. Der Parameter Intensity/Sigma Upper Limit for LS Model Profile Fit sollte deswegen heruntergesetzt werden, damit nicht bei relativ starken Reflexen noch solche unterschätzten Intensitäten auftauchen. Ich setze diesen Wert immer auf 4.0 und Fraction of Model Profile Maximum for Simple Sum Mask setze ich immer auf Narrow Frame / Wide Frame: Eine Wide-Frame-Messung verwendet Schwenkwinkel, die größer sind als die mittlere Reflexbreite. Dadurch landet jeder Reflex auf nur einem einzigen Frame und wird nicht in Scheibchen geschnitten. Den Schwenkwinkel findet man in den Frame-Headers, die Reflexbreite kann man ausmessen. Default ist Narrow Frame, was nur in Spezialfällen verändert werden muss. Achtung: Eine Wide-Frame-Messung mit Narrow-FrameAlgoritmen zu integrieren geht komplett in die Hose! Alles richtig eingestellt? OK (21).

54 2.5 Integration und Korrektur von D8-Daten Integrate Images: die tatsächliche Integration (22). Zuerst werden die Profile optimiert (Scan 1 Pass1, 2, 3, ). Dann folgt erst die eigentliche Integration (Scan 1 Integration). Start Integration... Man kann anhand verschiedender Parameter beobachten, ob die Integration gut und erfolgreich verläuft. Wenn nicht abbrechen, Startwerte anpassen, neu integrieren. Spot Shape Correlation: Die Musterprofile für die 9 Detektorbereiche werden berechnet und alle 100 Bilder (wenn man's nicht anders eingestellt hat) wir ein Snapshot gemacht. Dann werden alle Reflee mit den Musterprofilen verglichen, was die Spot Shape Correlation ergibt. Pro Frame wird der Fit aller Bragg-Reflexe in % angegeben. Der Plot sollte nach schnellem anfänglichem Einrenken horizontal verlaufen. Ausreißer nach unten sind auf schwache Reflexe zurückzuführen, auch Zwillinge können mal komisch aussehen. Average Difference Between Observed and Preducted X, Y, Z: Differenz zwischen erwarteter und beobachteter Reflexposition. Sollte einen horizontalen Verlauf zeigen. Ein Sägezahnmuster zeigt an, dass die Orientierungsmatrix ständig nachverfeinert werden muss Kristall bewegt sich. Häkchen setzen bei Spot position overlay. Neues Fenster: show every 5th image umsetzen auf show every other image. Fenster vergrößern. Gezeigt werden die tatsächlichen Musterprofile. Gute optische Kontrolle, analog zur STOE-Software. Die Grafik ist etwas hakelig... (23) Häkchen bei % Queue extent used: sollte hier >40% rauskommen, muss der Wert der Image Queue erhöht werden. Die Reflexe werden nicht in genügend Scheibchen zerschnitten (24). Mit X, Y, Z Spot size sieht man, welche Werte tatsächlich für die Boxgröße verwendet werden (25).

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56 2.5 Integration und Korrektur von D8-Daten Nach der Integration: Scale und Absorptionskorrektur Scale Crystal Faces: hier werden die Flächen des Kristalls ausgemessen und mit der momentanen Orientierungsmatrix indiziert. Defaultmäßig lässt die Software nur Flächen mit Indizes 2 zu, das ist zu wenig. Man muss diesen Wert hochsetzen. Mögliche Flächennormalen werden angezeigt. Sobald so viele Flächen beschrieben sind, dass der Kristall eine geschlossene Form hat, wird das Polyeder angezeigt (26). Man vervollständigt die Flächen und überprüft mit Remove Invisible Faces, ob auch alle Flächen sichtbar sind. Sollte im Kästchen neben Closed: ein No stehen, ist was falsch. Überprüfen, wenn nötig neu machen. Eine Verfeinerung der Kristallgestalt wie in der STOE-Software findet nicht statt. Scale Scale: Jetzt werden die einzelnen Runs aufeinanderskaliert und das Ganze absorptionskorrigiert. Merged Batches: das _0m.raw wird als Basis für die Korrekturen verwendet. Individuelle raw auszuwählen macht dann Sinn, wenn ein spezieller Run Mist ist und nicht mitgenommen werden soll. Output File Type: Unmerged.hkl file auswählen (default). Vorsicht: Scale benutzt für die Multiscan-Korrektur Symmetrieäquivalente! Bei der Point Group muss man, wenn man die Multiscan-Korrektur machen will, daher sehr genau aufpassen. Auf alle Fälle sollte man Use only centrosymmetric point groups (= Laue-Gruppe) abwählen! Additional spherical Absorption Correction abwählen! Kennt man die Summenformel und Z und hat Flächen ausgemessen, kann man die Numerical Absorption Correction (from Face Indices) From Formula anwählen. Das ist die beste Methode (27). Next. Jetzt liest er die Summenformel aus der Description im Setup und rät Z. Dringend überprüfen! Hinweise liefert z. B. die Dichte. Im Beispiel rät er Z = 6, dabei ist Z in Wirklichkeit = 4 (28)

57 2.5 Integration und Korrektur von D8-Daten Nach der Integration: Scale und Absorptionskorrektur Next Parameter Refinement. Hier werden einige Statistiken der Daten gezeigt. Sollten die Werte für Mean und Maximum error (rechts oben) > bzw. > 0.02 sein, stimmt was nicht mit der Orientierungsmatrix! Hier muss man nur den Absorption Type auf strong absorber stellen, der Rest ist defaultmäßig ok (29). Nur die CN-Leute oder Li-Si-N oder so sollten weak oder medium absorber wählen. Hier gibt es die einzige Möglichkeit, die Absorptionskorrektur komplett auszuschalten: Absorption type auf no absorption stellen! Refine: die Parameter für die Skalierung der Runs aufeinander werden optimiert (30). Next Determine Error Model. Default ok, man kann I-<I> /su ratio for rejection auf 2.0 runtersetzen (31). Determine Error Model. An Rint kann man erkennen, ob die Sache sinnvoll gelaufen ist. Vorsicht: dieser Rint ist nicht exakt das, was wir normalerweise darunter verstehen... Sollte einer der Runs komplett daneben gelaufen sein, kann man ihn vor dem eigentlichen Scaling, das beim Klicken von Finish passiert, rausnehmen. Hier im Beispiel ist z. B. der 2. Run nicht prickelnd. Da er aber die Hochwinkeldaten enthält, lasse ich ihn drin. Finish. Jetzt werden Tmin und Tmax angegeben. Exit AXScale.

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59 2.5 Integration und Korrektur von D8-Daten Diagnostics Plots: Nach Finish und Exit AXSScale gibt s einige Grafiken zur Datenanalyse. Besonders Intensity Statistics ist ganz informativ. Error Model Graphs zeigt die schwachen Reflexe in dunklen Farben und die starken in hellen Farben (32). Spatial Distribution zeigt die räumliche Verteilung (die Quadrate sind die Fläche des Detektors!) von besonders schlecht bestimmten Reflexen an. Da sollten nur wenige und vor allem wahllos verteilte Punkte drauf sein, sonst stimmt was nicht (33). PrimärstrahlFänger Kühlnase Detektor kaputt!

60 2.5 Integration und Korrektur von D8-Daten Man kann in der APEX-Software jetzt noch weiter machen (Examine Data), Space group determination, Diffraction Space Viewer sind nette Tools. Hier kann man auch unter Precession Images Gitterschnitte rechnen (default-einstellungen sind ok) und mit Find A Reflection gezielt nach komischen Ausreißern suchen. Man kann auch unter Solve Structure und Refine Structure ganz normal mit SHELX rechnen. Was man machen MUSS am Ende der Datenintegration, ist ein Report-File schreiben (34): Report Generate Report: Template File: C:\bn\src\report\apex2.zip ist das normale template, das dann report.html ausspuckt. Save Report. Andere Templates kann man ausprobieren, auch Generate CIF report. Ist man mit allem fertig für alle Zeit: Sample Archive Archive Sample To ZIP file Um ein Projekt aus der Database zu löschen: Sample Archive Delete Sample auswählen, Delete. Es ist dann aus dem Database-Verzeichnis entfernt und kann jetzt auch von der Festplatte im DateiManager gelöscht werden. Wenn's nicht von der Platte gelöscht wurde, kann man es mit Restore from ZIP wieder holen. Man sollte nicht zu viele Projekte in der Database anhäufen, weil das Programm sonst zu langsam wird. Also immer mal wieder zip-archivieren, aus der Database entfernen, aber trotzdem auf der Festplatte lassen (oder auf den Server auslagern).

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