Anleitung für ChemSketch

Transkript

1 Anleitung für ChemSketch Bildschirmerklärung: Die beiden wichtigsten Bereiche sind die Seitenleiste und die Kopfleiste. An der Seitenleiste sind die häufigsten Elemente aufgelistet, ebenso wie der Button zum erstellen von Ionen und Radikalen. In der Kopfleiste, befinden sich die Button zum speichern, öffnen, etc. (das übliche halt). Unter EDIT befindet sich der Button für Rückgängig UNDO DRAW. Unten ist eine Farbpalette angezeigt mit der man Atome, Moleküle, Pfeile und alles andere in verschiedenen Farben einfärben kann.

2 Erstellen eines Moleküls: Fangen wir mit einem Alkohol an, z.b.: Pentanol Man wählt zuerst das Kohlenstoffatom in der Seitenleiste aus und klickt mit links auf die Zeichenfläche. Dann erscheint ein CH 4 Molekül, wenn man nun weitere Kohlenstoffe anhängen will, klickt man auf das CH 4 Molekül, hält die linke Maustaste gedrückt und zieht es zur Seite. Anschließend entsteht eine Bindung und automatisch eine Kohlenstoffverbindung zwischen zwei CH 3 Molekülen. Dass macht man so lange bis man die gewünschte Kohlenstoffkette hat, bei Pentanol wäre es dementsprechend 5. Das Sauerstoffatom befindet sich ebenfalls in der Seitenleiste (Wenn man ein Element sucht, was nicht angegeben ist, kann man oben in der Seitenleiste auf das Symbol für das Periodensystem klicken, anschließend erscheint das PSE und das gesuchte Element kann man sich raussuchen) Nun klickt man auf die Zeichenfläche, hält gedrückt und zieht es zum Kohlenstoffatom. Aus dem H 2 O wird nun eine OH-Gruppe.

3 PSE Da diese Molekülstruktur nicht ordentlich aussieht und nicht den Bindungslängen & Winkeln entspricht, gibt es einen Button der die Struktur automatisch richtig macht. Dazu wählt man in der Kopfleiste TOOLS aus und klickt auf CLEAN STRUCTURE Somit entsteht ein ordentliches Molekül. Alle Moleküle bei ChemSketch werden als Skelettformel dargestellt, will jemand doch die Kohlenstoffatome angezeigt bekommen, kann man sie benennen.

4 In der Seitenleiste gibt es einen Button abc, klickt ihn an und wählt z.b. das CH 2 aus. Dabei öffnet sich das Fenster Edit Label zum benennen. Entweder man wählt aus der Tabelle die entsprechende Bezeichnung aus oder man tippt das CH 2 einfach ein. Wenn das passiert ist klickt man auf INSERT und das ausgewählte Atom wird umbenannt. Auf diese Art kann man große und kleine Molekülen zeichnen, Reaktionsgleichungen und Reaktionsmechanismen aufstellen. Dabei gibt es auch schon einige fertige Moleküle so wie Benzolringe, diese befinden sich an der rechten Seitenleiste. Im oberersten Symbol sind noch mehr fertige Strukturen aufgelistet.

5 Falls man ein Atom falsch gesetzt hat und es erst später bemerkt, wobei Rückgängig nicht mehr funktioniert gibt es zwei Möglichkeiten. Entweder man wählt das Atom aus und klickt auf seiner Tastatur Entf oder man wählt das Radiergummisymbol einfach das Atom. unter der Kopfleiste aus und löscht Reste, Radikale, Ionen, cis- & trans-: In der Seitenleiste gibt es zwei Buttons, die für die Bildung von Kationen, Anionen, Radikalen und Resten da sind. Unter R findet man R 1, 2, 3, 4 um Kohlenstoffreste zu benennen. Unter + kann man positive und negative Ladungen und Radikale erstellen. Dazu wählt man einfach die Ladung oder das Radikalsymbol aus und klickt das Atom an, was z.b. negativ werden soll. Beispiel: Aus einem Wassermolekül soll ein Hydroxid-Ionen werden. Das gleiche funktioniert auch mit dem erstellen von Hydronium-Ionen, man nimmt dafür dann nur das +. Nach dem gleichen Prinzip erstellt man Reste (R) oder Radikale. Um bei Molekülen cis- & trans- deutlich zu machen gibt es in der Kopfleiste denn passenden Button. Um z.b. 1,2-trans-Cyclohexandiol besser darzustellen, wählt man die Bindung aus und klickt auf die entsprechende Stelle. Je nach Anzahl der Klicks entsteht eine andere Bindung.

6 Kopieren, Einfügen, Färben, Reaktionen, Klammern und Pfeile: Um die Reaktionsgleichungen etc. besser darzustellen, kann man Moleküle mit Pfeilen und Klammern versehen oder bestimme Atome oder Molekülabschnitte einfärben. Damit man jedoch nicht immer wieder aufs Neue das Molekül zeichnen muss, kann man es einfach kopieren und wieder einfügen. Kopieren und Einfügen: Zum Kopieren wählt man das Molekül aus, drückt Strg + C und anschließend Großschreibung + Einfg, dadurch erscheint das Molekülgerüst. Durch einen linksklick platziert man es an der gewollten Stelle auf der Zeichnungsfläche. Färben: Zum Färben wählt man in der Bearbeitungsleiste, das Symbol für Atom bewegen aus. Anschließend klickt man das Atom an was gefärbt werden soll und wählt in der Farbpalette eine Farbe aus. Wenn man das getan hat, klickt man um das Atom abzuwählen einfach auf die Zeichenfläche. Um ein gesamten Molekül zu färben, hält man die linke Maustaste gedrückt und zieht um das Molekül einen großen Kasten, dabei wird dann dass gesamte Molekül ausgewählt. Pfeile: Reaktionspfeile finden sich ebenfalls in der Bearbeitungsleiste. Dabei kann man aus unterschiedlichen Pfeilen auswählen. Eine Hinreaktion, Mesomeriepfeile oder Gleichgewichtspfeile alles ist vorhanden, dazu wählt man den Pfeil aus und setzt ihn durch einen Linksklick auf die Zeichenfläche, soll der Pfeil jedoch länger werden, hält man die Taste gedrückt und zieht ihn beim erstellen in die gewollte Länge. Um Pfeile zu bewegen wählt man Atom bewegen aus und bewegt denn Pfeil. Um auf oder unter die Pfeile etwas zu schreiben, z.b. die Formel eines Katalysators (z.b. H 2 SO 4 ), gibt es neben dem Pfeil Button einen Benennungsbutton. Dabei wählt man den Pfeil aus und es öffnet sich das Fenster Edit Reaction Conditions. Hat man alles eingegeben, wählt man OK aus. Dabei können die einzelnen Texte separat verschoben werden oder alles auf einmal, indem man wie schon beim Molekül, einen Kasten um alles zieht.

7 Klammern: Soll ein Atom in Klammern gesetzt werden, wählt man unter der Kopfleiste DRAW aus, dadurch öffnet sich eine neue Seitenleiste. In der Seitenleiste wählt man das Klammersymbol aus Und die gewollte Klammer. Nun klickt man auf das Molekül, welches geklammert werden soll und fertig. Wenn mal ein größeres Molekül komplett bewegt werden soll, kann man mit dem Pfeilsymbol das gesamte Molekül auswählen, ohne einen Kasten ziehen zu müssen. Das schwarz hinterlegte ab Symbol, ist dafür da um größere Textfelder zu erstellen, falls man Überschriften o.ä. einfügen will. Bewegliche Pfeile: Um bei Reaktionen z.b. ein umklappen von Bindungen deutlich zu machen, kann man unter DRAW auch Pfeile auswählen die Kurven bilden. Das funktioniert folgender Maßen. Beispiel: Die Addition von Wasserstoffperoxid an ein Carbenium-Ion. Um deutlich zu machen dass sich das Wasserstoffperoxid an das positiv geladene Kohlenstoffatom addiert, benötigen wir einen Pfeil. Dafür benutzen wir, jedoch keinen von denn Reaktionspfeilen. Unter DRAW finden wir was, wir dafür benötigen.

8 Zuerst klickt man auf das Pfeil Symbol, wodurch sich ein Fenster öffnet (was uns aber nicht interessiert), anschließend wählt man aus, will man einen graden, runden, kurvigen oder zick-zack Pfeil. Als nächstes klickt man auf die Zeichenfläche und zieht denn Pfeil in die Form und Länge wie man ihn haben will. Anschließend bewegt man ihn zu dem entsprechenden Molekül. Und schon hat man die Addition deutlich gemacht. Zum Schluss das Abspeichern. Speichern: Um das Molekül zu speichern und für Protokolle, etc. zu verwenden, wählt man in der Kopfleiste FILE aus und anschließend SAFE AS. Die Datei wird benannt und um es verwenden zu können, wird als Dateityp TIFF Bitmaps (*.tif) ausgewählt. Wenn man jedoch zwischendurch zur Vorsicht abspeichern will, lässt man den Dateityp vollkommen unverändert bei ChemSketch 2.0 Document und speichert es einfach ab. Für das Speichern drückt man dann während des Arbeitens einfach Strg + S.