Mit SciFinder Scholar kann ohne Kenntnis einer speziellen Suchsprache in mehreren naturwissenschaftlichen Datenbanken recherchiert werden.

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1 Scifinder Scholar Scifinder Scholar Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät, April 2003 SciFinder Scholar Datenbankrecherchen für Alle! Mit SciFinder Scholar kann ohne Kenntnis einer speziellen Suchsprache in mehreren naturwissenschaftlichen Datenbanken recherchiert werden. Ein Substrukturmodul erlaubt den schnellen Zugriff auf Substanzen über chemische Strukturen. Links zum Volltext der gefundenen Artikel sind ebenfalls möglich. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 1

2 Übersicht Die CAS-Datenbanken im SciFinder Suchmöglichkeiten im Scifinder Zugang zum SciFinder Scholar Einstellungen vor Recherchebeginn Suche nach Autoren (Publikationen ab 1907) Zugang zu Volltexten Speichern der Suchergebnisse Drucken der Suchergebnisse Suche nach chemischen Verbindungen mit der Summenformel (Publikationen ab 1967) Einschränken der Suche mit REFINE Verwenden von ANALYZE Suche nach chemischen Verbindungen mit dem Namen (Publikationen ab 1967) Suche nach älterer Literatur zu Substanzen ( ) Thematische Recherchen mit Research Topic (Publikationen ab 1907) Strukturrecherchen (Publikationen ab 1967) Suche nach Reaktionen über die Struktur (Publikationen ab 1907) Was lernen Sie heute? Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 2

3 Die CAS-Datenbanken im SciFinder CAplus - Bibliografisch > 20,0 Mio. Einträge, ab 1907 CASreact > 6 Mio. Reaktionen, ab 1907 Registry - Substanzen ab 1967, - 20 Mio. Verbindungen, davon ca. 18 Mio. Sequenzen Chemcats- Käufliche Substanzen > 770 Kataloge, > 569 Produzenten, aktuelle Informationen Chemlist - Regulatorische Daten > , ab 1979 MEDLINE - Biomedizinische Information ab 1958 Informationsquellen für die CAS-Datenbanken Artikel aus über 8000 Zeitschriften und Patente von 38 Patentämtern (z. Zt. ca. 21,5 Mio. Nachweise) Artikel publiziert in 60 Sprachen Artikel aus verschiedenen Medien (Bücher, Hochschulschriften, e-journals, e-preprint etc.) Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 3

4 Suchmöglichkeiten im Scifinder Forschungsgebiet (Thematische Suchen) Autoren Firmen Document Identifier (Patentnummern, CA-Referate-Nummern etc.) Chemische Namen Registry - Nummern Summenformeln Strukturen / Substrukturen Reaktanden, Produkte, Reaktionen Fachgebiete im Scifinder: Chemie Physik Biologie Ernährungswissenschaften Pharmazie Landwirtschaft Ingenieurswissenschaften Materialwissenschaften Geowissenschaften Medizin Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 4

5 Zugang zum SciFinder (1) - Direktzugang Der Direktzugang zum Scifinder garantiert einen sehr schnellen Weg in die Datenbank sowie optimale Druck- und Speichermöglichkeiten für die Rechercheergebnisse. Durch Anklicken des Symbols auf dem Desktop startet man das Programm. Um den Direktzugang zu nutzen, muß die Zugangssoftware (sfs2002.exe) auf Ihrem PC installiert sein und die Datei site.prf muß sich im SFSCHLR - Verzeichnis befinden. Was müssen Sie tun, um einen Direktzugang zu erhalten? 1. Formular ausfüllen - das Formular finden Sie hier : 2. Formular per mail an Frau Hotzel schicken ( Hotzel@thulb.uni-jena.de) 3. Sie bekommen die Dateien sfs2002.exe und site.prf per mail zugeschickt Nähere Informationen zur Installation finden Sie hier : oder auf der Informationsseite der ThULB zu Scifinder : Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 5

6 Zugang zum SciFinder (2) - Über das Fachinformationsportal Möchten Sie den Scifinder nur gelegentlich nutzen, dann muss der Direktzugang nicht unbedingt installiert sein. Auch über das Fachinformationsportal ist der Zugang möglich. Das Fachinformationsportal bietet Ihnen neben dem Zugang zu Datenbanken auch Informationen, Anleitungen und Schulungsmaterialien. Menüpunkt: Datenbanken im Uni-Netz SciFinder Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 6

7 Zugang zum SciFinder (3) Über die Alphabetische oder Systematische Übersicht der Fachdatenbanken der ThULB: Zugriff auf die Datenbank erhalten Sie ohne Direktzugang auch über die Homepage der ThULB: Wählen Sie Schnelleinstieg -> Fachdatenbanken: alphabetische Übersicht -> Buchstabe S -> Scifinder Dann wird automatisch über den Metaframe-Server der ThULB auf die Datenbank zugegriffen. Bei erstmaliger Nutzung des Metaframe-Servers beachten Sie bitte die Installationshinweise! Nach der Installation müssen Sie beim ersten Aufruf des Metaframeservers unbedingt "Full Access" wählen, sonst können Sie die Suchergebnisse nicht abspeichern! Zugang über die Systematische Übersicht der Fachdatenbanken der ThULB: Eine weitere Zugriffsmöglichkeit auf die Datenbank erhalten Sie über die systematische Übersicht der Fachdatenbanken. Wählen Sie -> 2. Naturwissenschaften, Mathematik u. Medizin -> 2.2 Chemie -> SCIFINDER Dann erfolgt der Datenbankzugriff wieder über den Metaframe-Server der ThULB. Guter Rat : Nutzen Sie einfach den Direktzugang! Damit können Sie Scifinder wesentlich einfacher und effektiver nutzen. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 7

8 Start von SciFinder Scholar Die Verbindung zum Server bei CAS wird aufgebaut. Es wird geprüft, ob der Nutzer berechtigt ist, in der Datenbank zu recherchieren. Beim Verbindungsaufbau von außerhalb muß man sich daher über die Uni Jena einwählen. Dann startet die SCIFINDER-Software. Es erscheint die Lizenzvereinbarung; auf "Accept" klicken. Es erscheint die "Message of the Day". Auf "OK" klicken. Die Recherche kann beginnen! Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 8

9 Gleichzeitiger Zugriff auf SciFinder Innerhalb der Friedrich-Schiller-Universität können 3 Nutzer gleichzeitig mit SciFinder arbeiten bei Überschreitung dieser Zahl bekommt man folgende Meldung : Der Zugang zu SciFinder besteht rund um die Uhr (außer Samstag nacht!). Da nur drei Nutzern gleichzeitig der Zugriff erlaubt ist, kann es manchmal zu Überlastungen kommen. Haben Sie etwas Geduld und versuchen Sie ein paar Minuten später noch einmal. Am frühen Morgen, spät nachmittags oder am Abend haben Sie sicher Glück. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 9

10 Start einer Suchsession Bei Beginn der Session ist das Fenster "Explore" automatisch geöffnet. In diesem Auswahlmenü kann man aussuchen, nach welchem Kriterium gesucht wird. Gesucht werden kann z.b. nach chemischen Verbindungen oder Reaktionen, nach Arbeiten bestimmter Autoren oder nach Patenten bestimmter Firmen, nach Informationen zu einem Sachthema (Stichwortsuche). Soll während einer Suchsession eine neue Anfrage bearbeitet werden, öffnet man mit dem Button "New Task" oder im Menü durch "File/New Task" das "Explore"-Fenster erneut. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 10

11 Einstellungen vor Recherchebeginn Bevorzugte Einstellung zum Speichern der gefundenen Textstellen bzw. Substanzen Wählen Sie für das Speichern das Format Full. Dann werden auch die Schlagworte (und gegebenenfalls die Strukturformeln der Trefferverbindungen) mit ausgedruckt. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 11

12 Suche nach Autoren Beispiel: Publikationen von Ernst-Gottfried Jäger Auf den Button "Author Name" klicken. Im folgenden Dialogfeld kann man den Nachnamen und, je nach Bedarf, Vor- und Mittelname eintragen. Am vorteilhaftesten ist es, nur die Initialen der Vornamen einzutragen. Dann werden automatisch alle in Frage kommenden Vornamen angezeigt und man sucht sich die richtigen aus. Falsche Schreibweisen der Vornamen findet man nur auf diesem Wege! Für Schreibvarianten des Nachnamens sollte man die Checkbox "Look for alternative spellings" aktivieren. Automatisch werden alle möglichen Varianten durchsucht. Das ist besonders bei nicht-englischsprachigen Autoren wichtig, damit z.b. verschiedene Varianten der deutschen Umlaute gefunden werden (a bzw. ae statt ä, o/oe statt ö, u/ue statt ü, ss statt ß). Geben Sie bei deutschen Namen nie die Umlaute ein! Suchen Sie z.b. E.-G. Jager bzw. E.-G. Jaeger. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 12

13 Alphabetische Autorenliste Sie erhalten eine alphabetisch geordnete Liste aller Namen. Beachten Sie, dass die Liste nicht unbedingt von vorn gezeigt wird: Sie landen bei der eingegebenen Namensvariante (blau hervorgehoben). Vergessen Sie nicht, auch noch nach oben bzw. unten zu scrollen. Sollen alle aufgeführten Autoren auf einmal ausgewählt werden, so geht das mit Edit Select All sehr einfach. Mit Get References bekommt man dann eine Liste aller Textstellen in dem bei Preferences" ausgewählten Format. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 13

14 Trefferliste Abstract dieses Treffers ansehen Wurde kein Format ausgesucht, wird das voreingestellte Standard"- Format genommen. Es enthält Titel und bibliographische Angaben. Mit dem Menüpunkt View" kann man die Einstellungen ändern: Compact - nur Titel Standard - Titel, bibliographische Angaben Summary - Standard + Abstract Full - Summary + Schlagworte + zitierte Quellen Haben Sie sich für ein kurzes" Format entschieden, können Sie über das Mikroskop-Symbol jede Textstelle einzeln im Full-Format mit allen verfügbaren Angaben ansehen. Durch Ankreuzen kann man einzelne Artikel auswählen. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 14

15 Vollständiger Nachweis einer Textstelle Bei elektronisch verfügbaren Textstellen findet man rechts dieses Computer-Icon So sieht der Nachweis einer Textstelle im Full-Format aus. Sie sehen den Titel und die bibliographischen Angaben, das Abstract sowie die Schlagworte (Indexing + Supplementary Terms). Bei der Literatur ab 1999 werden auch alle zitierten Quellen mit ausgegeben. Diese enthalten Hyperlinks zu den Abstracts der Textstellen. Wenn für die Textstelle der Volltext elektronisch verfügbar ist, findet man rechts oben zusätzlich das Computer-Icon. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 15

16 Chemport Zugang zu Volltexten Nach Anklicken des Computer-Symbols wird Chemport gestartet. Erst jetzt ist sichtbar, ob der Zugang zum Volltext erlaubt ist Es werden die über das Internet verfügbaren Quellen angezeigt. Die meisten Verlage bieten den Volltext als PDf-Datei an, manche auch als HTML-Datei oder auch beide Varianten. Klicken Sie den PDF- bzw. HTML-Button an und speichern Sie das sich öffnende Volltextdokument ab. Bitte lesen Sie die nicht die ganze Textstelle während der Scifinder - Recherche. Sie blockieren einerseits einen der drei Zugänge, wenn der Artikel gelesen wird, während man noch mit Scifinder verbunden ist und andererseits wird die Verbindung zum Scifinder auch nach einigen untätigen" Minuten automatisch abgebrochen. Sollte an dieser Stelle nur Your organization's document resources" anklickbar sein, kommen Sie zwar nicht sofort zum Volltext, gelangen aber in der Elektronischen Zeitschriftenliste" der ThULB zum Eintrag der entsprechenden Zeitschrift. Klicken Sie hier auf den Link zum Volltext". Sie werden nun zur Homepage dieser Zeitschrift weitergeleitet. Hier suchen Sie über Table of Content", Content", TOC", Browse" o.ä. den gewünschten Jahrgang und anschließend den gewünschten Artikel. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 16

17 Speichern der Volltexte von Artikeln bzw. Patenten beim Zugang über alphabetische/systematische Liste der ThULB Bitte beim Speichern beachten: Wählen Sie C$ on "Client " (V:) Die lokale Speicherung (und dann später Anschauen) sollte bevorzugt werden, da man einerseits Kapazitäten blockiert, wenn der Artikel gleich online gelesen wird, während man noch mit Scifinder verbunden ist und andererseits die Verbindung zum Scifinder auch nach einigen untätigen" Minuten abgebrochen wird. Hinweise dazu unter: patentschriftenbeschaffung.pdf Ist bei den bibliographischen Angaben kein Volltextlink über das Computersymbol möglich, so finden Sie unter Tipps zur Volltextbeschaffung. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 17

18 Offline-Lesen mehrerer Volltexte Chemport zeigt Liste der ausgewählten Volltexte. Button anklicken! Mit dem Häkchen mehrere Artikel gleichzeitig für Volltextzugang markieren. Dann Full Text anklicken! Das Markieren mehrerer Textstellen, die ein Computersymbol für den Volltextlink besitzen, ist dem einzelnen Anschauen der Originaltexte vorzuziehen. Die von Chemport erstellte Liste der Volltexte können Sie dann nach Beendigung der Suche im SciFinder in Ruhe anschauen. Dazu gehen Sie zurück in das SciFinder-Fenster und klicken dort auf Exit. So blockieren Sie nicht unnötig lange einen der drei Zugänge zu SciFinder. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 18

19 Beispiel eines Volltextes (PDF-Datei) Meist liegt der Text als PDF-Datei vor, zum Lesen benötigen Sie daher den Adobe Acrobat Reader. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 19

20 Speichern der Suchergebnisse Bevor ausgewählte Publikationen offline im Volltext gelesen werden, sollte man die gewünschten Treffer noch speichern. Geben Sie einen Dateinamen an und wählen Sie den Dateityp aus: Rich text Format" für Weiterverarbeitung in Word "Tagged-Format" für Import in EndNote, Reference Manager, ProCite u. a. Literaturverwaltungsprogramme Quoted Frormat" für Weiterverarbeitung mit Excel, Lotus Notes, Microsoft Access usw. Falls vor der Suche mit dem Button Preferences" das gewünschte Format zum Speichern noch nicht eingestellt wurde, so kann das hier unter Options" getan werden. (Full Format bevorzugen!) Außerdem lässt sich festlegen, ob alle Treffer oder nur durch Ankreuzen in der Trefferliste ausgewählte Artikel gespeichert werden. Leider ist es nicht möglich, mehr als 100 Treffer auf einmal zu speichern. Sollen mehr Nachweise gespeichert werden, so müssen die Treffer mit REFINE in mehrere Portionen eingeteilt werden, z.b. über das Publikationsjahr. Speichern Sei beispielsweise Zehnjahresscheiben ab. Beim Zugang über die Alphabetische bzw. Systematische Liste der ThULB daran denken: Wählen Sie: C$ on "Client " (V:) Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 20

21 Drucken der Suchergebnisse Gedruckt wird entweder über den Print-Button oder über das Menü File -> Print Im sich öffnenden Druckfenster wählt man das Druckformat aus. Bei Print Header" kann eine Titelzeile (z.b. Name und Datum der Recherche) eingegeben werden. Das Druckformat kann auch schon vor jeder Suche mit dem Button Preferences" eingestellt werden (siehe Folie 13). Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 21

22 Suche nach chemischen Verbindungen mit dem Namen oder der Registry-Nummer Sehr präzise Suchmöglichkeit für Textstellen ab 1967 Gesucht: Synthesen von Dihydrotestosteron Suche nach chemischen Substanzen mit "Explore" Chemical Substance or Reaction" "Substance Identifier" Mit dieser Suche finden Sie alle Textstellen zu einer Verbindung ab 1967, egal welcher Substanzname in den einzelnen Publikationen verwendet wird. (Ältere Literatur zu einer Substanz sucht man über Research topic s. Folie 39) Als Suchwort kann die CAS-Registry-Nummer oder der Verbindungsname verwendet werden, dabei ist die RN-Nummer dem Namen vorzuziehen. RN-Nummern findet man z.b. in Chemikalienkatalogen oder in der Beilsteindatenbank. CAS-Registry-Nummern: Bei Aufnahme in die Chemical-Abstracts-Datenbanken erhält jede chemische Verbindung eine Registrierungsnummer, die nur für diese eine Substanz gilt. eindeutige Identifizierung Wenn mit dem Namen gesucht werden soll, verwenden Sie möglichst alle Namensvarianten, die Sie kennen. Sie werden nur Erfolg haben, wenn der Name genau so, wie Sie ihn eingeben, in der Datenbank enthalten ist. Kennen Sie die RN-Nummer nicht und wird der eingegebene Name nicht gefunden, so muss die Substanz über die Struktur gesucht werden. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 22

23 Liste der gefundenen Substanzen Namen, Summenformel, Eigenschaften dieses Treffers ansehen a) Zu den Textstellen b) Wollen Sei die Verbindung näher ansehen, so klicken Sie auf das Mikroskop-Symbol. Alle verfügbaren Namensvarianten werden angezeigt diese können später bei Suchen für den Zeitraum vor 1967 verwendet werden (s. Folie 39 ff.). Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 23

24 Ansehen der Treffer zu Dihydrotestosteron V a) b) Zum Aufrufen der Quellen haben Sie zwei Möglichkeiten: a) Klicken Sie auf das linke Symbol über der Strukturformel. In dem sich öffnenden Fenster können Sie sich dann entweder für alle Textstellen oder für Publikationen zu bestimmten Themengruppen, z.b. Preparation, Analytical Study usw. entscheiden. Für unser Beispiel wird von den angebotenen Möglichkeiten nur Preparation angeklickt. b) Möchten Sie von mehreren gefundenen Verbindungen gleichzeitig die Textstellen haben, markieren Sie in den Treffern die gesuchte(n) Verbindung(en) mit dem Häkchen in der Checkbox und klicken Sie auf "Get References und wählen eventuell noch eine Themengruppe aus. Achten Sie darauf, dass Selected Substances aktiviert ist, sonst bekommen Sie die Antworten zu allen Substanzen der Trefferliste. In beiden Fällen können Sie in einem weiteren Suchschritt auf zusätzliche Suchworte, Jahrgänge oder Sprachen eingrenzen Refine/Analyze, s. Folie 33 ff. Natürlich können die gefunden Textstellen auch ohne weiteres Eingrenzen gespeichert oder gedruckt werden. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 24

25 Textstellenbeispiel Suche über Explore by Chemical Substance Substance Identifier Registry-Nummer des Dihydrotestosterons P = preparation CAS-Registry-Nummern: Registrierungsnummer jeder chemischen Verbindung zur eindeutigen Identifizierung Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 25

26 Weitere Ansichtsmöglichkeiten bei den Substanztreffern Regulatorische Daten (EINECS, TSCA ) Lieferanten dieser Verbindung Reaktionen aus der Datenbank CASREACT Welche Angaben zu den Lieferanten? Hinweis: Keine direkten Toxizitöätsdaten msds hinweis Bei Suche nach Reaktionen nicht hierauf beschränken, auch get references, mit einschränkung preparations, reaktions usw. - es sind zwei verschiedene Datenbanken: CA und CASREACT (reicht zeitlich weiter zurück, sind aber insgeamt weniger Einträge in dieser Datenbank) Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 26

27 Suche nach chemischen Verbindungen mit der Summenformel Findet Textstellen ab 1967 Gesucht: Übersichtsartikel zur Verwendung von superkrit. CO 2 Wählen Sie "Explore" "Chemical Substance or Reaction" "Molecular Formula" aus. Mit dieser Suche finden Sie ebenfalls alle Textstellen zu einer Verbindung ab Eine solche Suche ist nur bei relativ "großen" bzw. seltenen Summenformeln angebracht, weil man sonst zu viele Isomere durchsuchen muss. Gute Ergebnisse sind bei anorganischen bzw. Koordinationsverbindungen zu erwarten. Geben Sie die Elemente in der Summenformel in beliebiger Reihenfolge ein. Benutzen Sie Groß- und Kleinbuchstaben, um Verwechslungen zu vermeiden: Meinen Sie mit co nun Co oder CO? Trennen Sie die einzelnen Elemente mit einer Leerstelle. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 27

28 Beispiel: Reviews zur Verwendung von superkritischem CO 2 Bei Suchen mit Summenformeln werden auch Isotopenverbindungen, Radikale und Ionen gefunden, bei Suchen mit dem Namen ist das viel schwieriger. Erfahrungsgemäß erscheint die ganz normale Verbindung (keine Isotope, keine Ladungen, kein Radikal) meistens am Ende der Trefferliste. Wenn Sie nicht mit dem Rollbalken bis nach unten blättern möchten, dann klicken Sie unter VIEW auf Reverse Order. Damit kehrt sich die Reihenfolge um und die normale Verbindung steht am Anfang. Zum Aufrufen der Quellen haben Sie wieder zwei Möglichkeiten, wie in Folie 27 dargestellt. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 28

29 Eine erste Trefferliste zur Verwendung von CO 2 Es werden sehr viele Treffer zur Verwendung von Kohlendioxid gefunden. Diese werden mit Analyze/Refine weiter eingeschränkt. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 29

30 Einschränken der Suche mit REFINE oder ANALYZE Liefert eine Suche zu viele Ergebnisse, können diese mit Analyze/Refine" eingeschränkt werden. Geben Sie einfach ein weiteres Suchwort (Research Topic), einen bestimmten Suchzeitraum (Publication Year ), eine Dokumentenart (Document Type) oder gewünschte Sprachen ein. Vorher kann mit Analyze" das Suchergebnis nach ausgewählten Kriterien gruppiert werden. Benutzen Sie beispielsweise Analyze by: Index Term", um andere relevante Suchworte zu gewinnen, Analyze by: CAS Registry Number", um Textstellen mit bestimmten Substanzen herauszufiltern oder Analyze by: Journal Name", um nur Artikel aus bestimmten Zeitschriften zu erhalten. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 30

31 REFINE mit Research Topic Die gefundenen Textstellen werden mit supercritical eingeschränkt. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 31

32 REFINE mit Document Type Nach der Einschränkung supercritical sind es noch 4418 Textstellen. Diese Anzahl wird mit Analyze/Refine Refine Document Type weiter reduziert. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 32

33 Verwenden von ANALYZE Jetzt sind es nur noch 325 Textstellen. Weiter mit Analyze/Refine Analyze -> Index Term. Mit Analyze wird das Suchergebnis nach ausgewählten Kriterien sortiert, von denen dann einige zur weiteren Einschränkung ausgewählt werden können. In den gesuchten Artikeln soll Superkritisches Kohlendioxid ein wesentlicher Inhaltspunkt sein. Diese Hauptinhalte einer Veröffentlichung werden von den Index Terms (Schlagworten) wiedergegeben. Deshalb wird versucht, über Analyze by Index Term relevante Schlagworte zu finden und die Suche damit einzugrenzen. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 33

34 Weitere Einschränkungen Jetzt sind es nur noch 211 Textstellen. Diese sollten auf Sprachen eingeengt werden, die man auch beherrscht ( Analyze/Refine Refine -> Language). Auch ein bestimmter Suchzeitraum (Publication Year ) kann vorgegeben werden. Da maximal 100 Treffer auf einmal gespeichert werden können, bietet es sich an, die Suchergebnisse mit dieser Option in kleinere Teilmengen aufzuteilen (Fünfjahreszeiträume, Zehnjahreszeiträume...) Nach dem Speichern einer Jahres-Teilmenge kommt man mit Back wieder in das Auswahlfenster für den Suchzeitraum zurück und kann die nächsten Jahre auswählen. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 34

35 Beispieltreffer Die gesuchten Kriterien - Suchworte, Publikationsjahr, Sprache usw. - sind zur besseren Übersicht blau hervorgehoben Abkürzungen von Suchworten hier z.b. supercrit. für supercritical findet SciFinder automatisch. Mit dem Computersymbol rechts oben kann wieder der Zugriff auf den kompletten Artikel erfolgen. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 35

36 Suche nach älterer Literatur zu Substanzen (vor 1967) Gesucht: Synthesen von Dihydrotestosteron bis 1967 Namensvarianten, die über Chemical Substance - Suche gefunden wurden Die Suche nach chemischen Verbindungen über Explore Chemical Substance or Reaction Substance Identifier (Name, Registry-Nummer) bzw. Molecular Formula findet nur Textstellen ab Die ältere Literatur kann nur über Explore Research Topic durchsucht werden! Benutzen Sie für die Suchanfrage möglichst viele Namensvarianten für die gesuchte chemische Verbindung. Nach dem ersten Namen werden bis zu drei weitere in Klammern eingegeben (in der Klammer durch Kommas getrennt). Gibt es noch mehr Namen, sollte man die Suche gegebenenfalls zweimal oder mehrmals hintereinander durchführen. Die verschiedenen Namen finden Sie im Substanznachweis. Zu diesem kommen Sie - wie auf Folie 25/26 gezeigt - über "Explore" Chemical Substance or Reaction" "Substance Identifier" mit einem Namen oder der Registry-Nummer der Chemikalie als Suchwort. Nach Eingabe der Frage wird die Suche mit Additional Options zeitlich eingeschränkt. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 36

37 Einschränken auf Jahre vor 1967 mit ANALYZE Sie können die Suche natürlich auch zunächst ohne zeitliche Einschränkung ablaufen lassen ( Additional Options nicht benutzen) und später mit Analyze/Refine weiter einschränken. Markieren Sie dazu in der Liste das erste (closely associated) der vorgeschlagnen Konzepte mit einem Häkchen in der Checkbox und klicken Sie auf "Get References". Mit Analyze/Refine Analyze Publication Year wird sodann eine statistische Analyse aller Publikationsjahre der in der Trefferliste zusammengefassten Veröffentlichungen erstellt. Lassen Sie sich die Statistik alphabetisch geordnet ausgeben. Dann sind die Jahre nicht nach der Häufigkeit, sondern chronologisch geordnet. Die von uns gesuchten Jahrgänge vor 1967 befinden sich somit am Ende der Liste. Markieren Sie die gewünschten Jahre mit einem Häkchen in der Checkbox und klicken Sie auf "Get References". Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 37

38 Beispieltreffer Suche nach älterer Literatur zu Substanzen über Research Topic Markieren Sie nach erfolgter Suche das erste (closely associated) der vorgeschlagenen Konzepte in der Liste mit einem Häkchen und klicken Sie auf Get References : Die Titelliste erscheint. Bei den alten Textstellen gibt es keine Indexterms (Schlagworte) und Registry-Nummern. Suchworte/Namen werden nur gefunden, wenn sie im Titel oder Abstract vorkommem. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 38

39 Stellen Sie die richtigen Fragen bei der Suche mit Explore by Research Topic! Nur mit klaren fachlichen Vorstellungen vom Suchgegenstand können relevante Suchbegriffe gewählt werden. Eine gewisse Vertrautheit mit dem Thema ist zum Formulieren der Suchfrage unbedingt nötig! Zerlegen Sie das Thema in einzelne Komponenten (Hauptgedanken) Diese Begriffe trennen Sie durch geeignete Präpositionen (of, in, with, by). Vermeiden Sie die Verwendung von Wortgruppen, es sei denn, Sie sind sicher, dass die Begriffe nur als genaue Phrase (wie eingegeben) vorkommen sollen. Lassen Sie redundante und zu allgemeine Worte weg: z.b.control analysis determination examination test detection search study statt: steroid analysis with hplc besser: hplc of steroids Suchen Sie maximal fünf Begriffe gleichzeitig! Starten Sie mit einer mehr allgemeinen/umfassenden Suche und verfeinern anschließend die Kandidaten mit Analyze References or Refine References! (Eingeben weiterer oder speziellerer Suchworte) Schrittweise Suchen! Zentrales Problem bei der Recherche in Scifinder: Wie interpretiert das System meine Suchfrage? Wie setzt es die natürlichsprachige Frage in einen Suchalgorithmus um? Schauen Sie sich die vorgeschlagenen Antwortsets gut an: -Konzepte as entered - Worte wie eingegeben (als Phrase) -Konzepte closely associated - Worte innerhalb eines Satzes -Konzepte anywhere in the reference - Suchworte irgendwo im Record Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 39

40 Häufige Fehler bei Suche mit Explore by Research Topic Beim Suchstart werden zu spezielle Fragen gestellt. Zu viele Begriffe (Konzepte) werden eingegeben. Nutzer kann die große Vielfalt der möglichen Suchworte für sein Suchthema nicht richtig einschätzen und sucht folglich nicht mit genügend Synonymen. Adjektive in der Suchanfrage, die für mehrere Substantive gelten sollen, werden nur einmal eingegeben. (falsch: I am interested in chiral reduction or hydrogenation) (richtig: I am interested in chiral reduction or chiral hydrogenation) Suchworte werden mit AND verknüpft, obwohl eigentlich OR gemeint ist (HPLC of steroids and alkaloids statt HPLC of steroids or alkaloids) Formulieren von Fragestellungen zu Patenten, Firmen, Zeiträumen, Dokumententypen schon bei der Start-Suchfrage (I am interested in Patente zum Thema A von Autor B (richtig: Additional Options benutzen) Zu frühes Einschränken mit den Additional Options anstatt bei großer Terffermenge mit Analyze/Refine zu arbeiten Es ist nicht möglich, eine Suche nach einem bestimmten Thema zu starten und dabei nur in bestimmten Zeitschriften zu suchen. Eine solche Suche erfolgt in mehreren Schritten: 1. Suche nach Thema A 2. Einschränken mit Analyze Zeitschriftentitel 3. Eventuelles weiteres Einschränken mit Refine Publication years auf bestimmte Zeiträume Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 40

41 Thematische Recherchen mit Research Topic Gesucht: Methoden zum Nachweisen der Verwendung anaboler Steroide bei Sportlern Das Suchthema können Sie nahezu in natürlicher Sprache in englisch eingeben. Suchworte, die durch Präpositionen wie as, by, of, on, at, in... verbunden sind, werden dicht nebeneinanderstehend (Closely related) gesucht. Durch Konjunktionen AND bzw. OR getrennte Bestandteile (Konzepte) einer Suchfrage müssen nur in ein und der selben Textstelle vorkommen, ob sie miteinander im Zusammenhang stehen, ist dabei belanglos. Suchen Sie z.b. Artikel zum Missbrauch anaboler Steroide, so verwenden Sie nicht anabolic steroids AND abuse" sondern abuse of anabolic steroids" Platzhalter (Wildcards) wie *? # gibt es nicht. SciFinder sucht selbständig nach möglichen Wortenden, Mehrzahl, Abkürzungen usw. Automatisch werden auch Synonyme des CA-Fachthesaurus für die eingegebenen Suchworte verwendet, z.b. preparation synthesis. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 41

42 Auswahl passender Konzepte Sie erhalten nach der Suche gestufte, alternative Ergebnismengen, die sogenannten Konzepte. Schauen Sie sich die Liste der von SciFinder vorgeschlagenen Konzepte sorgfältig an, um zu sehen, wie Ihre Suchanfrage interpretiert wurde. Im Zweifelsfall probieren Sie eine andere Variante der Suchfrage aus. Denken Sie daran: Der intelligente und kreative Teil des Systems sind Sie. Nur wenn Sie die Suchfrage richtig stellen, werden befriedigende Antworten geliefert Sehen Sie sich in den als geeignet ausgewählten Konzepten die Abstracts der einzelnen Nachweise gründlich an (Mikroskop-Symbol anklicken). Dort finden Sie geeignete Synonyme für die von Ihnen gesuchten Worte. use abuse, doping, misuse sports athletes, training exercise, bodybuilder, icehockey player, football player Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 42

43 Erweiterte Suche mit Synonymen Nach dem ersten Suchwort werden bis zu drei der gefundenen Synonyme in Klammern eingegeben (in der Klammer durch Kommas getrennt). SciFinder gibt eine Fehlermeldung aus, wenn zu viele Worte auf einmal verwendet werden. Führen Sie die Suche deshalb in zwei Schritten aus: 1. Suche mit Research Topic : use (misuse, abuse, doping) of anabolic steroids doping (use, misuse, abuse) with anabolic steroids oder auch Nicht so: (use or misuse or abuse or doping) of anabolic steroids oder so (doping or use or misuse or abuse) with anabolic steroids (Klammern nur zur Aufzählung von Synonymem verwenden, aber nicht zur logischen Gliederung der Suchfrage!) 2. Refine mit Research Topic : sports or athletes or training or exercise Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 43

44 Einschränken der Suche mit REFINE Research Topic Die 469 gefundenen Publikationen werden jetzt mit ANALYZE/REFINE REFINE Research Topic eingeschränkt. Die Suchworte für Refine (2. Stufe der Suche) können so sports or athletes or training or exercise sports (athletes, exercise, training) oder auch so eingegeben werden. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 44

45 Weiteres Einschränken mit ANALYZE (dt./engl. Reviews) Zur Beurteilung der gefundenen 215 Treffer zum Nachweis des Missbrauchs anaboler Steroide im Sport kann mit Analyze/Refine Analyze Dokument Type eine statistische Analyse aller Schriftstücke erstellt werden. Gibt es sehr viele Reviews, ist es oft zeitsparender, nur diese im Original durchzuschauen. Wir finden 60 Übersichtsartikel, von denen 38 in englisch und 3 in deutsch verfasst wurden. Das sollte reichen! Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 45

46 Strukturrecherche Sucht chemische Verbindungen und deren Derivate Textstellen ab 1967 Start einer Struktursuche Sie kennen die RN-Nummer der von Ihnen gesuchten chemischen Verbindung nicht, der von Ihnen eingegebene Name wird nicht gefunden oder es sollen gleichzeitig Derivate gesucht werden? Dann zeichnen Sie die gewünschte Verbindung. So können Sie sie über die Struktur suchen. Wählen Sie "Explorer" "Chemical Substance or Reaction" "Chemical Structure" aus. Eine Suche über die Struktur ist präziser als eine Namenssuche. So finden Sie alle Textstellen zu einer Verbindung ab 1967, egal welcher Substanzname in den einzelnen Publikationen verwendet wird. (Ältere Literatur zu einer Substanz sucht man über Research Topic s. Folie 39) Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 46

47 Hilfen beim Zeichnen von Strukturen Stereobindungen Es öffnet sich das Fenster zum Zeichnen von Strukturformeln: Generieren Sie hier Ihre Suchstruktur. Mit dem Stift zeichnen Sie Atome des in der unteren Leiste ausgewählten Elements. Über VIEW -> Dot Atoms können Sie zur besseren Übersicht Kohlenstoff-Atome als Punkte sichtbar machen. Mit dem Atom-Button können auch andere Elemente angeklickt werden (linke Maustaste gedrückt halten). Beim Short-Button finden Sie gängige Gruppen (OMe, i-bu, Ph...). Achtung: Shortcuts sind bei einer Substruktursuche für weitere Substitutionen blockiert. Mit dem X-Button können auch ganze Elementgruppen (Halogene, Metalle...) auf einmal für eine Substitution zugelassen werden. Die ausgewählten Variablen sind hier für weitere Substitutionen offen. Eine Ausnahme bilden Alkylketten Ak. Diese Variablen sind per Voreinstellung für Substitutionen blockiert. Möchten Sie das ändern, klicken Sie zuerst den Lock/Delock-Button (Schlüssel, links) an und dann auf das Ak- Symbol. (Übrigens findet man mit Ak als Variable sowohl lineare als auch verzweigte gesättigte oder ungesättigte Kohlenstoffketten.) Sollen an einer Stelle Ihrer Struktur mehrere Elemente möglich sein, z.b. C, N, P bzw. S, dann definieren Sie mit dem R-Button R-Gruppen mit diesem Button. Es erscheint ein Fenster, in dem Sie Atome, Shortcuts und/oder Variable auswählen können. Wird eine (längere) C-Kette gebraucht, so geht das hervorrragend mit dem Ketten-Tool. Klicken Sie auf die Stelle, an der die Kette beginnen soll, halten Sie dabei die linke Maustaste gedrückt und ziehen nach rechts bis die gewünschte Kettenlänge als Zahl neben dem Kursor erscheint. Mit dem Ring-Tool können Sie auf elegante Weise Ringe (3- bis 15-gliedrig) zeichnen. Nach dem Anklicken einfach die gewünschte Ringgröße angeben. Dabei können auch kondensierte Ringsysteme in einem Schritt konstruiert werden, mit der Eingabe von 665" entsteht z.b. ein Ringsystem aus zwei Sechsringen und einem Fünfring. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 47

48 Zeichnen einer Strukturformel Gesuchte Verbindung: 1. Stift anklicken 5-Ring zeichnen 2. N aus unterer Atomliste auswählen, Doppelbindung anklicken N- Atom im Ring rechts unten platzieren, =N-Gruppe zeichnen 3. C und Einfachbindung auswählen an Ringspitze Ethylgruppe zeichnen, 2. Ring vervollständigen, 3. Ring anschließen 4. Doppelbindung anklicken, Kursor auf die umzuwandelnden Bindungen stellen und klicken 5. O auswählen und platzieren Um nicht ständig Elemente und Bindungen wechseln zu müssen, kann man zuerst alles mit C-Atomen und Einfachbindungen zeichnen. Bei der fertigen Struktur können nach Auswählen der benötigten Elemente/Bindungensarten die zu ändernden Atome/Bindungen einfach durch Anklicken (Atom wird rot) überschrieben" werden. Es ist möglich, in einer Struktursuche nach Verbindungen zu recherchieren, die zwei oder mehr spezielle Fragmente enthalten. Zeichnen Sie die Strukturfragmente, die das Molekül enthalten soll einfach nebeneinander. Es werden alle Verbindungen gefunden, die diese Fragmente gleichzeitig besitzen. Was sich dazwischen befindet, ist nebensächlich. Für komplizierte Strukturen findet man in der oberen Menüzeile Templates. Das sind vorgefertigte Grundgerüste, die das Zeichnen z.b. von großen Ringsystemen sehr erleichtern. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 48

49 Suche nach der exakten Struktur Haben Sie die Struktur fertiggestellt, so wird mit Get Substances" die Suche eingeleitet. Entscheiden Sie, ob Sie exakt" oder eine Substruktur" suchen wollen. Bei der exakten Suche wird neben der gezeichneten Struktur automatisch auch nach Stereoisomeren, Tautomeren (incl. Keto-Enol), Koordinationsverbindungen, geladenen oder radikalischen Verbindungen, solchen mit Isotopen und nach Polymeren gesucht. Mit Additional Options" kann man einige dieser Varianten unterbinden. Bevor Sie auf "OK" klicken, können Sie hier mehrkomponentige Verbindungen (z.b. Polymere, Gemische) Isotope, Metall enthaltende Verbindungen (Salze, Komplexe) oder unvollständig beschriebene Substanzen von der Suche ausschließen (einzeln oder alle gleichzeitig). Die Stereoisomere, Isotopenverbindungen, Radikale und Ionen dagegen werden immer gefunden. Erfahrungsgemäß erscheint die ganz normale Verbindung meistens am Ende der Trefferliste. Blättern Sie deshalb bis nach unten. Bei den gefundenen chemischen Substanzen sind die von Ihnen als Suchfrage vorgegebenen Strukturen zur besseren Beurteilung der Treffer rot hervorgehoben (sowohl bei exakten Suchen als auch bei Substruktursuchen). Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 49

50 Substruktursuche - Preview Ist die gezeichnete Struktur kompliziert, kann die Suche einige Minuten dauern. Deshalb sollte vorher mit Preview" eine Proberecherche" gemacht werden, um zu sehen, ob die Treffer auch den Erwartungen entsprechen. Unerwünschte oder unerwartete Ergebnisse werden so erkannt und können durch zusätzliche Vorgaben in der Strukturformel verhindert werden. ( Back anklicken und man ist wieder im Fenster zum Zeichnen der Strukturen.) Im obigen Beispiel werden unerwünschte Verbindungen mit weiteren ankondensierten Ringen gefunden. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 50

51 Substruktursuche Blockieren der Bindungen Diese unerwünschten Verbindungen mit den ankondensierten Ringen können mit dem Lock out Rings"-Tool unterbunden werden. Mit diesem Werkzeug können ganze Ringe oder auch einzelne Bindungen von Ringen oder Ketten so blockiert werden, dass hier keine weiteren Ringe ankondensieren (isolierte Ringe und Ringsysteme). Substitutionen sind an den betreffenden Atomen aber noch möglich Ungewollte Substitutionen verhindert man mit dem Lock out Substitution"- Tool. Klicken Sie damit auf alle Atome, an denen keine Substituenten erlaubt sind. Das Elementsymbol wird dann von einem kleinen Kasten umrahmt. Über das Tools-Menü (oben) kann man mit (Un)Lock All Positions" alle Positionen auf einmal (de)blockieren. Shortcuts sind bei einer Substruktursuche per Voreinstellung automatisch für weitere Substitutionen blockiert. Ist die Struktur mit den blockierten Bindungen fertig, so wird Get Substances" -> Substruktur" angeklickt. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 51

52 Additional Options - Trefferliste der Substruktursuche Bevor Sie auf "OK" klicken, können wieder mit Additional Options" mehrkomponentige Verbindungen (z.b. Polymere, Gemische) Isotope, Metall enthaltende Verbindungen (Salze, Komplexe) oder unvollständig beschriebene Substanzen von der Suche ausgeschlossen werden (einzeln oder alle gleichzeitig). Die Stereoisomere, Isotopenverbindungen, Radikale und Ionen lassen sich nicht unterdrücken. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 52

53 Ergebnis ohne Blockierung von Ringen Hier wurde die Suche mit der ursprünglich auf Folie 44 gezeichneten Struktur durchgeführt. Es wurden keine Bindungen oder Ringe blockiert mehr als 100 zusätzliche Treffer. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 53

54 1. Eliminieren von Treffern mit Refine by Chemical Structure Verändern Sie die Struktur durch Blockierungen oder durch Substituenten. Die gefundenen Verbindungen werden jetzt mit ANALYZE or REFINE SUBSTANCES REFINE Chemical Structure eingeschränkt. Nach Anklicken des Lock out Rings"-Tool wird das Ringsystem so blockiert, dass hier keine weiteren Ringe ankondensieren (isolierte Ringe und Ringsysteme). Vergessen Sie nicht, bevor Sie auf "OK" klicken, müssen wieder mit Additional Options" mehrkomponentige Verbindungen (z.b. Polymere, Gemische) Isotope, Metall enthaltende Verbindungen (Salze, Komplexe) oder unvollständig beschriebene Substanzen von der Suche ausgeschlossen werden (einzeln oder alle gleichzeitig). Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 54

55 2. Eliminieren von Treffern mit Analyze Hier wird der Antwortsatz nach den enthaltenen Ringsystemen sortiert und in verschiedene Untergruppen aufgeteilt. Dabei kann man wählen, ob nur nach dem Ringgerüst (unabhängig von den Atomsorten", die darin enthalten sind) unterschieden wird, oder ob auch die Atome, die diese Ringe bilden, mit in die Analyse einbezogen werden (Ringe mit Heteroatomen extra). Am ausführlichsten ist die Analyse, wenn neben den Atomen auch noch die Bindungsarten in den Ringen untersucht werden. Die gefundenen Verbindungen werden hier mit ANALYZE or REFINE SUBSTANCES ANALYZE Ring Sceletons Ring Sceleton with Atom and Bonds eingeschränkt. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 55

56 Auswahl der gewünschten Ringsysteme In der Liste markieren Sie die interessierenden Ringgerüste (Häkchen setzen). Mit Get Substances" erzeugen Sie einen kleineren Treffersatz, der nur Verbindungen enthält, die die ausgesuchten Ringgerüste aufweisen. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 56

57 Bereinigte Trefferliste Sind Sie mit Menge und Qualität der Treffern zufrieden, so schauen Sie sich alle Verbindungen an, wählen Sie mit dem Häkchen eventuell welche aus. Das Suchergebnis (nur die Verbindungen) kann auch schon hier gespeichert werden (Menü-> Save as..., Öffnen des Antwortsatzes bei einer späteren Verwendung über FILE/Open). Mit Get References" bekommen Sie die dazugehörigen Textstellen angezeigt, wobei Sie sich zwischen allen Artikeln oder Publikationen zu bestimmten Aspekten (Herstellung, Spektren, Verwendung...) entscheiden können. DieTextstellennachweise können Sie ansehen, speichern, drucken oder mit Refine/Analyze nach weiteren Gesichtspunkten (Sprache, Zeitraum, Suchworte im Freitext) einschränken. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 57

58 Suche von Metallkomplexen (1) Scifinder variiert Strukturen, die Metalle enthalten, automatisch so, dass eine größtmögliche Trefferzahl erreicht wird. Ringbildende und lineare Strukturvarianten werden gleichzeitig gesucht, unabhängig davon, wie die Struktur vorgegeben wurde (Vollständigkeit vor Genauigkeit). Außerdem werden bei metallhaltigen Verbindungen auch immer die Hydrate mit gefunden. Daher kann das Suchergebnis relativ viel Ballast enthalten. Versuchen Sie diese Menge einzugrenzen, indem Sie vor der Suche bei "Automatically analyze substances by precision" ein Häkcken setzen und bei den Additional Options" alles außer Metalle ausschließen Tipp: Bequeme Möglichkeit zur Konstruktion einer Suchstruktur: Finden Sie in einer Freitextrecherche oder bei einer Namenssuche die CAS-Registry-Nummer einer Verbindung, die als Grundstruktur für Ihre Suche dienen kann, so markieren Sie diese und kopieren sie in die Zwischenablage (Strg+C). Von dort wird wird sie mit EDIT-> PASTE beim Zeichnen in das Strukturfenster geladen und kann bei Bedarf noch geändert werden. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 58

59 Suche nach Metallkomplexen (2) Nach der automatischen ANALYZE by Precision markieren Sie in der Liste Conventional Substructur (Häkchen setzen). Mit Get Substances" erzeugen Sie einen kleineren Treffersatz, der nur Verbindungen enthält, welche die in der Suchfrage gezeichnete Struktur aufweisen. Sind Sie mit Menge und Qualität der Treffern zufrieden, so schauen Sie sich alle Verbindungen an, wählen Sie mit dem Häkchen eventuell welche aus. Das Suchergebnis (nur die Verbindungen) kann auch schon hier gespeichert werden (Menü- > Save as..., Öffnen des Antwortsatzes bei einer späteren Verwendung über FILE/Open). Mit Get References" bekommen Sie die dazugehörigen Textstellen angezeigt, wobei Sie sich zwischen allen Artikeln oder Publikationen zu bestimmten Aspekten (Herstellung, Spektren, Verwendung...) entscheiden können. Die Textstellennachweise können Sie ansehen, speichern, drucken oder mit Refine/Analyze nach weiteren Gesichtspunkten (Sprache, Zeitraum, Suchworte im Freitext) einschränken. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 59

60 Suche nach Synthesen/Reaktionen über die Struktur Sucht Reaktionen Textstellen ab 1907 Start einer Reaktionssuche über die Struktur Brauchen Sie Reaktionen einer Verbindung/Verbindungsklasse (auch mit mehreren möglichen Substitutionen), so suchen Sie über die Struktur. Man findet sowohl vollständige Reaktionen ( A + B ->C ; D -> E) als auch Halbreaktionen" (F als Reaktant, Produkt nebensächlich; G als Produkt (Synthesevorschriften), Ausgangsstoff unwichtig). So finden Sie alle Textstellen zu Reaktionen ab 1974, egal welcher Substanzname in den einzelnen Publikationen verwendet wird. (Ältere Literatur zu Reaktionen sucht man über Research Topic s. Folie 33). Zum Zeichnen von Reaktionen wählen Sie "Explorer" "Chemical Substance or Reaction" "Chemical Structure" aus. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 60

61 Hilfen beim Zeichnen von Reaktionen Die Strukturen für Reaktionssuche-Anfragen werden mit den schon beschriebenen Hilfsmitteln generiert. Zusätzlich stehen diese Tools zur Verfügung: Reaction Site Marking - Markieren Sie damit eine oder mehrere Bindungen im Ausgangsstoff, die bei der Reaktion geändert/gebrochen werden bzw. Bindungen im Produkt, die sich ändern/entstehen (eine Doppellinie kennzeichnet nun diese Bindungen). Reaction Role - Klicken Sie diesen Button an und weisen Sie damit den gezeichneten Strukturen ihre Rolle bei der Reaktion zu. Tippen Sie eine Teilstruktur an, im sich öffnenden Fenster, wählen Sie die entsprechende Rolle aus und gehen auf OK". Die (Teil)struktur hat nun ein Etikett". Reaction Arrow - Zum automatischen Erteilen der Rollen in einer Reaktion klicken Sie auf den Reaktionspfeil und positionieren Sie ihn auf dem Zeichenbrett rechts neben den Ausgangsstoff, klicken und ziehen Sie bei gedrückter linker Maustaste bis vor das Reaktionsprodukt. Die Etiketten" Reactant or Reagent/ Material/ Product erscheinen. Reaction Mapping - Nachdem Sie Ausgangsstoff und Produkt gezeichnet und mit ihrer Rolle" in der Reaktion versehen haben, können Sie mit diesem Button zusammengehörende Atompaare aus Edukt und Produkt definieren (Atom 1 im Edukt entspricht Atom 1 im Produkt). Klicken Sie dazu nacheinander die entsprechenden Atome an. Beide Atome erhalten die selbe Nummer. Funktional Groups Über diesen Button kann man ohne Zeichnen von Strukturen Reaktionen von Substanzklassen suchen. Es öffnet sich das Fenster zum Zeichnen von Strukturformeln: Generieren Sie hier Ihre Suchstruktur. Achtung: Das Markieren von Bindungen mit Reaction Site Marking kreiert eine sehr spezifische Suchanfrage, die nur sehr wenige/keine Antworten liefern könnte. Sollte das der Fall sein, demarkieren Sie die Bindungen einfach wieder und wiederholen die Suche. Reaction Mapping - Es lassen sich beliebig viele Atompaare zusammenführen. Mit dem Radiergummi" kann man die Zuordnung wieder löschen. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 61

62 Beispiel eine Reaktionssuche: Herstellung von Alkenen aus Alkoholen durch Dehydratisierung Zeichnen Sie die Strukturen für Edukt und Produkt wie in Folie 44 und 45 beschrieben. Dann klicken Sie auf den Button mit dem Reaktionspfeil und setzen den Kursor zwischen Ausgangsstoff und Produkt. Nach einem Klick mit der linken Maustaste erscheint jetzt hier ein Reaktionspfeil und die gezeichneten Strukturen erhalten ein Etikett (reactant/reagent bzw. product). Alternativ dazu kann auch der Button A B angeklickt werden. Klickt man danach auf eine Teilstruktur, kann man deren Rolle in der Reaktion auswählen. Mit Get Reactions wird sie Reaktionssuche gestartet. Sollten die gezeichneten Strukturfragmente nicht ausreichend sein (z.b. zu klein deshalb zu viele mögliche Reaktionen Überschreiten der Systemressourcen) erhalten Sie eine Fehlermeldung des Systems. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 62

63 Suche mit Funktionellen Gruppen (1) Ein Weg zum Überwinden solcher Systemgrenzen ist die Verwendung von Funktionellen Gruppen. Damit lassen sich besonders gut Reaktionen von Substanzklassen finden. Nachdem das Funktional Groups"-Tool angeklickt wurde, öffnet sich ein Fenster zur Auswahl der benötigten funktionellen Gruppen (Stoffklassen). Voreingestellt ist All", hier werden alle verfügbaren Gruppen aufgeführt. Klicken Sie die Gruppe an, die Sie brauchen. Schneller geht das Durchscrollen, wenn Class Terms" ausgewählt wurde. Dann erscheinen rechts im Fenster die korrespondierenden Gruppierungen. Entweder Sie suchen sich rechts eine funktionelle Gruppe aus oder Sie nehmen den Class Term", dann werden alle dazugehörigen Gruppen gleichzeitig gesucht. Klicken Sie die gewünschte Gruppe oder den entsprechenden Class Term (hier im Beispiel ALCOHOLS) an, setzen den Cursor auf das Zeichenbrett links vom Reaktionspfeil und klicken nochmals: Die gewählte Sunstanzklasse wird gezeichnet und mit dem Etikett Reactnat/Reagent versehen. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 63

64 Suche mit Funktionellen Gruppen (2) Wiederholen Sie das noch einmal und wählen nun ALKENES als Class Term aus. Setzen Sie den Cursor rechts vom Reaktionspfeil auf das Zeichenbrett und klicken nochmals: Alkenes werden mit dem Etikett Product versehen gezeichnet. Übrigens: Es ist nicht nur möglich gemischte" Verbindungen zu zeichnen, die sowohl Terme von funktionellen Gruppen als auch normal gezeichnete Strukturteile enthalten wie in unserem Beispiel hier. Die gesuchten Reaktionen können genauso gut auch nur über Funktionelle Gruppen oder Class Terms definiert werden Den funktionellen Gruppen werden mit dem Reaction Role- bzw. dem Reaction Arrow-Tool dabei ihre Rollen in der Reaktion zugeordnet. Man kann auch wieder nur Halbreaktionen" definieren (nur Edukt(e) oder nur Produkt(e)). Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 64

65 Beispieltreffer der Reaktionssuche Die Treffer zeigen das Rektionsschema mit den Strukturformeln der Ausgangsstoffe und Produkte. Möchten Sie weitere Angaben zu den Reaktionspartnern/Produkten haben, so klicken Sie einfach auf die entsprechende Substanz. ( Extrafenster mit Registry-Nachweis dieser Verbindung: Namen, Eigenschaften und Informationen zu Datenbanken, die Einträge zur Substanz enthalten) Als Ergebnis einer Reaktionssuche wird nur der Textstellennachweis der Quelle angegeben. Ein Abstract wird hier nicht angezeigt. Aber der Textstellennachweis als Hyperlink zum Abstract angelegt. Ein Klick darauf öffnet ein Fenster mit den bibliographischen Angaben, der Zusammenfassung und den Schlagworten dieses Artikels/Patentes. Enthält eine Textstelle mehrere Treffer-Reaktionen werden diese nacheinander als jeweils neuer Nachweis angezeigt. Es kann sein, dass die gefundene Reaktion, ein Schritt einer mehrstufigen Synthese ist. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 65

66 Zuviele Treffer? Refine by Chemical Structur Sollten Sie zu viele Trefferreaktionen finden, können diese mit Refine Reactions" weiter eingeschränkt werden. Mit Chemical Strukture" können Sie z.b. die ursprüngliche Struktur ändern, Sie können weitere Atome und Bindungen hinzufügen oder auch mit Reaction Mapping bzw. Reaction Site Marking die gesuchte Reaktion näher beschreiben. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 66

67 Refine by Chemical Structur: Mapping + Reaction Site Reaction Mapping - Mit diesem Button können Sie zusammengehörende Atompaare aus Edukt und Produkt definieren (Atom 1 im Edukt entspricht Atom 1 im Produkt). Klicken Sie dazu nacheinander die entsprechenden Atome im Ausgangsstoff und Produkt an. Beide Atome erhalten die selbe Nummer. Es lassen sich beliebig viele Atompaare zusammenführen. Mit dem Radiergummi" kann man die Zuordnung wieder löschen. Um die Suche eindeutiger zu machen, geben Sie an, welche Bindungen sich bei der Reaktion ändern oder entstehen. Klicken Sie dazu auf das Reaction Site Marking -Tool und dann auf eine oder mehrere Bindungen im Ausgangsstoff, die bei der Reaktion geändert/gebrochen werden und/oder auf die Bindungen im Produkt, die sich ändern/entstehen (eine Doppelllinie kennzeichnet nun diese Bindungen). Sollte diese sehr spezifische Suchanfrage nur sehr wenige bzw. keine Antworten liefern, demarkieren Sie die Bindungen einfach wieder und wiederholen die Suche. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 67

68 Einschränken über Ausbeute, Ein/Mehrstufenreaktion, Reaktionsklassifizierung Sollten immer noch zu viele Trefferreaktionen gefunden werden, können diese mit Refine Reactions" nochmals weiter eingeschränkt werden. Grenzen Sie die Treffer nach der erreichbaren Ausbeute bzw. der Zahl der Reaktionsschritte (Ein- oder Mehrschrittreaktionen) ein. Eine weitere Möglichkeit ist das Einschränken nach dem Reaktionstyp oder das Ausschließen bestimmter Reaktionsarten (Reaction Classification). Denken Sie daran, mit Back" kommen sie immer wieder zum ursprünglichen Satz von Trefferreaktionen zurück. Den können Sie dann noch nach anderen Gesichtspunkten einschränken. Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 68

69 Speichern von Reaktionen Speichern Sie mit Save as... zuerst den Satz der gefundenen Reaktionen oder auch nur einige ausgesuchte Reaktionen als Reaktionschema. Unter Options legen Sie dabei fest, ob alle Treffer oder nur durch Ankreuzen in der Trefferliste ausgewählte Reaktionen gespeichert werden. Geben Sie einen Dateinamen ein. Beim Zugang über die Alphabetische bzw. Systematische Liste der ThULB daran denken: Wählen Sie für eine Speicherung : C$ on "Client " (V:) Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 69

70 Speichern der zu den Reaktionen gehörenden Quellen und Abstracts Nachdem Sie die Reaktionschemata abgespeichert haben, holen Sie sich mit Get References dann von allen oder den mit Häkchen markierten Reaktionen die dazugehörigen Quellen mit Abstracts und speichern diese anschließend ebenfalls: Save as... -> Options -> Full. Die Textstellen haben dabei die gleiche Reihenfolge wie die gefundenen Reaktionen. Nicht vergessen: Beim Zugang über die Alphabetische bzw. Systematische Liste der ThULB: Wählen Sie für eine Speicherung : C$ on "Client " (V:) Die erhaltenen Textstellen können vor dem Speichern wahlweise wieder nach Sprachen, Jahrgängen, Dokumentenarten (Reviews, Patente, Zeitschriftenaufsätze) usw. eingeschränkt werden. (Siehe Folie 27-34) Heike Göbel, Informationsvermittlungsstelle der Chemisch-Geowissenschaftlichen Fakultät 70