Vorgänger für Pathway Studio und IPA. Herbsttagung der Bibliotheken der BM-Sektion / Elisabeth Schlagberger

Transkript

1 Vorgänger für Pathway Studio und IPA Herbsttagung der Bibliotheken der BM-Sektion / Elisabeth Schlagberger

2 STRING und STITCH als Art Vorgänger- Systeme Unter (Proteine/Gene) u. (Pharmaka) auf unserer IVS- Seite. Frei zugängliche Softwareprogramme mit graphischer interaktiver Netzwerk-Darstellung. Beide entwickelt und betrieben u. a. von EMBL (European Mol. Biology Lab) und der Univ. Zürich. Klassifizierungssysteme für die eindeutige Bezeichnung von Proteinen / Genen bzw. Pharmaka sowie deren Interaktionen untereinander.

3 Bestimmung des Proteinnamen/ Identifier u. Organismus

4 Identifier bestimmen über: UniProt. KB unter Protein- Knowledge-Database (Retrieval- System, verzeichnet sämtliche Protein- Namen). Entwickelt u. betrieben u.a. vom European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), SIB Swiss Institute of Bioinformatics schlossen sich diese zusammen. Größte Datenbanksystem für Proteine von Mensch, Tier und Pflanzen.

5 UniProt. Datenbanken-Struktur

6 Proteinname Identifier zuordnen (CCND1 ist in mehreren Organismen enthalten)

7 Protein-Identifier findet Protein in verschiedenen Spezies / Arten (Homo Sapiens) CCND1 Protein kommt in 110 Arten vor.

8 Interaktives Netzwerk erzeugen: CCD1 Gesuchtes CCND1 in Rot und Bindungspartner Legende Bindungs- Partner u. Relationen

9 STITCH 5 Name Säure Retinoic Acid.

10 STITCH Netzwerk von Retinoic Acid u. Bindungspartner retinoic acid

11 Angabe zugehöriger PubMed-Volltexte Link zum Volltext Suchterminus: Retinoic Acid

12 Verlinkung zum Abstract/Volltext in PubMed

13 Pathway Studio von Elsevier Herbsttagung der Bibliotheken der BM- Sektion / Elisabeth Schlagberger

14 Pathway Studio Mammalian und Pathway Studio Plant Version Web Edition. Mammalian database: Säugetiere: Homo Sapiens, Ratte, Maus. Plant database: Arabidopsis=Ackerschmalwand, Mais, Reis. Diese dienen als Modelle; für sie liegt ein vollständig entschlüsseltes Genom vor.

15 Import Entity-List aus Excel-Sheet My Projects Signalwege Hochladen der Daten aus Excel-Sheet. Synonyme (Gen- oder Protein- Gruppen, Familien)

16 Import IDs (Proteine u. Gennamen hochladen), Swiss-Prot. Accension Private Entities für eigene Daten auswählen. Identifier- Auswahl für Proteine u. Gene.

17 Folder to save: ESchlagberger_Projects Speicherort

18 Datenauswertung unter My Project Letzter Import

19 Bestandteile (Gene & Proteine) Liste der Entities für Layout- Darstellung auswählen

20 Über Tools: Network Builder auswählen( direct interactions ) Filter setzen

21 Verschiedene Layouts mit Interaktionen der Proteine (Gene)

22 Legende setzen Layout-Auswahl-Button: Layout by Localization, Plain Membrane. Werkzeug-Leiste (Schriftgröße, Style, )

23 Layout der Zelle mit Membran, Nukleus, Mitochondrium, endoplasmat. Retikulum Gene (DNA) u. Proteine

24 References anzeigen lassen (relevante Sätze) Liste der Referenzen

25 Quelleangabe über Identifiern (DOI, PMID, ISSN) z. eindeutigen Zuordnung) per DOI zum pdf. gelangen.

26 Ausgewertete Literatur v. Elsevier Pathway Studio wertet Artikel aus Volltext-Journalen aus. Zusätzlich die Ergebnisse aus klinischen Studien wurden ausgewertet. Das Analyse-Tool wertet mehr als Metaboliten u. Signalübertragungswege aus.

27 IPA - Ingenuity Pathway Analysis von Qiagen Herbsttagung der Bibliotheken der BM- Sektion / Elisabeth Schlagberger

28 IPA als Datenanalyse-System Früher Ingenuity von graduate students der Universität Stanford entwickelt; 2003 an Qiagen verkauft wurden. IPA wertet Omics-Daten (Proteomics & Genomics) aus, zeigt Interaktionen zwischen Proteinen u. Genen auf sowie Mechanismen, Funktionen u. die Zugehörigkeit zu (kanonischen) Signalübertragungswege auf. Vereint die eigene Ingenuity Knowledge Base neben weiteren integrierten (biologischen) Datenbanken. Beinhaltet 5.5 Millionen findings sowie deren Zusammenhänge u. bietet kanonische Signalübertragungswege. Basiert auf arten-spezifischen Identifier f. Mensch, Maus, Ratte. Seit vorletztem Release: für Hund, Zebrafisch, Arabidopsis, Nematode (Fadenwurm), Drosophila.

29 Eigene Projekte Projekt-Manager von IPA

30 1. Upload Dataset (Identifier-Zuordnung) 2. Analyze Dataset Infer Observ. (Beschriftung übernehmen) Identifier- Spalte (amerik. Identifier), nur 1 Spalte (bis zu 20 Observations), Exp. Fold- Change. Abweichungen. Exp. Intensity: Variationen (-/+) direkte Messwerte.

31 Graphische features: sog. Heatmap bei Krankheiten, Genregulation. zeigt Verhältnis an. Krebszelle (Gene: up-/ down regulation, orange= hoch expremiert)

32 Weitere Features & Tools Vergleiche visualisieren: verschiedene Analyse- Datenmengen können verglichen werden u. mithilfe erzeugter Schnittmengen von Genen (bzw. Proteinen) neue Interpretations- und Auswertungsansätze liefern.

33 Findings anzeigen: hier Zuordnung zu Literature findings Signalwegen

34 Über Findings auf die Accession Number zum PubMed Abstract Acc. number

35 Vielen Dank für Ihre/Eure Aufmerksamkeit!