Vorgänger für Pathway Studio und IPA Herbsttagung der Bibliotheken der BM-Sektion 07.11.2016/08.11.2016 Elisabeth Schlagberger
STRING und STITCH als Art Vorgänger- Systeme Unter http://string-db.org (Proteine/Gene) u. http://stitch.embl.de (Pharmaka) auf unserer IVS- Seite. Frei zugängliche Softwareprogramme mit graphischer interaktiver Netzwerk-Darstellung. Beide entwickelt und betrieben u. a. von EMBL (European Mol. Biology Lab) und der Univ. Zürich. Klassifizierungssysteme für die eindeutige Bezeichnung von Proteinen / Genen bzw. Pharmaka sowie deren Interaktionen untereinander.
Bestimmung des Proteinnamen/ Identifier u. Organismus
Identifier bestimmen über: UniProt. KB unter http://www.uniprot.org Protein- Knowledge-Database (Retrieval- System, verzeichnet sämtliche Protein- Namen). Entwickelt u. betrieben u.a. vom European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), SIB Swiss Institute of Bioinformatics. 2002 schlossen sich diese zusammen. Größte Datenbanksystem für Proteine von Mensch, Tier und Pflanzen.
UniProt. Datenbanken-Struktur
Proteinname Identifier zuordnen (CCND1 ist in mehreren Organismen enthalten)
Protein-Identifier findet Protein in verschiedenen Spezies / Arten (Homo Sapiens) CCND1 Protein kommt in 110 Arten vor.
Interaktives Netzwerk erzeugen: CCD1 Gesuchtes CCND1 in Rot und Bindungspartner Legende Bindungs- Partner u. Relationen
STITCH 5 Name Säure Retinoic Acid.
STITCH Netzwerk von Retinoic Acid u. Bindungspartner retinoic acid
Angabe zugehöriger PubMed-Volltexte Link zum Volltext Suchterminus: Retinoic Acid
Verlinkung zum Abstract/Volltext in PubMed
Pathway Studio von Elsevier Herbsttagung der Bibliotheken der BM- Sektion 07.11.2016/ 08.11.2016 Elisabeth Schlagberger
Pathway Studio Mammalian und Pathway Studio Plant Version 11.2.5. Web Edition. Mammalian database: Säugetiere: Homo Sapiens, Ratte, Maus. Plant database: Arabidopsis=Ackerschmalwand, Mais, Reis. Diese dienen als Modelle; für sie liegt ein vollständig entschlüsseltes Genom vor.
Import Entity-List aus Excel-Sheet My Projects Signalwege Hochladen der Daten aus Excel-Sheet. Synonyme (Gen- oder Protein- Gruppen, Familien)
Import IDs (Proteine u. Gennamen hochladen), Swiss-Prot. Accension Private Entities für eigene Daten auswählen. Identifier- Auswahl für Proteine u. Gene.
Folder to save: ESchlagberger_Projects Speicherort
Datenauswertung unter My Project Letzter Import
Bestandteile (Gene & Proteine) Liste der Entities für Layout- Darstellung auswählen
Über Tools: Network Builder auswählen( direct interactions ) Filter setzen
Verschiedene Layouts mit Interaktionen der Proteine (Gene)
Legende setzen Layout-Auswahl-Button: Layout by Localization, Plain Membrane. Werkzeug-Leiste (Schriftgröße, Style, )
Layout der Zelle mit Membran, Nukleus, Mitochondrium, endoplasmat. Retikulum Gene (DNA) u. Proteine
References anzeigen lassen (relevante Sätze) Liste der Referenzen
Quelleangabe über Identifiern (DOI, PMID, ISSN) z. eindeutigen Zuordnung) per DOI zum pdf. gelangen.
Ausgewertete Literatur v. Elsevier Pathway Studio wertet Artikel aus 1.700 Volltext-Journalen aus. Zusätzlich die Ergebnisse aus 200.000 klinischen Studien wurden ausgewertet. Das Analyse-Tool wertet mehr als 1.250 Metaboliten u. Signalübertragungswege aus.
IPA - Ingenuity Pathway Analysis von Qiagen Herbsttagung der Bibliotheken der BM- Sektion 07.11.2016/08.11.2016 Elisabeth Schlagberger
IPA als Datenanalyse-System Früher Ingenuity von graduate students der Universität Stanford entwickelt; 2003 an Qiagen verkauft wurden. IPA wertet Omics-Daten (Proteomics & Genomics) aus, zeigt Interaktionen zwischen Proteinen u. Genen auf sowie Mechanismen, Funktionen u. die Zugehörigkeit zu (kanonischen) Signalübertragungswege auf. Vereint die eigene Ingenuity Knowledge Base neben weiteren integrierten (biologischen) Datenbanken. Beinhaltet 5.5 Millionen findings sowie deren Zusammenhänge u. bietet kanonische Signalübertragungswege. Basiert auf arten-spezifischen Identifier f. Mensch, Maus, Ratte. Seit vorletztem Release: für Hund, Zebrafisch, Arabidopsis, Nematode (Fadenwurm), Drosophila.
Eigene Projekte Projekt-Manager von IPA
1. Upload Dataset (Identifier-Zuordnung) 2. Analyze Dataset Infer Observ. (Beschriftung übernehmen) Identifier- Spalte (amerik. Identifier), nur 1 Spalte (bis zu 20 Observations), Exp. Fold- Change. Abweichungen. Exp. Intensity: Variationen (-/+) direkte Messwerte.
Graphische features: sog. Heatmap bei Krankheiten, Genregulation. zeigt Verhältnis an. Krebszelle (Gene: up-/ down regulation, orange= hoch expremiert)
Weitere Features & Tools Vergleiche visualisieren: verschiedene Analyse- Datenmengen können verglichen werden u. mithilfe erzeugter Schnittmengen von Genen (bzw. Proteinen) neue Interpretations- und Auswertungsansätze liefern.
Findings anzeigen: hier Zuordnung zu Literature findings Signalwegen
Über Findings auf die Accession Number zum PubMed Abstract Acc. number
Vielen Dank für Ihre/Eure Aufmerksamkeit!