GBIF-D: Das deutsche Verbundprojekt der Global Biodiversity Information Facility Infrastruktur und Daten-Netzwerk für die Biodiversitätsforschung

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Astrid Gerstle
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1 Maren Gleisberg & Walter G. Berendsohn - GBIF-D Koordination Botanischer Garden und Botanisches Museum Berlin-Dahlem GBIF-D: Das deutsche Verbundprojekt der Global Biodiversity Information Facility Infrastruktur und Daten-Netzwerk für die Biodiversitätsforschung GESIS DataCite Workshop Köln am

2 Inhalt Die Basis: GBIF International Das deutsche Verbundprojekt GBIF-D Daten-Infrastruktur & Technologien Daten-Netzwerk & Partner(-Projekte) Zukunftsaufgaben & Perspektive

3 Die Basis: GBIF International

4 Die Basis: GBIF-International Mission: Die Global Biodiversity Information Facility - GBIF hat sich zum Ziel gesetzt, wissenschaftliche Daten und Informationen zur weltweiten Artenvielfalt in digitaler Form über das Internet für die Forschung, Politik, Naturschutz und allgemeine Nutzung frei und dauerhaft verfügbar zu machen.

5 GBIF-International 59 Länder, 47 Organisationen > 500 Projektmitarbeiter weltweit map as of

6 GBIF-International

7 GBIF international: IUCN, GEO Bon, IPBES, GBIF = globale Biodiversitätsdaten aus der Forschung werden zur Verfügung gestellt für: Entscheidungsträger Forschungszwecke Öffentliche Nutzung GBIF unterstützt internationale Organisationen, z.b.: IUCN, GEO Bon, EU Bon, GEOSS, Vorbereitungen für einen zukünftigen Weltbiodiversitätsrat (IPBES)

8 GBIF Daten in Publikationen

9 Das deutsche Verbundprojekt GBIF-D

10 GBIF-Deutschland (GBIF-D) Deutschland gehört zu den Gründungsmitgliedern von GBIF (2001), stellt bereits seit 2003 Biodiversitätsdaten zur Verfügung, seit Ende 2010 GBIF-Deutschland (GBIF-D) neue BMBF-Förderphase

11 GBIF-D Projekte : Die Finanzierung BMBF unterstützt 3 Förderprogramme zur Finanzierung von GBIF-D ( Ende 2010: Investitionen in die technische Infrastruktur BMBF & DFG: zahlen gemeinsam deutschen Beitrag für GBIF International Secretariat in Copenhagen DFG unterstützt u.a.:

GBIF-D: Netzwerk aus 8 Knoten Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-Dahlem (BGBM), Freie Universität Berlin: Projektkoordination, Pflanzen & Protisten Staatlichen Naturwissenschaftlichen

12 GBIF-D: Netzwerk aus 8 Knoten Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-Dahlem (BGBM), Freie Universität Berlin: Projektkoordination, Pflanzen & Protisten Staatlichen Naturwissenschaftlichen Sammlungen Bayerns (SNSB): Pilze & Flechten, Evertebraten II Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen in Braunschweig (DSMZ): Bakterien & Archaeen Museum für Naturkunde Berlin (MfN): Insekten (Evertebraten I), Fossilien Senckenberg Forschungsinstitut (FIS): Evertebraten III (Marine Sammlungsdaten) Zoologisches Forschungsmuseum Alexander Koenig Bonn (ZFMK): Wirbeltiere

13 GBIF-D: IT-Kommission Beratendes Gremium innerhalb von GBIF-D IT-Leiter alle beteiligten Knoteninstitute 2 Treffen p.a., Mailingliste Problembehandlungen, Synergien, Spezialisierungen Kooperation, Innovation Digitalisierungsstationen (WIKI)

14 GBIF-D Arbeitsprogramm : Die Kernaufgaben Hauptziel: Mobilisierung geeigneter Daten Erweiterung der deutschen GBIF-Community z.b. Citizen Science, Algen & Protisten, Digitalisierung und Datenmobilisierung von Daten aus naturkundlichen Sammlungen Erweiterung von Diensten für die GBIF-Community Daten-Hosting Bilddaten-Verwaltung (Image Server, BGBM) Taxonomische Informationssysteme

15 Millionen Datensätze Deutscher Beitrag zu GBIF und künftige Datenmobilisierung Provision planned Anbindung geplant Provision secured Anbindung zugesagt Data provision Daten angebunden

16 Deutscher Beitrag zu GBIF Aktuelle Datenmobilisierung Geografische Verteilung der durch Deutschland bereit gestellten primären Biodiversitätsdaten: 11 Mio. Datensätze (Stand ).

17 Deutscher Beitrag zu GBIF Datenmobilisierung 2011 & 2012 Top 10

18 as of Deutscher Beitrag zu GBIF Datenmobilisierung 2011 & 2012 Top 10

http://imsgbif.gbif.org/cms_new/dpstat_node.php as of 10.12.

19 as of Deutscher Beitrag zu GBIF Datenmobilisierung 2011 & 2012 Top 10

20 Daten-Infrastruktur & Technologien

21 Beispiel: Geo-referenced USA data Verbatim data as shared on the network

22 Beispiel: Geo-referenced USA data Verbatim data as shared on the network

23 Beispiel: Geo-referenced USA data - Coastal regions recognised - Offshore islands recognised

24 GBIF-D: Wie werden Daten(banken) an GBIF angebunden? Datenbanken werden weiterhin vom Provider gepflegt und können mittels Provider-Software mit GBIF verbunden werden z. B. BioCASe GeoCASe oder sich den bestehenden Datenbanken, Netzwerken und Repositorien anschließen z.b. SESAM, OBIS, PANGAEA, DiversityWorkBench, Specify, etc. Maren Gleisberg, GBIF-D Koordination, BGBM Berlin-Dahlem

triple ID: SourceID, SourceInstitutionID, UnitID ABCD + EFG-Erweiterung:

25 BioCASe & der ABCD - Standard BioCASe Provider Software ABCD - Standard Access to Biological Collection Data umfassend, hochauflösend, permanente Weiterentwicklung triple ID: SourceID, SourceInstitutionID, UnitID ABCD + EFG-Erweiterung: Extension for Geosciences GeoCASEe Provider Software ABCD + DNA: Erweiterung für DNA-Daten

26 Vernetzung von Primärdaten: BioCASe / GBIF Unsere Software ermöglicht die Kommunikation zwischen Providern/Datenbereitstellern und Biodiversitätsnetzwerken wie GBIF (1) Anfrage über das Internet Marmota marmota? (2) Übersetzung der Anfrage für die Quelldatenbank, Abfrage SELECT * FROM specimen WHERE ScientificName LIKE Marmota marmota% (3) Standardisierte Datenrückgabe (z.b. ABCD)

27 Daten-Infrastruktur & Technologie Finanzierung von techn. Infrastruktur ( ) u.a. Scanner, Digitalisierungsstationen, Imageserver für hochauflösendes Bildmaterial Dt. Virtuelles Herbarium Gestaltung & (Weiter-)Entwicklung der Software BioCASe & ABCD, DiversityWorkBench, SESAM,

28 Daten-Netzwerk & Partner(-Projekte) Maren Gleisberg & Walter G. Berendsohn, GBIF-D Koordination, BGBM Berlin-Dahlem

29 Projekte, die BioCASe nutzen Global Genome Biodiversity Network-GGBN

30 anymals+plants Biodiversität in der Hosentasche kostenfreie App für, (iphone) Verknüpfung von lokalem Standort (GPS), GBIF-Informationen und Informationen aus Wikipedia BMBF-Förderung Aktuell: ~ Nutzer

ein BioCASe Special Interest Network Quellmaterial / Belege Analyseergebnisse DNA Bank Network Webportal ABCD ABCDDNA Bereitstellung von geprüften DNA Proben für

31 ein BioCASe Special Interest Network Quellmaterial / Belege Analyseergebnisse DNA Bank Network Webportal ABCD ABCDDNA Bereitstellung von geprüften DNA Proben für molekulare Analysen Verknüpfung der DNA Probendaten sowohl zu den beprobten Belegen als auch zu den DNA Sequenzen und anderen Analyseergebnissen Gefördert durch Initiiert von

32 Associated partners Edaphobase Co-operation partners Associated data from grey literature (expertise, monitoring reports, etc.) www BioCASE/ABCD BioCASE/ABCD Literature and collection data

33 rebind Projekt zur Rettung gefährdeter Biodiversitätsdaten Phase I Export und Transformation nach XML Phase II Validierung Phase III XML Datenbank Phase IV Netzwerkverbindung gefährdete Daten BioCASe Providersoftware XML Reparatursoftware XML v Datenarchiv + Meta data XML webservices Datenabfragen GBIF BioCASE v rebind Arbeitsschritte zur Archivierung von gefährdeten Primärdaten Workflow Konvertierung in XML Validierung und Qualitätskontrolle Archivierung Open access über Schnittstellen

34 BinHum Erschließung und Digitalisierung von objektbezogenen wissenschaftlichen Sammlungen DFG LIS Netzwerkprojekt des Humboldtringes

35 Zukunftsaufgaben & Perspektive

Networks) AlgaTerra, DNA-Bank-Netzwerk (GGBN) Einwerbung neue Provider

36 Zukunftsaufgaben Entwicklung weiterer Community-Tools & Services Vergrößerung des Netzwerkes /des Datenangebotes SIN (Special Interest Networks) AlgaTerra, DNA-Bank-Netzwerk (GGBN) Einwerbung neue Provider Verbesserung der Datenqualität Datacleaning, Beteiligung an Weltbiodiversitätsrat IPBES

37 Perspektive: GBIF International Memorandum of Understanding (MoU) entfristet Regionalisierung (European Nodes ->EU) 2012: Beitritt Brasilien & Israel GBIF Strategic Plan: Seizing the Future

38 Perspektive: GBIF-D MoU in 2012 unterzeichnet GBIF-D weiterhin voting Participant Dr. Ch. Häuser: Chair Rules Committee Dr. W. Berendsohn: Vice Chair Budget Committee Verstetigung BioCASe support am BGBM Zwischenfinanzierung durch Institutionalisierung möglich Zahlreiche Partnerprojekte (z.b. via DFG LIS)

39 Danke an die GBIF-D Partner & GBIF International Andreas Allspach, Walter G. Berendsohn, Boyke Bunk, Zdravko Čolić, Wolfram Fritsch, Maren Gleisberg, Falko Gloeckler, Peter Grobe, Anton Guentsch, Gregor Hagedorn, Christoph L. Häuser, Gerhard Haszprunar, Anke Hoffmann, Jörg Holetschek, Regine Wolfgang Kießling, Alexander Kroupa, Wolf-Henning Kusber, David Lazarus, Michael Martin, Lothar Menner, Martin Müller, Jörg Overmann, Klaus Riede, Martin Pluta, Roland R. Melzer, Wolfgang Reichert, Heike Schröder, Bernhard Schurian, Carola Söhngen, Jörg Spelda, Dagmar Triebel, Michael Türkay, Renate van den Elzen, Sabine von Mering, Tanja Weibulat die Geldgeber BMBF & DFG Das GBIF-D Projekt, Kompetenzzentren innovativer Datenmobilisierung wird vom Bundesministerium für Bildung und Forschung BMBF finanziert (FKZ 01 LI 1001 A). GESIS für die Einladung & an Sie für Ihre Aufmerksamkeit Gibt es Fragen?

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