Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA

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1 Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA ROLAND RAU Universität Rostock, Wintersemester 2014/ Oktober 2014 Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 1 / 19

2 Tutoren gesucht! Für Übungen zur Lehrveranstaltung: Einführung in die Demographie Bitte meldet Euch bei Interesse noch heute via bei: Marcus Ebeling oder Frederick Peters Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 2 / 19

3 Übersicht Forschungspraktikum?!? Studiengangsspezifische Prüfungs- und Studienordnung für den Masterstudiengang Demographie der Universität Rostock vom 9. September (1) Lehr- und Lernformen Forschungspraktikum Forschungspraktika sind auf aktive Mitarbeit der Studierenden hin ausgerichtete Veranstaltungen, in denen die Studierenden unter Anleitung und in kleinen Gruppen eigene Forschungsprojekte bearbeiten. Es vermittelt anhand ausgewählter Forschungsfragen die Fähigkeit zur eigenständigen Durchführung eines Forschungsprojekts im Bereich der demographischen Analyse. Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 3 / 19

4 Übersicht Forschungspraktikum?!? Studiengangsspezifische Prüfungs- und Studienordnung für den Masterstudiengang Demographie der Universität Rostock vom 9. September (1) Lehr- und Lernformen Forschungspraktikum Forschungspraktika sind auf aktive Mitarbeit der Studierenden hin ausgerichtete Veranstaltungen, in denen die Studierenden unter Anleitung und in kleinen Gruppen eigene Forschungsprojekte bearbeiten. Es vermittelt anhand ausgewählter Forschungsfragen die Fähigkeit zur eigenständigen Durchführung eines Forschungsprojekts im Bereich der demographischen Analyse. Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 4 / 19

5 Warum? Unser Thema: Krebssterblichkeit in den USA Demographie ist interdisziplinär; Überschneidungsbereich: Demographie / Epidemiologie / Sozialmedizin Anwendung von Methoden der Survival-Analyse Arbeit mit Registerdaten Großer Datensatz (nicht unbedingt big data, aber ein bisschen in die Richtung) Berufschancen Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 5 / 19

6 Warum? Unser Thema: Krebssterblichkeit in den USA Number of deaths for leading causes of death Krankheit Sterbefälle im Jahr 2010 Heart disease: 596,577 Cancer: 576,691 Chronic lower respiratory diseases: 142,943 Stroke (cerebrovascular diseases): 128,932 Accidents (unintentional injuries): 126,438 Alzheimer s disease: 84,974 Diabetes: 73,831 Influenza and Pneumonia: 53,826 Nephritis, nephrotic syndrome, and nephrosis: 45,591 Intentional self-harm (suicide): 39,518 Quelle: Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 6 / 19

7 häufigste Todesursachen im Jahr 2010 in Deutschland Frauen Rang Alle Alter < 65 Deutschland MV MV 1 I25 IHD I25 IHD C50 Brustkrebs 2 I50 Herzinsuff. I21 Infarkt C34 Lungenkrebs 3 I21 Infarkt I50 Herzinsuff. K70 Alk. Leber. 4 C50 Brustkrebs C50 Brustkrebs I21 Infarkt 5 C34 Lungenkrebs I11 Bluthochdruck C64 Krebs Ovar. 6 I64 Schlaganfall C34 Lungenkrebs C18 Darmkrebs 7 I11 Bluthochdruck J18 Pneumonie C16 Magenkrebs 8 J44 COPD I64 Schlaganfall C25 Krebs Pankr. 9 C18 Darmkrebs I63 Hirninfarkt R99 10 F03 Demenz C25 Pankreaskrebs F10 Psych. Verh. Alkohol Quelle: Gesundheitsberichterstattung des Bundes, eigene Darstellung Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 7 / 19

8 häufigste Todesursachen im Jahr 2010 in Deutschland Männer Rang Alle Alter < 65 Deutschland MV MV 1 I25 IHD I25 IHD K70 Alk. Leber. 2 I21 Infarkt C34 Lungenkrebs C34 Lungenkrebs 3 C34 Lungenkrebs I21 Infarkt I21 Infarkt 4 J44 COPD K70 F10 Psych. Verh. Alkohol 5 I50 Herzinsuff. I50 Herzinsuff. T71 Erstickung 6 C61 Krebs Prost. J44 COPD I25 IHD 7 C18 Darmkrebs C61 Krebs Prost. R99 8 R99 J18 Pneumonie T07 9 J18 Pneumonie C18 Darmkrebs C15 Krebs Ösoph. 10 I64 Schlaganfall T71 Erstickung C25 Krebs Pankr. Quelle: Gesundheitsberichterstattung des Bundes, eigene Darstellung Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 8 / 19

9 Termine Grober Terminplan # Tag Thema Einführung, Data-Agreement, erste Schritte Methoden & Einübung am PC Methoden & Einübung am PC Methoden & Einübung am PC Besuch der Strahlenklinik (Südstadtklinikum) Methoden & Einübung am PC Methoden & Einübung am PC Kurzvorstellung der Forschungsthemen der Kleingruppen Beratung Beratung Vorträge RR, Berlin: 10 Jahre Rostocker Zentrum Vorträge Vorträge Die Materialien zur Veranstaltung finden Sie in aller Regel auf meiner Homepage: bzw. direkt unter: http: // prof-dr-roland-rau/wintersemester /forschungspraktikum/ Bitte nicht den Termin für die Prüfungsanmeldung versäumen! Vermutlicher Abgabetermin Hausarbeiten: Mitte/Ende März (bitte rechtzeitig erkundigen!) Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 9 / 19

10 Ziel des Forschungspraktikums: Eigenständiges (Mini-)Forschungsprojekt aus dem Bereich Krebssterblichkeit in den USA Mein Beitrag: Grundlagen von awk/gawk Inzidenz /Prävalenz Kaplan-Meier Schätzer parametrische Regression Cox-Model (evtl.) Poisson Regression (evtl.) logistische Regression Euer Beitrag: Erstellen und präsentieren eines (kleinen) Forschungsberichts mittels Erstellen eines eigenen Datensatzes Literaturrecherche Formulierung von eigenen Forschungsfragen Analyse der Daten Präsentation der Ergebnisse & Verfassen eines kleinen Berichts (etwa 15 Seiten). Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 10 / 19

11 Heutige Veranstaltung: Unterzeichnen des Data Agreements Verteilen der Daten Ansicht und Überblick über die Daten Erste Schritte in gawk Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 11 / 19

12 Unterzeichnen des Data Agreements Verteilen der Daten Ansicht und Überblick über die Daten Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 12 / 19

13 Was ist awk/gawk? Unsere Daten aus den amerikanischen Krebsregistern liegen im Text-Format vor. Jede Zeile entspricht einem Individuum und jede Spalte einer Variable. Die Daten selbst sind jedoch zu groß, um damit wirklich arbeiten zu können. Daher empfiehlt es sich, die Daten vorzubereiten. Eine ideale Sprache hierfür ist awk, wobei wir die Implementierung gawk verwenden. Ein paar mehr einleitende Worte für awk finden sich bei wikipedia unter: Wie dort zu lesen ist, gibt es grundsätzlich zwei Möglichkeiten, mit awk zu arbeiten. Wir wählen hier die Variante mit einer Steuerungsdatei, die wir extra abspeichern. Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 13 / 19

14 Einführungsbeispiel awk/gawk Wir erstellen mit einem Editor (wie dem Editor, der bei Windowssystemen unter Accessoires oder Zubehöhr zu finden ist.). Um aus unseren Beispieldaten (siehe Homepage Roland Rau, incl. der Dokumentation) die Variable Geschlecht herauszuschreiben, legen wir eine neue Datei an, die wir beispielsimpel.txt nennen. In dieser Datei steht nur folgender Text: { } print substr($0, 9, 1); Wir werden in der nächsten Veranstaltung noch näher darauf eingehen, was dieser Code genau macht. Auf der Kommandozeilenebene geben wir nun ein (sofern Sie im angegebenen Verzeichnis R:\Winter1415\FoPra\ arbeiten): R:\Winter1415\FoPra\gawk -f beispielsimpel.txt beispieldaten txt Wenn Sie alles richtig gemacht haben, sollte nun eine Zeichenkette, lediglich aus F und M bestehend, ausgegeben werden. M M M F M F F F M F M F M M M Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 14 / 19

15 Interessante, relevante und/oder wichtige Links: Grundlage für unsere Daten und sehr viele weitergehende Informationen: Surveillance, Epidemiology and End Results (SEER) des National Cancer Institute s der USA: International Agency for Research on Cancer der WHO: Bitte beachten Sie insbesondere den Bereich der Publications Windows-Version von gawk: sourceforge.net/packages/gawk.htm Handbuch für gawk: gawk/manual/gawk.html Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 15 / 19

16 Aufgaben bis zur nächsten Veranstaltung: Entscheiden Sie sich, ob Sie Ihren eigenen Rechner verwenden wollen. Falls ja, sollten Sie sich gawk installieren. Erstellen Sie sich ein Verzeichnis (-ordner) auf Ihrem Netzlaufwerk an der Uni oder auf Ihrem eigenen Rechner, in welchem Sie Ihre Analysen durchführen wollen. Bitte NICHT im Verzeichnis Eigene Dateien oder auf dem Desktop. Und auch kein Verzeichnis anlegen mit Leerzeichen oder Sonderzeichen. Organisieren Sie sich in Gruppen (am besten zu dritt oder auch zu zweit). Machen Sie sich vertraut mit der grundlegenden Arbeitsweise von gawk. Dazu gehört, dass Sie bei Schwierigkeiten selbst im Internet recherchieren (wikipedia, manuals, tutorials,... ). Bitte beachten Sie dabei folgende Ratschläge von 1 Try to find an answer by searching the Web. 2 Try to find an answer by reading the manual. 3 Try to find an answer by reading a FAQ. 4 Try to find an answer by inspection or experimentation. 5 Try to find an answer by asking a skilled friend. Machen Sie sich ein wenig mit der Windows-Kommandozeile vertraut. Sie sollten in der Lage sein, per cd Befehl zwischen verschiedenen Verzeichnissen wechseln zu können. Dieser Link könnte hierfür hilfreich sein: Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 16 / 19

17 Vielen Dank für Ihre Aufmerksamkeit! Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 17 / 19

18 Lizenz This open-access work is published under the terms of the Creative Commons Attribution NonCommercial License 2.0 Germany, which permits use, reproduction & distribution in any medium for non-commercial purposes, provided the original author(s) and source are given credit. Für ausführlichere Informationen: (Deutsch) (English) Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 18 / 19

19 Kontakt Universität Rostock Institut für Soziologie und Demographie Lehrstuhl für Demographie Ulmenstr Rostock Germany Tel.: Fax.: Sprechstunde im WS 2014/2015: Mittwochs, 09:00 10:00 (und nach Vereinbarung) Roland Rau Forschungspraktikum: Krebssterblichkeit in den USA 19 / 19