SOP: Primer Bestellung und Verwaltung Primer kreiieren Datum: 20.01.11 Der Primer wird wie in der pdf-datei Primer_12_11_08_SB.pdf beschrieben kreiirt. Tm für Sequenzierprimer (bei GATC) möglichst 50 C (48-52 C) Primer_12_11_08_SB.pdf - Sequenz (Map in Bearbeitung) öffnen im GCK oder VectorNTI, Primersequenz suchen (manuell oder mit http://frodo.wi.mit.edu/) und einzeichnen - Primer-Name je nach Region an die er bindet (entweder Name des Vektors oder Insert) inkl. Angabe, ob for oder rev Name des Primers sollte eine leichte Zuordnung möglich machen, zusätzliche Informationen können in Labcollector noch hinterlegt werden - in Labcollector unter Modul Primer bitte neu zu bestellende Primer anlegen, mit allen Informationen (für welches Plasmid oder Vektor, zu welchen Zweck bestellt, wo bindet er, rev oder for) noch out of stock(bedeutet noch nicht eingelagert) - - sobald Primer gekommen ist, aufgelöst und aliqutiert (Sequenzierprimer bitte alipquotieren siehe unten) ist in Labcollector die Storage location mit Add secondary storage anlegen und in stock angeben (siehe Lab-SOP-2_ Eingabe Primer in DB, unter G:\Toolbox\SOP Methoden, Anwendung von Programmen,Schulungen\SOP Hinweis für rev Primer: Achtung reverse Primer müssen immer in 5 zu 3 richtung angegeben sein für die Bestellung, entweder manuell Sequenz umkehren (bei Operon gibt es auch Button, um Sequenz umzudrehen) oder im GCK oder Prime 3 im GCK Programm kopiert man die Primersequenz in ein neues Construct- Fenster, markiert den Abschnitt, Edit--> Special paste, neues Fenster öffnet sich: Invert Sequence und Sequenz ist gedreht diese kopieren und in die Primertabelle eintragen und bestellen
Primerbestellung bei Operon Information: Nachdem Herr Gross die Gesamtbestellungen der Primer von Operon auf Sigma umstellte, haben wir auch einen Account bei Sigma(Zugang: oligo_andrea.weber, Freiburg1), Bestellung möglich, Rechnung geht an Herrn Gross) Aber, da Sigma Versandkosten verlangt, operon nicht, wurde im Dezember 2010 die Evo Card (Prepaid) bei Operon wieder aufgeladen, und die Bestellungen werden wieder bei Operon gemacht Registrierungsdaten siehe DB Labocollector (Modul Adressbuch) Primerverwaltung: Die bestellten Primer kommen gefriergetrocknet nach ca. 3 Tagen an. Wenn Operon allerdings in Resynthese gehen muss, dann kann es auch länger dauern. In solchen Fällen informiert Operon per e-mail. Sollte dies bei einem größerem Bestellumfang der Fall sein, werden alle anderen Primer dieser Bestellung allerdings schon geliefert. Bitte Primer bei Bestellung anlegen in DB Labcollector und wenn geliefert, aufgelöst und aliquotiert, Lagerort nachtragen. Bei Entnahme Aliqots auch wieder austragen aus Labcollector! Verarbeitung: Die gefriergetrockneten Primer werden von uns mit TE-Puffer (0,02 M) zu einer Stocklösung von 100pmol/µl = 100µM verdünnt (Verdünnung wie auf Lieferschein angegeben). Der verwendete TE-Puffer wird aus dem 1M TE-Puffer (ph8) hergestellt. (Haltbarkeit ist in TE wesentlich besser als in ddh2o.) Für die Sequenzierung bei GATC werden Aliquots der Primerstocklösung mit autoklavierten Wasser verdünnt: Konz. 10pmol/µl in 30ml (3µl Stocklsg. + 27µl dh2o ) acht Aliquots, in 1,5 ml Tubes ; mit Markierungspunkte beklebt, welche das Primerkürzel und die Auftragsnummer, die erste und die letzten vier Ziffern reichen (Bsp. 1-5337), enthalten.
bei -20 C (Toolboxfreezer) einfrieren, grüne Box, in Labcollector Primer inkl. relevante Informationen sowie Lagerungsort eingeben eingeben siehe: Lab-SOP-2_ Eingabe Primer in DB Labcollector.docx G:\Toolbox\SOP Methoden, Anwendung von Programmen,Schulungen\SOP Labcollector Ein Primeraliquot reicht für acht Reaktionen bei GATC. Primerbestellung bei Firma Operon: http://www.eurofinsdna.com/de/home.html email: Heike.Herzog@bioss.uni-freiburg.de login: toolbox
Primer in 5-3 Richtung angeben. Zwischen den Namen des Primers und der Sequenz darf nur ein Leerzeichen sein. Auch andere Ansicht kann eingestellt werden (Single Entry), - Purification: Salt free - die Syntheserate ist variabler (weniger Synthesis Scale (0,01umol), bitte auswählen, wenn nur Primer für PCR bestellt werden(da diese nur wenig gebraucht werden)
Nachdem die Bestellung abgeschickt wurde auf Print View gehen, ausdrucken und ins Bestellfach legen.