Liebe Biobanking Kollegen/-innen, liebe Biobanking-Interessierte, nun sind schon wieder mehrere Monate vergangen und wir hoffen, Sie haben alle die Gelegenheit genutzt, um den Sommer ausgiebig zu genießen. Unsere Biobanking-Aktivitäten haben derweil keinen Urlaub gemacht, sondern sind in vielen Bereichen weiter vorangeschritten. Anfang August erreichte uns die langersehnte Nachricht, dass wir mit unserem Antrag vom Januar diesen Jahres die Kriterien einer internationalen Gutachterkommission für eine Beteiligung an der Deutschen Biobanken-Allianz (GBA) erfüllt haben. Damit wurde die BMBH zusammen mit 9 anderen aus 26 Biobanken in Deutschland ausgewählt, um in den kommenden drei Jahren die Anbindung an internationale Biobanking Aktivitäten (BBMRI etc.) aktiv mit zu gestalten. Bis zum Förderbeginn ist es allerdings noch ein Stück Weg, denn zunächst muss der Verbund aus 10 Biobanken und dem Deutschen Biobank-Knoten (GBN) ein konkretes Arbeitsprogramm auf der Basis des Antrages und der Gutachterkommentare zusammenstellen. Für genügend Arbeit ist also auch in Zukunft gesorgt. Wir werden Sie dazu auf dem Laufenden halten. Bis dahin möchten wir Sie mit unserer zweiten Ausgabe des Newsletters wieder auf viele interessante nationale und internationale Neuigkeiten rund um das Thema Biobanking aufmerksam machen. Falls Sie Ideen für Beiträge haben oder sich und Ihre Biobankaktivitäten auch mal gerne hier im Newsletter vorstellen möchten, würden wir uns in der nächsten Ausgabe über Ihre Beiträge und Mitarbeit freuen. Wir wünschen Ihnen viele interessante Momente mit unserem Newsletter sowie eine schöne Urlaubs- und Sommerzeit. Herzliche Grüße, Romy Kirsten und das Team der BMBH August 2016 AUSGABE 02 Inhalt / Themen I. Neues aus der BMBH 1) Projekte 2) IT-Neuerungen II. Nationale / Internationale Biobanking-Aktivitäten III. Rückblick IV. Publikationen 1) Biomaterial 2) Biobanking allgemein V. Termine Impressum Seite 01
I. Neues aus der BMBH I.1 Neue Projekte SFB-1118-Biomaterialbank- Biobanking diabetischer Gewebeproben Die Stoffwechselerkrankung Diabetes mellitus (Zuckerkrankheit) ist auf eine Insulinresistenz oder einen Insulinmangel zurückzuführen. Häufig bleiben die Patienten über Jahre beschwerdefrei, was sich insbesondere nachteilig auf die schwerwiegenden Diabetes-assoziierten Spätfolgen wie Angio- und Neuropathien auswirkt. Gepaart mit den gravierenden Langzeitschäden, die die Lebensdauer und -qualität der Patienten maßgeblich beeinträchtigen, führt Diabetes zu einer ständig wachsenden soziökonomischen Belastung, weshalb wissenschaftliche Ergebnisse aus der Grundlagenforschung schnellstmöglich in die klinische Anwendung gebracht werden sollten. Um einen translationalen Forschungsansatz zu unterstützen, wurde die von der DFG geförderte Biomaterialbank des SFB-1118 (Reaktive Metabolite als Ursache diabetischer Folgeschäden) am Pathologischen Institut unter der Leitung von Frau PD Dr. med. Esther Herpel ins Leben gerufen und an die NCT Gewebebank angegliedert. Im Allgemeinen erfordert die Behandlung von Diabetes mellitus keine chirurgische Intervention und aus diesem Grund sind diabetische Gewebeproben per se limitiert bzw. fallen nur zufällig bei der Behandlung anderer Erkrankungen an. Um dieser Limitierung des Materials entgegenzuwirken, werden seit Anfang 2015 diabetische FFPE- und Kryo-Gewebeproben kontinuierlich für den SFB- 1118 aus dem Gesamtpool der eingelagerten Biomaterialen identifiziert, für die Zusammenstellung Diabetes-assoziierter Biomaterial-Kollektive histologisch evaluiert und mit allen im Krankenhaus-Informationssystem verzeichneten IC-Dkodierten Diagnosen annotiert. Für eine noch bessere Verwirklichung von Diabetes- Forschungsvorhaben wurde darüber hinaus die routinemäßige Asservierung von Gefäßen, Nerven und Haut von Amputationen der unteren Extremitäten am Pathologischen Institut implementiert. Nach Eingang von Gewebe- und Serviceanträgen, deren Bearbeitung nach einem langjährig etablierten und bewährten Projektmanagement erfolgt, stellt die SFB-1118- Biomaterialbank geeignete Forschungskollektive zusammen und ihren Kooperationspartnern für weitere analytische Zwecke zur Verfügung. Darüber hinaus bietet die SFB-1118-Biomaterialbank eine Vielzahl histo(patho)logischer Dienstleistungen an. Hierzu zählen die Anfertigung von Gewebeschnitten und Durchführung von Spezialfärbungen (z.b. HE, PAS, Trichrome, Sudan Black) zur Beschreibung morphologischer und pathophysiologisch-induzierter Alterationen, immunhistologische Färbungen von Diabetes-relevanten Zielstrukturen, virtuelle Mikroskopie sowie die Erstellung von Tissue-Micro-Arrays. Alle Dienstleistungen können für FFPE- und Kryo-Gewebe von humanen als auch murinen Ursprungs in Anspruch genommen werden, denn die SFB- 1118-Biomaterialbank asserviert und bearbeitet seit ihrem Bestehen zusätzlich Mausgewebe verschiedener Diabetesmodelle (z.b. STZ, db/db, InsAkita). Einheitliche Qualitätsstandards garantieren, dass hochwertige Gewebeproben von gleichbleibender Qualität für analytische Anwendungen bereitgestellt werden. Darüber hinaus bietet die Nutzung der BMBH- Serviceplattform eine qualitativ hochwertige und projektspezifische Bearbeitung humaner und auch muriner Gewebeproben unter gleich bleibenden Bedingungen. Als zentrale Serviceeinrichtung stellt die SBF-1118- Biomaterialbank die adäquate und ökonomische Nutzung der limitierten und wertvollen diabetischen Gewebeproben sicher. PD. Dr. Esther Herpel, Leitung NCT Gewebebank Dr. Katharina Kynast, Projektkoordinatorin Biobanking SFB- 1118 I.2 IT-Neuerungen Rekursive Suche in STARLIMS Im STARLIMS-Modul Biomaterialverwaltung gibt es eine neue Funktion, die eine rekursive Suche ermöglicht, d. h. dass nach einer Suchabfrage eine weitere Suche auf der Ergebnismenge durchgeführt werden kann. Die Option findet sich innerhalb des Reiters Mehrfachsuche und heißt: Alle Proben aus dem letzten Suchergebnis hinzufügen. Eine detaillierte Anleitung ist innerhalb von STARLIMS unter Hilfe -> BMBH-Hilfe -> Rekursive Suche abrufbar. Seite 02
Proben-Stammbaum und Rezepturen Bild 1: Proben aus letztem Suchergebnis hinzufügen Christoph Döllinger, BMBH IT Administrator Entnahmedokumentation für Forschungsprojekte Zukünftig gibt es die Möglichkeit die Antragsbearbeitung für Forschungsprojekte mit STARLIMS zu verbinden. Dafür reicht eine einfache Access-Anwendung, die Informationen über Projektnummer, Projekttitel, Anforderung, Antragssteller zur Verfügung stellt. Die hinterlegten Informationen werden dann bei der Dokumentation der Probenentnahmen zur Verfügung gestellt, um die Entnahme einem Forschungsprojekt zuzuordnen. Die Verknüpfung findet dabei über die Projektnummer statt. In STARLIMS gibt es die Möglichkeit den Stammbaum einer Probe abzubilden. Dies kann genutzt werden, um die Beziehung zwischen Monovetten und Aliquots zu dokumentieren. Aber auch, um bei Analysen generierte Proben (z.b. über DNA/RNA-Isolierung, Zellkultur) in STARLIMS zu speichern. Aliquots bzw. Analyseproben werden im Stammbaum als Tochterproben unter die Primärprobe einsortiert. In diesem Zusammenhang wurde die Aliquotier- Transaktion mit zusätzlichen Prüfungen versehen. Es werden nun die STARLIMS-Rezepturen für die Prüfung der zulässigen Aliquot-Materialien genutzt. Nur diese Materialien werden auch angezeigt. Beispiel: aus einer EDTA-Monovette können nur die Materialien: Plasma- EDTA und Buffy-Coat EDTA aliquotiert werden. Beim Aliquotieren kann ein Wechsel der Maßeinheit stattfinden, z.b. aus 2 Stück Kryogewebe werden 100µl DNA isoliert. Die Restmengen werden in diesem Fall jedoch nicht korrekt berechnet. Für jedes Aliquot-Material können eigene Standardfüllmengen konfiguriert werden. Beispiel: die Urin-Primärprobe hat 9000µl Standardfüllmenge im Probenempfang. Daraus werden dann die Aliquot-Materialien Urin und Urin + Ascorbic Acid erzeugt. Hier haben die Aliquots z.b. eine Standardfüllmenge von jeweils 1800µl bzw. 1500µl. Um effektiv Probenkollektive anhand von Analyse- Ergebnissen zu ermitteln, haben wir zusätzlich die Funktion geschaffen zu einer Liste von Tochterproben-IDs, die zugehörigen Primärproben zu ermitteln. Hierzu kann eine Excel-Liste mit IDs von Tochterproben über die Zwischenablage in die STARLIMS-Mehrfachsuche eingefügt werden. Suchergebnis ist dann die Liste mit den entsprechenden Primärproben. Christoph Döllinger, BMBH IT Administrator II. Nationale / Internationale Biobanking Aktivitäten Bild 2: Teilentnahme mit Angabe der Projektnummer Mathias Wieland, DKTK IT Administrator BBMRI-ERIC- Bereich Qualitätsmanagement Eine der größten Forschungsinfrastrukturen in Europa ist BBMRI-ERIC (Biobanking and BioMolecular Resources Research Infrastructure). Diese hat es sich zum Ziel gesetzt, die europäische Biobankenlandschaft auf Seite 03
struktureller Ebene zusammenzuführen um damit Wissenschaftlern europaweit den Zugang zu Biomaterialien sowie zu biomedizinischen Ressourcen zu erleichtern. Durch diesen Verbund wurde eine Plattform für hochqualitative und repräsentative Forschungsergebnisse geschaffen. Im Bereich Qualitätsmanagement (QM) wurden 5 verschiedene Arbeitsgruppen aus europäischen Experten zusammengestellt, um einen Vergleich bzgl. compliance bereits vorhandener und angewandter SOPs mit den kürzlich erschienenen CEN-Spezifikationen (CEN/TS Molecular in vitro diagnostic examination -Specifications for pre-examination processes for FFPE tissue, SF tissue, venous whole blood; Part 1: Isolated RNA, Part 2: Isolated proteins and Part 3: Isolated DNA) anzustellen. Aus dieser Analyse sollen im nächsten Schritt Verbesserungsansätze bezüglich der Arbeitsabläufe im Biobanking-Prozess und vor allem die präanalytischen Abläufe betreffend gefunden werden. Letztlich soll für die beteiligten Biobanken eine Harmonisierung der Abläufe erreicht werden bei welcher kritische (präanalytische) zu dokumentierende Parameter der Probennahme, -lagerung, - prozessierung und ausgabe definiert werden. Von Seiten der BMBH besteht aktive Beteiligung an den Webkonferenzen sowie an der Erstellung harmonisierter Vorgaben (Dr. R. Kirsten im Bereich venous whole blood, Dr. S. Schmitt im Bereich FFPE und SF tissue). Nähere Informationen unter: http://bbmri-eric.eu/at-aglance Dr. Sabrina Schmitt QMB BMBH Dr. Romy Kirsten, ADMIN BMBH Biobanking-Community auf dieses Thema zu lenken, richtete die TMF zusammen mit der Hannover Unified Biobank (HUB) am 10. Juni 2016 in Hannover einen Workshop zu diesem Thema aus. Im Rahmen dieses Workshops hörten die 24 nationalen Biobanker/innen Vorträge zu den IT-Anforderungen für eine externe Probenlagerung (Dr. Sandra Seelke, Göttingen), sowie auch mögliche technische Lösungen für Back-up Transporte (Dr. Vincent von Walcke-Wulffen, Sulzbach) und aber auch über rechtliche Voraussetzungen (Dr. Oliver Pramann, Hannover), um erfolgreiche Back-up Strategien/Strukturen aufzusetzen. Des Weiteren zeigte der Vortrag von der LifeLines Biobank in den Niederlanden (Marcel Bruinenberg, Groningen) wie unsere Nachbarn dieses Problem erfolgreich gelöst haben. Im Anschluss wurden einzelne Fälle rege diskutiert und es wurde ein Arbeitsgruppe gegründet, die Dokumente und Pilotstudien in den Bereichen Rechtliche Voraussetzungen und Interoperabilität für gegenseitige Back-up Lager in externen Biobanken prüfen und die Thematik voranbringen soll. Finanziert werden soll diese Arbeit über TMF-Mittel und ein entsprechender Antrag wird bis Mitte November 2016 gestellt werden. Ein Pilotprojekt zur Beurteilung der Interkompatibilität von Plastikware (tubes) und Scannern läuft bereits in der Norddeutschen Biobank-Allianz (NBA) und die Ergebnisse dieser Pilotstudie sollen im Herbst 2016 publiziert werden. Die Teilnehmer des Workshops waren sich durchweg einig, dass Back-up Strukturen für Biobanken sinnvoll sind und in verschiedenen Formen verwirklicht werden müssen. Dr. Lotte Glück, Projektkoordination DZIF Biobanking III. Rückblick IV. Publikationen TMF Workshop: Back-up Lagerstrategien für Biobanken Im Biobanking-Bereich wird alle Kraft und aller Augenmerk darauf gelegt, dass eingelagerte Proben eine optimale Qualität aufweisen. Aber was nützt einem diese Qualität, wenn die Proben durch unvorhergesehene Ereignisse wie Feuer, Überflutungen oder einen ganz banalen Stromausfall vernichtet werden könnten? Besonders ärgerlich ist so ein Fall bei sehr seltenen und wertvollen Proben. Dies kann verhindert werden, wenn man sich vorher Gedanken über eine Back-up Strategie für die Proben gemacht hat. Um die Aufmerksamkeit der IV.1) Biomaterial Mijošek V, Lasitschka F, Warth A, Zabec H, Dalpke AH. and Weitnauer M, Endoplasmic Reticulum Stress Is a Danger Signal Promoting Innate Inflammatory Responses in Bronchial Epithelial Cells, J Innate Immun, Jul 16, DOI: 10.1159/000447668 Die Autoren dieses Papers fanden neue Ansatzpunkte dafür, dass Stress des Endoplasmatischen Retikulums (ER) welcher bei den meisten chronischen Lungenerkrankungen auftritt, die Konzentration von proentzündlichen Zytokinen erhöht und somit das angeborene Seite 04
Immunsystem stimuliert. Die Ergebnisse legen nahe, dass eine aktive pharmakologische Hemmung des ER-Stresses eine Überreaktion des Immunsystems bei chronischen Lungenerkrankungen verhindern könnte. Für diese Studie wurden Gewebeproben und Immunfärbungen aus der DZIF Gewebebank verwendet. IV.2) Biobanking allgemein Nachfolgend finden Sie interessante Paper aus dem Bereich Biobanking: Heatherly R. Privacy and Security within Biobanking: The Role of Information Technology. J Law Med Ethics. 2016 Mar;44(1):156-60. doi: 10.1177/1073110516644206. Galissier T, Schneider C, Nasri S, Kanagaratnam L, Fichel C, Coquelet C, Diebold MD, Kianmanesh R, Bellon G, Dedieu S, Marchal Bressenot A, Boulagnon-Rombi C. Biobanking of Fresh-Frozen Human Adenocarcinomatous and Normal Colon Tissues: Which Parameters Influence RNA Quality? PLoS One. 2016 Apr 28;11(4):e0154326. doi: 10.1371/journal.pone.0154326. ecollection 2016. Kaye J, Briceño Moraia L, Mitchell C, Bell J, Bovenberg JA, Tassé AM, Knoppers BM. Access Governance for Biobanks: The Case of the BioSHaRE-EU Cohorts, Biopreserv Biobank. 2016 Jun;14(3):201-6. doi: 10.1089/bio.2015.0124. Epub 2016 May 16. Vortrag: Wandel in der Morphologie- Von der Betrachtung des Einzelfalls zur epidemiologischen Größe - Aufbau und Werden der Biobanken, Prof. Dr. M. Hummel, (Berlin) -Termin wird in Kürze bekannt gegeben- Großer Hörsaal IPH, Heidelberg 150 Jahre Zukunft der Medizin Festsymposium zum 150-jährigen Jubiläum des Pathologischen Instituts Heidelberg 25.11.2016 5. Nationales Biobanken-Symposium Berlin, 07.12.-08.12.2016 V. Termine / Ankündigungen Europe Biobank Week- Biobanking for Health Innovation Wien (Österreich), 13.09. 16.09.2016 GBN Workshop QUALITY Berlin, 04.10.2016 Sitzung der AG Biomaterialbanken (BMB) der TMF, Berlin, 09.11.2016 Impressum BioMaterialBank Heidelberg (BMBH) Biobanking Update Nr.2 August 2016 Koordinator: Prof. Dr. Peter Schirmacher Administratorin: Dr. Romy Kirsten Universitätsklinikum Heidelberg Pathologisches Institut Heidelberg Im Neuenheimer Feld 224 69120 Heidelberg Kontakt: lotte.glueck@med.uni-heidelberg.de info.bmbh@med.uni-heidelberg.de Seite 05