Monitoring Database: Grundlagen, Workflow, Hinweise

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1 Monitoring Database: Grundlagen, Workflow, Hinweise 1: Öffnen der Datenbank \\qlb-fs01\zlq\institut ZLQ\Genbank\Enders\Monitoring_DB\Stable_Version Unter diesem Verzeichnis sind 2 Versionen der Datenbank hinterlegt. Monitoring_v1_0_empty.accdb : Leere Version der Datenbank, Version 1.0 Monitoring_v1_0_complete.accdb: mit Daten gefüllte Datenbank (patula, maritima, patellifolia), Version 1.0 Alle weiteren Angaben beziehen sich auf die mit Daten gefüllte Version, die nicht gefüllte verhält sich jedoch analog! 2: Workflow 2.1 Evtl. Sicherheitswarnung Die Datenbank enthält eine Prozedur (autoexe), die automatisch das Eingangsterminal der Datenbank öffnet, dies wird evtl. durch die Sicherheitseinstellungen der aktuellen Accessversion durch diesen Bildschirm abgefangen. 2.2 Makros aktivieren

2 Um die verschiedenen VBA-Module ausführen zu können, müssen die Makros aktiviert sein. Falls nur Daten eingegeben oder gesichtet werden sollen, kann dieser Schritt ausgelassen werden. Hinweis: Im Folgenden wird unter Dateneingabe immer auch das Verändern von vorhandenen Daten verstanden, wenn nicht anders angegeben! 2.3 Eingansterminal der Monitoring Database

3 2.4 Datenansicht, Dateneingabe Schrittweise Programführung Wichtiger Hinweis: Alle in den folgenden Formularen dargestellten Daten sind editierbar!! Um einen neuen Datensatz einzufügen darf auf keinen Fall ein alter editiert werden, es muss immer zuerst ein neuer (leerer) Datensatz angelegt werden! Zu jeder Tabelle der Datenbank existiert exakt ein Formular! Wenn die Schrittweise Programmführung eingehalten wird, werden bei einer entsprechenden Dateneingabe keine Abhängigkeiten verletzt, daher ist diese Vorgehensweise für Anfänger geeignet. Da einige Tabellen

4 nur Anhängigkeiten in eine Richtung haben, ist eine Dateneingabe jedoch möglich ohne jede einzelne Tabelle zu besuchen, siehe Kapitel ff. und Kapitel 3 (Fortgeschrittene Nutzer)! Liste der in der Datenbank vorhandenen Tabellen, in der Reihenfolge in der sie durchlaufen werden: 1. Study: Grundinformation zur Abgrenzung verschiedener Einzelmonitoringuntersuchungen oder verschiedener Arten 2. Collection: Sammlung, bzw. Sammelreise EINES Sammelnden, die mehrere Sammelorte umfassen kann 3. Site: Sammelort mit geographischer Koordinate und div. weiteren Merkmalen wie Bodenbeschaffenheit, Klimatische Bedingungen usw. 4. Collectionsites (Zuordnungstabelle): Zuordnung der Sammelorte (Site) zur jeweiligen Sammlung/Sammelreise (Collection) 5. Population: Übersichtsinformationen zu den Pflanzen die in einer Study auf einem Sammelort beprobt wurden. Gleiche Populationsbezeichnungen sind möglich wenn sie in unterschiedlichen Studys vorkommen 6. Coordinates: Erfassung von Einzelpflanzenkoordinaten 7. DNA-Isolation: Übersicht über die Daten der DNA-Isolation wie z.b. Datum, DNA-Qualität usw. Hinweis zu Nachisolierungen: den ersten Datensatz anpassen/editieren das Einfügen eines zweiten Datensatzes zu EINEM Individuum ist nicht vorgesehen 8. Marker: Übersicht der einzelnen genutzten Marker 9. Chemicals: Erfassung der genutzten Chemikalien 10. PCR-Solution: Laborkürzel und Volumen der eingesetzten PCR-Lösung 11. PCR-Mix (Zuordnungstabelle): Zuordnung der PCR-Lösung (PCR-Solution) zu den Chemikalien (Chemicals) aus der sie im einzelnen Zusammengesetzt ist 12. PCR-Program: Erfassung der PCR-Programme Hinweis: die Beschreibung des Programmablaufs geschieht aus pragmatischen Gründen im Fließtext! 13. Size-Standard: Erfassung der genutzten Elektrophorese-Größenstandards 14. Gel: Erfassung der genutzten Elektrophorese-Gele 15. Electrophoresis: Übersicht der Elektrophoresen und deren Parameter 16. Analysiscondition: Zusammenfassung der Unterschiedlichen Labordaten zu einer spezifischen genutzten Arbeitsmethode/Analyseprotokoll 17. Fragmentsize: Ergebnisstabelle, Zusammenlaufen aller vorhergehenden Daten! Einfügen von Hauptdaten Klicken sie in der Übersicht der Dateneingabe/Datenansicht den Button View or Enter Master Data an. Sie gelangen zu einer weiteren Übersicht in der sie direkt zu den Formularen der Folgenden Tabellen gelangen: 1. Study 2. Collection 3. Population 4. Marker 5. Fragmentsize

5 2.4.3 Einfügen von Felddaten Klicken sie in der Übersicht der Dateneingabe/Datenansicht den Button View or Enter Field Data an. Sie gelangen zu einer weiteren Übersicht in der sie direkt zu den Formularen der Folgenden Tabellen gelangen: 1. Study 2. Collection 3. Population 4. Coordinates Einfügen von Labordaten Klicken sie in der Übersicht der Dateneingabe/Datenansicht den Button View or Enter Laboratory Data an. Sie gelangen zu einer weiteren Übersicht in der sie direkt zu den Formularen der Folgenden Tabellen gelangen: 1. Population 2. DNA-Isolation 3. Marker 4. PCR-Data 5. Electrophoresis 2.5 Nutzen der VBA-Module, Erstellen der Input-Dateien Für jedes der markierten Programme wird sich min. einmal, in manchen Fällen auch mehrfach (Daten-File, Bezeichner-File) der Dialog Speichern unter (SaveAs..) öffnen. Falls mehrere Programme ausgewählt wurden wird nach Auswahl des Speicherortes die entsprechende Datei erstellt. Dies kann unter Umständen mehrere Minuten in Anspruch nehmen. Die entsprechende(n) Datei(n) wurden erfolgreich erstellt wenn entweder der Speichern unter Dialog des nächsten Ausgewählten Programms angezeigt wird oder die Systemmeldung All Files Created erscheint. Falls dies nicht der Fall ist, sind die erstellten Dateien mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit beschädigt!

6 Das erfolgreiche Erstellen aller ausgewählten Dateien wird durch den All Files created! Dialog quittiert. In Version 1.0 der Monitoring Datenbank werden folgende Programme unterstützt: - Darwin - FStat - Geneland - Nexus (Verbreitetes Dateiformat, u.a. für GDA geeignet) - Phylip - SAS (Markeranalyse und Chi-Quadrat Anpassungstest) - Genetic Identity (Direkter Output, enthält: Paarweise Genetische Identität (Nei), Genetische Distanz (Letschert), Anzahl der Allele pro Sammelort) - DifferInt - Structure Die Verwendung der einzelnen Programme ist in den jeweiligen Dokumentationen nachzuvollziehen die sich aktuell unter: \\qlb-fs01\zlq\institut ZLQ\Genbank\Enders\Diversitätsprogramme\Dokumentation befindet.

7 2.6 Demonstration weiterer Anwendungsmöglichkeiten der Datenübersicht In Version 1.0 dieser Datenbank befindet sich unter diesem Punkt eine kleine Demonstration für die Visualisierung von abgeleiteten Daten durch Diagramme. Die Datengrundlage für diese Diagramme sind verschiedene Abfragen, die durch joins den Zusammenhang zwischen verschiedenen Tabellen unter Nutzung von Fremdschlüsselbeziehungen herstellen und so die Auswertung komplexer Zusammenhänge und Daten ermöglichen. Für spezifische Anwendungen kann dieser Menüpunkt zukünftig angepasst und ausgebaut werden. 3. Fortgeschritte Nutzer 3.1 Direkte Eingabe Durch erfahrene Nutzer kann die Eingabe, das Editieren und insbesondere das Löschen (nicht in der Formularansicht möglich) direkt auf den Tabellen vollzogen werden. Dazu einfach die entsprechende Tabelle in der Tabellenansicht auswählen und per Doppelklick öffnen. In der nun geöffneten Tabelle kann nun manuell editiert werden. Auch das einfügen von großen Datenmengen aus anderen Formaten ist möglich. Hierzu einfach die entsprechenden Daten in die durch die Tabelle vorgegebene Form überführen und per Copy-Paste in die Tabelle einfügen. Dies ist in besonders einfach aus sog. Spreadsheet Programmen wie Exel möglich und zu empfehlen.

8 In jedem Fall sind jedoch die Abhängigkeiten zu beachten! Falls (insbesondere bei dem Einfügen von mehreren Datensätzen gleichzeitig) einzelne Datensätze nicht eingefügt werden können (weil sie Abhängigkeiten verletzen) können diese in der Tabelle Einfügefehler gesichtet werden. Falls dies oft und im großen Umfang geschieht, empfiehlt es sich aus Gründen der Speichereffizienz und Nachvollziehbarkeit/Übersichtlichkeit die Tabelle Einfügefehler regelmäßig zu leeren.

9 3.2 Beziehungen zwischen den Tabellen Um Abhängigkeiten zu erkennen und somit Einfügefehler zu vermeiden kann die Beziehung der unterschiedlichen Tabellen zueinander in einer Übersicht angezeigt werden. 3.3 Anfragen an die Datenbank Anfragen an die Datenbank können neben der reinen Ansicht der Daten durch die vorhandenen Formulare, der Rohdaten in den Tabellen, oder durch die Visualisierung durch die Datenübersicht (Kapitel 2.6) auch komplexe Formen annehmen. Dies geschieht durch sog. Abfragen, die entweder per GUI (Graphic User Interface) zusammengeklickt werden können oder mit der Datenbanken Abfragesprache SQL (Short Query Language) formuliert werden. Im Folgenden eine Kurzanleitung für die Nutzung der GUI: 1. Neue Abfrage Erstellen

10 2. Tabellen hinzufügen, deren Felder begutachtet werden sollen und die Tabellen die zwischen den Zieltabellen liegen, falls die Information abhängig ist! 3. Felder auswählen die später angezeigt werden sollen

11 4. Kriterien festlegen 5. Ergebnis