Nutzerordnung. der CECAD Plattform Lipidomics. (verbindlich für alle Nutzer)

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1 Nutzerordnung der CECAD Plattform Lipidomics (verbindlich für alle Nutzer) 1. Serviceleistungen Die CECAD Plattform Lipidomics bietet die qualitative und quantitative Bestimmung von Lipiden in biologischen Proben an. Die Serviceleistung beinhaltet dabei grundsätzlich die Probenvorbereitung, die Analyse der gewünschten Lipidklassen mittels chromatographischer und massenspektrometrischer Verfahren sowie die Auswertung der so gewonnenen Daten. Die Nutzer geben Ihre Proben (Gewebe, Zellpellets, Serum, isolierte Zellorganellen u. a.) in der Plattform ab und erhalten die Ergebnisse der Analysen in Form von Grafiken sowie Excel-Dateien, die die Rohdaten und die komplette Auswertung enthalten. Zudem wird Hilfe bei der Versuchsplanung und der Interpretation der Ergebnisse angeboten. Informationen zur CECAD Plattform Lipidomics sind im Internet unter abrufbar. 2. Nutzungsberechtigung, Kontaktaufnahme und Probenübergabe Ansprechpartnerin der Plattform ist: Dr. Susanne Brodesser (Leiterin der Plattform) Institut für Medizinische Mikrobiologie, Immunologie und Hygiene Goldenfelsstr Köln Tel: / (Büro) (Labor) Fax: / susanne.brodesser@uk-koeln.de oder in Vertretung: Linda Rott (Chemisch-technische Assistentin) Institut für Medizinische Mikrobiologie, Immunologie und Hygiene Goldenfelsstr Köln Tel: /

2 Fax: / linda.rott@uk-koeln.de Grundsätzlich steht die Plattform allen wissenschaftlichen Forschungsgruppen im In- und Ausland offen, allerdings werden CECAD Gruppen und in einem weiteren Schritt Nicht- CECAD Gruppen der Universität Köln gegenüber Gruppen anderer Universitäten oder Forschungsinstitute bevorzugt behandelt. Diese Vorzugsbehandlung beinhaltet zum einen die Einräumung einer höheren Priorität bei der Bearbeitung der Proben als auch günstigere Nutzungsgebühren. Potentielle Nutzer vereinbaren zunächst einen Gesprächstermin mit der Leiterin der Plattform (Dr. Susanne Brodesser). In diesem Gespräch, welches streng vertraulich behandelt wird, werden der wissenschaftliche Hintergrund des jeweiligen Projektes, die analytische Fragestellung und die dafür verfügbaren und am besten geeigneten Messungen besprochen. Am Ende des Gesprächs werden die anzuwendende analytische Methode sowie die Art und Anzahl der Proben festgelegt. Diese sind in der Plattform, gefroren und auf Trockeneis gelagert, abzugeben. Die Nutzer sind verpflichtet, alle Probengefäße gut lesbar und eindeutig zu beschriften. Die Nutzer müssen ferner eine gedruckte Liste der zu vermessenden Proben abgeben, auf der die Probenbezeichnungen, die Kontaktdaten (Tel, ) des zuständigen Doktoranden/PostDocs und der Projektleiter vermerkt sind. Die Probenbezeichnungen auf der Liste müssen mit denjenigen auf den Gefäßen übereinstimmen. Ferner muss auf der Liste die Zuordnung der Proben zu verschiedenen Gruppen (z. B. Wildtyp oder Knockout) angegeben sein. Das Datum des Probeneingangs wird in der Plattform dokumentiert. 3. Geräteausstattung Für die Lipidanalytik mittels Dünnschichtchromatographie (DC) stehen in der Plattform der Linomat 5, der TLC Scanner 3 und das TLC-MS Interface von CAMAG zu Verfügung. Der Linomat 5 erlaubt die halbautomatische Auftragung von Proben auf DC-Platten, der TLC Scanner 3 dient der densitometrischen Quantifizierung der Lipidbanden nach der DC Trennung. Das TLC-MS-Interface ermöglicht die Kopplung der DC an die Massenspektrometrie (MS). Mit Hilfe des Interfaces werden die Lipide aus der DC-Platte extrahiert und zur weiteren Charakterisierung direkt in die Ionenquelle des Massenspektrometers infundiert.

3 Massenspektrometrische Messungen werden am 4000 QTRAP LC/MS/MS System (AB SCIEX), einem Hybrid-Triple Quadrupol / Lineare Ionenfalle-Massenspektrometer, durchgeführt. Es ist mit einer Ionenquelle ausgestattet, die sowohl Electrospray Ionisierung (ESI) als auch Atmospheric Pressure Chemical Ionisierung (APCI) erlaubt. Für eine Vortrennung des Lipidextraktes vor der MS-Analyse kann das 4000 QTRAP System an eine Agilent 1200 Series Hochdruckflüssigkeitschromatographie (High Pressure Liquid Chromatography, HPLC) Anlage gekoppelt werden. Für die Bearbeitung und Auswertung der massenspektrometrischen Daten werden die Softwares Analyst 1.6 und LipidView 1.1 (beide von AB SCIEX) verwendet. Für Lipidanalysen mittels Gaschromatographie (GC) mit massenspektrometrischer Detektion (MSD) steht ferner das GC/MSD 7890A/5975C System von Agilent zur Verfügung. Die oben aufgeführten Geräte werden in der Regel ausschließlich von den Mitarbeitern der Plattform Lipidomics bei Durchführung der angefragten Analysen bedient. Eine Bedienung durch die Nutzer selbst ist nicht vorgesehen. Die Bedienung der Geräte durch Studenten/Doktoranden/PostDocs im Rahmen von Kursen und Praktika erfolgen unter Anleitung der Leiterin der Plattform Lipidomics (Dr. Susanne Brodesser) 4. Regelung der Analyseprioritäten Die Reihenfolge, in der die eingehenden Proben analysiert werden, wird durch die folgenden Kriterien bestimmt: a) Proben von CECAD Gruppen werden bevorzugt behandelt. In einem weiteren Schritt wird Nicht-CECAD Gruppen der Universität Köln Priorität gegenüber Gruppen anderer Universitäten und Forschungsinstitute eingeräumt. b) Analysen für kurz vor der Veröffentlichung stehende Projekte oder bereits in Revision befindliche Manuskripte werden bevorzugt behandelt. c) Sollte es zu einer Überlastung der Plattform Lipidomics kommen, sodass nicht alle Nutzungsanfragen erfüllt werden können, behält sich die Plattform vor, Nutzungsanfragen von Nicht-CECAD Gruppen vorübergehend abzulehnen. d) Unter Berücksichtigung der Punkte a) bis c) werden die Proben in der Reihenfolge Ihres Eingangs in der Plattform bearbeitet.

4 Sollte es bezüglich dieser Regelungen zu Unstimmigkeiten zwischen den Nutzern kommen, wird die Leiterin der Plattform (Dr. Susanne Brodesser) zusammen mit Prof. Jens Brüning (Wissenschaftlicher Koordinator des CECAD) bzw. Prof. Thomas Langer (Stellvertretender Sprecher des CECAD) entscheiden, welchen Proben erste Priorität einzuräumen ist. 5. Nutzungskosten Die Plattform Lipidomics erhebt Gebühren für routinemäßig laufende Analysen (siehe Preisliste am Ende diese Nutzerordnung). Diese Gebühren werden für die Anschaffung von Software-Updates sowie Standardsubstanzen, Chemikalien und Verbrauchsmaterial verwendet. Gerade in dem noch relativ jungen Forschungsbereich Lipidomics gibt es noch reichlich Entwicklungsarbeit zu leisten, sodass auch die Plattform Lipidomics kontinuierlich damit beschäftigt ist, weitere massenspektrometrische Methoden zu etablieren. Dies gilt auch für die Handhabung bzw. Analytik von bisher in der Plattform noch nicht analysiertem Probenmaterial (z. B. Lipide aus einem bisher nicht analysiertem Organismus oder Zellorganell). Bei Analysen, bei denen in der Plattform noch nicht routinemäßig laufende Verfahren angewendet werden oder für die erst eine Methode entwickelt werden muss, kann nicht von vorneherein garantiert werden, dass der Nutzer letztendlich verwertbare Ergebnissen erhält. Solche Analysen sind daher für die Nutzer kostenlos, bis sie in die Preisliste der Plattform Lipidomics aufgenommen werden. 6. Datenverarbeitung, -weitergabe, -speicherung DC-Daten werden mit der wincats Software von CAMAG, GC/MSD-Daten mit der ChemStation Software von Agilent und LC/MS/MS-Daten mit den Softwares Analyst 1.6 und LipidView 1.1 (beide AB SCIEX) bearbeitet. Die so gewonnen Rohdaten werden in Excel importiert und darin ausgewertet. Die Excel-Dateien, die die Rohdaten und die komplette Auswertung enthalten, werden per an die Nutzer verschickt. Für die Speicherung dieser Excel-Dateien sind die Nutzer selbst verantwortlich. Die Plattform Lipidomics erstellt jedoch Backups aller DC- und MS-Rohdaten sowie der zugehörigen Auswertungsdateien auf drei unabhängigen Computern. Eine zentrale Datenspeicherung mittels Scale Out File System (SOFS) am Rechenzentrum der Universität Köln, auf die

5 die Nutzer direkt zugreifen können, soll nach Umzug der Plattform in den CECAD Neubau (voraussichtlich im April 2013) angeboten werden. 7. Richtlinien bezüglich Co-Autorenschaften Die CECAD Plattform Lipidomics bietet essentielle Serviceleistungen, deren Beitrag zum wissenschaftlichen Erfolg der Nutzerprojekte gewürdigt werden muss. Die Art und Weise dieser Anerkennung kann natürlich in Abhängigkeit vom Umfang des Beitrages variieren. Die Referenzen der CECAD Technologieplattformen sind jedoch ein wichtiges Maß für den Wert ihrer Serviceleistungen und ermöglichen es, deren Bedeutung für die Nutzer, den Cluster sowie die gesamte Universität zu belegen. Letztendlich ist es entscheidend, die erfolgreiche Nutzung der apparativen Ausstattung der Plattformen zu belegen und auch die Beantragung neuer Geräte erfolgreich durchzuführen. Wir bitten die Nutzer daher, bei erfolgreicher Publikation von mit Hilfe der Plattform Lipidomics gewonnenen Daten die entsprechenden Referenzen der Leiterin der Plattform (Dr. Susanne Brodesser) zukommen lassen. Weiterhin gelten folgende Richtlinien für die Veröffentlichung von mit Hilfe der CECAD Plattform Lipidomics gewonnenen Daten: Die Nutzer sind dazu verpflichtet, die Rolle der Plattform bei der Produktion der Daten in Veröffentlichungen (in Fachzeitschriften, Vorträgen sowie in Bachelor-, Master- bzw. Doktorarbeiten) durch entsprechende Zitierung in der Danksagung zu würdigen, sobald mit Hilfe der Plattform Lipidomics gewonnene Daten erwähnt bzw. gezeigt werden. Die Plattform Lipidomics erhebt für Routineanalysen Gebühren, um die apparative Ausstattung auf dem neuesten Stand zu halten und Software-Updates sowie Standardsubstanzen, Chemikalien und Verbrauchsmaterial zu finanzieren. Die Erhebung dieser Gebühren schließt eine Co-Autorenschaft bei Veröffentlichung von mit Hilfe der Plattform Lipidomics gewonnenen Daten nicht aus. Hat die Leiterin der Plattform Dr. Susanne Brodesser einen substantiellen intellektuellen und/oder experimentellen Beitrag zur Publikation geleistet, muss sie wie jeder andere Co-Autor behandelt werden. Dies ist insbesondere der Fall, wenn für die Produktion der Daten eine bisher in der Plattform nicht routinemäßig verfügbare massenspektrometrische Methode oder die Handhabung bzw. Analytik von bisher in der Plattform noch nicht analysiertem Probenmaterial (z. B. Lipide aus einem bisher nicht analysiertem Organismus oder Zellorganell) etabliert bzw. entwickelt wurde.

6 Köln, Dr. Susanne Brodesser (Leiterin der CECAD Plattform Lipidomics)