Anwendung der Suchmaschine Go3R für Informationsrecherchen zu Alternativmethoden zu Tierversuchen

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1 FEDERAL INSTITUTE FOR RISK ASSESSMENT Anwendung der Suchmaschine Go3R für Informationsrecherchen zu Alternativmethoden zu Tierversuchen 5. Fortbildungsveranstaltung der GV-SOLAS für Tierschutzbeauftragte und Behördenmitglieder, Mai 2012, Berlin Barbara Grune (Bundesinstitut für Risikobewertung, BfR, Berlin) Ursula G. Sauer (Scientific Consultancy - Animal Welfare, Neubiberg)

2 Anwendung von Go3R zur Internet-Recherche nach Alternativmethoden zu Tierversuchen 1. Einleitung Informationsrecherche wozu? Welche Herausforderungen? Beitrag semantische Suchmaschinen? 2. BMBF-Forschungsprojekt Go3R Ziele und Ergebnisse 3. Beispiele für Anwendung Go3R 4. Nutzen für Tierschutzbeauftragte und Behördenmitglieder? 5. Ausblick 2

3 1. Einleitung: Informationsrecherche wozu? Informationen zu Methoden finden, die Tierversuche ersetzen oder die Zahl / das Leid der verwendeten Versuchstiere vermindern können 3R Prinzip Replacement Reduction Refinement Nachweis der Unerlässlichkeit und Anwendung des 3R Prinzips gesetzlicher Auftrag nach Richtlinie 2010/63/EU Suchergebnisse entscheiden über Erfüllung gesetzlichen Auftrags! 3

4 1. Einleitung: Welche Herausforderungen? WO suchen? Millionen möglicherweise relevanter Dokumente im Internet verteilt in Datenbanken und auf Webseiten Abstracts Cited in MEDLINE Abstracts Cited in MEDLINE 4

5 1. Einleitung: Welche Herausforderungen? WIE suchen? Suchanfrage entscheidet über Suchergebnis! Beispiel: Suche nach Augenreizung eye irritation eye irritancy ocular irritancy irritating to the eye irritant to the eye irritant / irritating reactions on [rabbit] eyes adverse effects on eyes conjunctival reactions corneal lesion, corneal opacity ocular safety 5

6 1. Einleitung: Welche Herausforderungen? WIE Suchergebnis auswerten? Beispiel Google scholar, PubMed 6

7 1. Einleitung: Ausweg semantische Suchmaschinen? Idee? Suchmaschine versteht Dokumenteninhalte mit Hilfe von eingebautem Expertenwissen und sortiert Suchergebnisse themenbezogen Semantische Suchmaschinen werten Inhalte aus und nicht keywords Der Jaguar läuft leise und gleichmäßig 7

8 Semantische Tools verstehen und sortieren Informationen Jaguar 3000 rpm engine engine prey eyes behavior 8

9 Hintergrundwissen: Ontologie = Mind map mit Konzepten, Begriffen, Synonymen rund R-relevante Begriffe rund Synonyme 23 Zweige (Eltern-Terme) bis zu 11 Unterebenen (Kind- & Kindeskind-Terme) 9

10 2. Forschungsprojekt Go3R Semantische Suchmaschine zur Vermeidung von Tierversuchen in der regulatorischen Toxikologie insbesondere zur Umsetzung der REACH Verordnung Projektlaufzeit: gefördert durch: BMBF, Förderschwerpunkt Ersatzmethoden zum Tierversuch 10

11 Go3R Team Michael Schroeder Thomas Wächter Matthias Zschunke Bioinformatics Group Biotechnology Center, TU Dresden Michael R. Alvers Transinsight GmbH, Dresden Ursula G. Sauer Scientific Consultancy Animal Welfare Neubiberg/München Robert Landsiedel Britta Wareing Angelika Langsch Lars Hareng BASF, Ludwigshafen Barbara Grune Bettina Huhse BfR, ZEBET, Berlin 11

12 2. BMBF-Forschungsprojekt Go3R Expertenwissen intelligentes Inhaltsverzeichnis Go3R Web (nachfolgend behandelt) Suche in MEDLINE & TOXNET Eingabefeld für Suchanfragen 12

13 2. BMBF-Forschungsprojekt Go3R Zwei Themenschwerpunkte: Suche 3R-Methoden (Toxikologie) & Suche toxikologische Informationen (in vivo & in vitro) Expertenwissen intelligentes Inhaltsverzeichnis 1. Abschnitt: Suche 3R- Methoden (Toxikologie) (acht Themenbereiche) 2. Abschnitt: Suche toxikologische in vivo & in vitro Informationen (IUCLID5 Kapitel ) Prototyp Nanotechnologie- Ontologie Sortieren auch nach Autoren, Zeitschrift, Institution, Publikationsdatum 13

14 3. Go3R: Beispiele für Anwendung Suche 3R-Methoden, (replacement & reduction / refinement) Inhaltsverzeichnis nutzen, um in vitro Tests zu finden Suchanfrage sensitisation Automatische 3R-Zuordnung 14

15 3. Go3R: Beispiel für Recherche Suche Relevante toxikologische Dokumente Daten für REACH Dossiers, zur Vermeidung werden in IUCLID von Tierversuchen Kategorien einsortiert Suchanfrage Formaldehyde insgesamt über Suchergebnisse 15

16 3. Go3R: Beispiel für Recherche Suche toxikologische Daten für REACH Dossiers, zur Vermeidung von Tierversuchen Auswahl IUCLID Genetic toxicity in vitro 16

17 3. Go3R: Einsortierung in IUCLID Kategorien( ) IUCLID category Substance 1 Substance 2 Substance toxicokinetics 88 % 100% 100% 7.2 acute toxicity 75 % - 60% 7.3 irritation / corrosion 75 % 88% 100% 7.4 sensitisation - 71% repeated dose toxicity 57% 100% 33% 7.6 genetic toxicity 100% 100% 100% 7.7 carcinogenicity 100% 100% 100% 7.8 reprodct./develop. toxicity 67% 100% 95% neurotoxicity 100% - 100% immunotoxicity % other investigations 79% 67% 85% 7.10 human data 44% 92% 83% Total 71% 85% 89% 17

18 3. Go3R: PubMed / Toxnet reichen nicht? Go3R-Web Google Recherche höhere Rangordnung für Treffer von 170 manuell ausgewählten Webseiten z.b. TSAR, ICCVAM, ECVAM, AltTox, AltWeb hier z.b. Informationen zu Testvorschriften, Validierung, Anerkennung von Methoden 18

19 Go3R: Nutzen für Tierschutzbeauftragte und Behördenmitglieder? BMBF-Projekt Go3R: 3R-Recherche anzeigepflichtige Tierversuche (REACH) - konkreter, (gesetzlich vorgeschriebener) Tierversuch - konkreter Endpunkt - ggf. konkrete 3R-Methode - (oder z.b. in vitro Studie zu konkretem Endpunkt) 3R-Recherche genehmigungspflichtige Tierversuche - Tierversuche i.d.r. nicht standardisiert - Tierversuche ggf. eigens für Versuchszweck konzipiert - 3R-Maßnahmen häufig nicht konkrete Testmethoden - sondern z.b. Protokolländerungen, Technikänderungen (invasiv nicht-invasiv) 19

20 Go3R: Nutzen für Inhaltsverzeichnis Tierschutzbeauftragte angelegt zu 3R- und Behördenmitglieder? Methoden & 3R-Maßnahmen für weitere Themengebiete zusätzl. zu Toxikologie einige Begriffe aufgeführt, z.b. Telemetry 20

21 Go3R: Übersicht verwendeter Nutzen Zelltypen für Tierschutzbeauftragte und Zelllinien und Behördenmitglieder? Übersicht in vitro- Studien Suchanfrage asthma 21

22 Go3R: Suchanfrage asthma, Nutzen gefiltert für Tierschutzbeauftragte nach human und Behördenmitglieder? epithelial cells 22

23 Go3R: Nutzen Übersicht für Tierschutzbeauftragte Diseases & und Behördenmitglieder? Symptoms (MeSH) hier: Immune System Diseases Suchanfrage Interleukin 1 gefiltert nach Diabetes Mellitus, Type 1 23

24 Was kann Go3R im Bereich genehmigungspflichtige Tierversuche? Was kann es noch nicht? Intelligentes Inhaltsverzeichnis zu nicht-toxikologischen 3R-Methoden & 3R-Maßnahmen unvollständig (BMBF-Projekt Regulatorische Toxikologie) Dennoch hilft es bereits jetzt, sich zu einer allgemeinen Suchanfrage einen Überblick zu verschaffen und diese mit Hilfe ausgewählter Themen-bezogener (oder selbst erstellter) Terme einzugrenzen 24

25 Go3R: Ausblick BMBF-Projekt Go3R Endet 31. Mai 2012 Etablierung für REACH-System Nutzergruppen Industrie Ausweitung auf andere Anwendungsbereiche Ihre Rückmeldungen: Anwendungsszenarien? Was wollen Sie finden? Anforderungen? Wie wollen Sie es finden? Erfahrungen? Zusammenarbeit zur Fortentwicklung Ontologie-Zweige für Grundlagenforschung? 25

26 FEDERAL INSTITUTE FOR RISK ASSESSMENT Vielen Dank für Ihre Aufmerksamkeit! Barbara Grune & Ursula G. Sauer Bundesinstitut für Risikobewertung Scientific Consultancy Animal Welfare Berlin Neubiberg