Genexpression. Protein- und Gentransfer
|
|
- Carin Beckenbauer
- vor 7 Jahren
- Abrufe
Transkript
1 Genexpression Protein- und Gentransfer
2 Genexpression Plastidäre und mitochondriale Genome Mais mtdna Reis mtdna u. ctdna
3 Organellengenome mtdna ctdna Mensch Hefe 16,5 kb 84 kb 22 trna, 2 rrna 13 Proteine H. Pflanze kb 16 trna kb Proteine 30 trna, 4 rrna, ca 60 Proteine Pflanzen: Besonderheit Introns (autocatalytic group I intron), T7-Typ DNA Polymerase, RNA Editing, Transsplicing
4 Plastidentranskription Chloroplasten besitzen zwei verschiedene RNA Polymerasen, Bacteriophagen T3 u. T7 Typ kernkodiert E. coli Typ:,, (plastomkodiert) Gene für regulatorische -Ue. im Kern kodiert z.t. Gene mit mehreren Promotoren Kooperation zwischen Kern- und Plastidengenom
5 RNA Polymerasen Wiederholung Eukaryotische RNA Polymerase II: Komplex aus zahlreichen Untereinheiten Prokaryotische RNA Polymerase: 4 Hauptuntereinheiten:,,, 1 regulatorische -Untereinheit
6 Basaler Transkriptionsapparat Wiederholung Allgemeine Transkriptionsfaktoren: TFIID: TATA-binding protein (30 kda,tbp) erkennt TATA Box + ca. 11 TBP-assoziierte Faktoren (TAFs) TFIID ca. 800 kda TFIIDs mit unterschiedlichen TAFs erkennen unterschiedliche Promotoren. TFIIF: RAP74 ATP-abhängige DNA Helicase entwindet DNA RAP38 bindet an RNA Pol II TFIIF- RNA Pol Komplex TFIIH: ATPase, Helicase und Kinase phosphoryliert CTD-Tail (52x[YSPTSPS]) Phosphorylierung des CTD-Tails befreit die RNA Pol II von Transkriptionsfaktoren und die Elongation der RNA startet. Capping enzyme, splicing Faktoren und Komponenten binden an phosphorylierten CTD-Tail (Kopplung Transkription/ Modifizierung)
7 Nukleäre Genexpression Wiederholung Struktur Promotor und regulatorische Sequenzen Exons Introns Terminator Transkription RNA Polymerasen Allgemeine Transkriptionsfaktoren 5 Cap Splicing Spliceosome Splice-Signale Splicing Reaktion RNA editing Bildung des 3 -Endes
8 Regulatorische Transkriptionsfaktoren Wiederholung DNA-bindende Transkriptionsfaktoren (meist Aktivatoren) Assoziierte Co-Aktivatoren cis-elemente: 5 von der TATA-Box lokalisierte Nucleotidsequenzen, die als Bindestellen von regulatorischen Transkriptionsfaktoren erkannt werden
9 Transkriptions-Initiations Komplex Wiederholung trans-acting factor (Protein, z.b. TF) cis-element (DNA-Sequenz) Rep genspezifische Transkriptionsfaktoren Transkription DNA Interaktionen zwischen aktivierenden Transkriptionsregulatoren (Act) und allgemeinen Transkriptionsfaktoren stabilisieren und aktivieren den Transkriptions-Initiationskomplex. Repressoren (Rep) inhibieren bzw. destabilisieren.
10 Transkriptionsfaktoren (TF) in Eukaryoten TFs/Genom Gene für TFs Organismus Anzahl Gene Total % aller Gene A. thaliana ~26, S. cerevisiae ~6, D. melanogaster ~14,
11 Modularer Aufbau eines TFs Aufbau TF: DNA-bindende Domäne Aktivierungsdomäne Flexible Verbindung
12 Yeast-two-hybrid system Protein-Protein-Interaktionen AD-Plasmid BD-Plasmid Klonierung des gene of interest ( GOI ) und einer cdna-bibliothek in AD- und BD-Plasmide AD AD AD BD Expression der Fusions -Proteine in Hefe Gal4 AD BD TATA mrna lacz-gen Analyse der positiven Interaktionen durch Aktivität der Reporter-Gene
13 Arabidopsis interactome map Wiederholung 8000 proteins examined (30%) 6200 reliable interactions of 2700 proteins. Consortium (2011) Science. 333:
14 Wiederholung Interaktion von Transportkomponenten Wassertransport Transmembrantransport Vesikeltransport
15 TF-Klassen in Arabidopsis Genfamilien: Größe prop. zur Anzahl der Mitglieder Domäne: Größe prop. zur Länge der Domäne DNA-Bindungsdomäne: farbig Prot.-Prot.-Interaktionsdo.: schraffiert Domain shuffling Figure 1. Relationships and domain shuffling among the different Arabidopsis transcription factor families. Gene families are represented by circles, whose size is proportional to the number of members in the family. Domains that have been shuffled and that therefore "connect" different groups of transcription factors are indicated with rectangles, whose size is proportional to the length of the domain. DNA binding domains are colored; other domains (usually protein-protein interaction domains) are shown with hatched patterns. Dashed lines indicate that a given domain is a characteristic of the family or subfamily to which it is connected. Gene names are written in italics. Whereas many of the indicated domain-shuffling events are specific to plants, others likely predate the appearance of the three distinct eukaryotic lineages. For an expanded version of this figure and the information that was used to construct it, see supplemental material. Arabidopsis Transcription Factors: Genome-Wide Comparative Analysis Among Eukaryotes Riechmann et al, Science (2000).
16 DNA-Struktur DNA/TF Bindung TFs kontaktieren Doppelhelix und erkennen Sequenzabschnitte ohne Aufschmelzen der Basenpaarung Kontakte über die grosse Furche sind informativer!
17 DNA/TF Bindung H-Brücken Donor: blau H-Brücken Akzeptor: rot H-Brücke: rote Linie Hydrophobe Protuberanz: gelb Freies H-Atom: weiss Major groove: Erkennungsmuster für alle 4 Kombinationen Minor groove: AT gleicht TA; GC gleicht CG
18 Bindung eines TF an die major groove der DNA DNA/TF Bindung solcher nicht-kovalenten Kontakte tragen zur Bindungsenergie einer DNA/TF Interaktion bei.
19 Klassen: Einteilung nach DNA-Binde- und Interaktionsdomäne Helix-turn-helix MYB Homeobox Proteine Zink Finger Zinkfinger Steroidrezeptor Basische Helix-loop-helix bhlh Basische Leucine zipper bzip
20 Identifizierung regulatorischer Sequenzen in einem Promoter Deletionsanalyse : Promoteranalyse Fusion zwischen Promoter und Reporter (GUS, GFP, LUC, Aequorin...) Deletion von Promoter(teil)sequenzen mit funktionellem Test Beispiel: PR-1 Promoter Arabidopsis INA Induktion spezifische GUS Aktivität ( + -) INA Induktion (2,6-dichloroisonicotinic acid, synthetischer Inducer für SAR) Kontrolle Induktion
21 Linker Scanning: Promoteranalyse Ziel: Feinanalyse regulatorischer Promoterregionen Fusion zwischen Promoter und Reporter (GUS, GFP, LUC, Aequorin...) Veränderung kurzer (ca. 10 bp) Sequenzen eines Promoters mit Funktionstest
22 Transiente Genexpression: Promoteranalyse Ziel: Promoteranalyse Testsysteme: Protoplasten, Particle bombardment Protoplasten: Verdauen der Zellwände (z.b. Blätter) mit Enzymmix (Zellulasen, Pektinasen etc.) Inkubation mit Plasmid-DNA (Effektor, Reporter z.b. Luciferase, GFP, Glucuronidase) PEG-Zugabe Analyse von Reporteraktivität in Abhängigkeit von Effektoren (Proteinen, Signalmolekülen) GFP-Aktivität in Arabidopsis Protoplasten - GFP + GFP Particle bombardment: Beschichtung kleiner Goldkügelchen mit Plasmid-DNA Beschuss (Pressluft) von Gewebe (z.b. Zwiebelepidermis) Analyse von Reporteraktivität Transgene Pflanzen : z.b. mittels Agrobakterien Analyse von Reporteraktivität
23 Yeast one-hybrid system Promoteranalyse Fusionsprotein Aktivierungsdomäne (AD) cdna Identifizierung von DNA-bindenden Proteinen Bindung des TF-Fusionsprotein an künstlichen Promoter führt zur Aktivierung des Reportergens (HIS3 oder lacz).
24 Helix-turn-helix TF in Eukaryoten erste identifizierte DNA-Erkennungssequenz 2 -Helices verbunden durch turn (Windung) C-terminale Helix erkennt DNA-Sequenz Erkennungs-Helix (recognition helix; rot) Bindung an major groove Dimere binden DNA Symmetrische Anordnung von Protein und DNA-Erkennungssequenz (Palindrom) Verdopplung der Kontakte vervierfacht die Bindungskonstante
25 Helix-turn-helix TF in Eukaryoten Myb isoliert aus avian myeloblastosis virus Vorkommen: Insekten, Pilzen, Pflanzen (Arabidopsis >100 Gene) In Pflanzen 3 Klassen: 1, 2 und 3 MYB-Domänen Multifunktionell z.b.: LHY CPC1 AtMYBGL1 AtMYB13 MSA-binding protein Regulation der circadianen Uhr Differenzierung von Epidermiszellen, Wurzelhaaren Trichomentwickung Sprossentwicklung Regulation von Zellcyclus-Regulatoren (cyclin)
26 Helix-turn-helix-(helix): Homöobox Proteine TF in Eukaryoten 1980 entdeckt, Drosophila Walter Gehring, Biozentrum Basel spezielle helix-turn-helix Proteine konservierte 60 aa Domäne Helix 2 und 3 bilden helix-turn-helix Motif Helix 3 erkennt DNA (major groove) Arm der Helix 1 greift um DNA in minor groove Funktion: Fundamentale Rolle bei der Steuerung der Entwicklung bei Tieren und Pflanzen
27 Phänotypen bei kn-1 Mutation Homöobox Proteine TF in Eukaryoten KN (knotted) Genfamilie: erstes Homöoboxgen aus Pflanze (Mais kn-1, knotted 1) wichtige Regulatoren der Pflanzenentwicklung Expression in Spross-Apikalmeristem Homöobox
28 ABA-dependent Activation of Expression of Homeodomain leucine-zipper transcritpion factor AtHB6 water stress control signal 6x Replacement of AtHB6 structural gene by luciferase allows noninvasive imaging of physiologica lly active ABA in Arabidopsis Alex Christmann
29 Zink Finger TF in Eukaryoten Zink strukturelles Element Cys-Cys-His-His bindet Zink-Atom DNA-Bindung durch 3 Zink-Finger
30 Zink Finger TF in Eukaryoten SUPERMAN aus Arabidopsis Repressor der Blütenentwicklung Repressordomäne (RD) C-term. wild-type 35S::SUP RD 35S::SUP RD Phenotype of flowers of 35S::SUP RD transgenic plants. A: Wild-type (Col-O) flower, with the normal number of stamen (six) and a central gynoecium, which consisted of two fused carpels. B: Flower from a 35S::SUPDRD transgenic T1 plant with 11 stamens and two incompletely fused carpels. C: Flower from a 35S::SUP RD transgenic T1 plant with seven stamens and three incompletely fused carpels.
31 Zink Finger-targeted nuclease Schematic of the target reporter and zinc finger recognition sequences. a Target reporter construct with tandem, overlapping, partial gfp gene fragments, a 30 pat selectable marker gene fragment, left and right homologous sequences and zinc finger binding sites. b Recognition sequences for ZFN-1 and ZFN-2 Cai et al. (2009) Plant Mol Biol 69:
32 Strategies for ZFN-driven targeted integration of a 30 pat gene fragment into a chromosomal reporter locus and molecular analysis of targeted reporter events. a Targeted cleavage at two ZFN-2 binding sites. b Targeted cleavage at a single ZFN-1 binding site. c PCR analysis of genomic DNA isolated from Bialaphosresistant (=herbicide resisitant) isolates showing the 2.3 kb recombinant amplification product. d Southern blot analysis showing targeted (2.1 kb) and nontargeted (3.0 kb) reporter loci
33 TAL-Effektor Nuklease (TALEN) TAL (transcription activator like) effectors from plant pathogenic Xanthomonas are important virulence factors thatact as transcriptional activators in the plant cell nucleus, where they directly bind to DNA via acentral domain of tandem repeats. Boch et al, Science 321, 1509 (2009)
34 Boch et al, Science 321, 1509 (2009)
35
36 Nga-Sze Mak et al, Science 335, 706 (2012)
37 TALEN (gerichtete Deletion, homologe Rekombination) Miller et al, Nature Biotech 29, 143 (2011)
38 Leucine Zipper TF in Eukaryoten Dimerisierungsdomäne, z.b. Mit basischer DNA-Erkennungsdomäne (bzip) Säuger Jun + Fos = AP1 oder mit Homöodomäne (Pflanzen HD-ZIP) 2 -Helices bilden coiled-coil hydrophobe Wechselwirkungen (Leucin) zwischen Helices bindet major groove Form einer Wäscheklammer auf der Leine Jun (blau), Fos (rot) L-Leu
39 bzip cis-regulatorischer Sequenzen in Pflanzenpromoteren: Spezifität durch flankierende Sequenzen und assoziierte Elemente G-Box: bzip
40 Kombinatorische Kontrolle TF in Eukaryoten Homo-, Heterodimere 3 TFs: 6 DNA-Sequenzen 4 TFs: 10 DNA-Sequenzen 5 TFs: 15 DNA-Sequenzen etc. plus Kombinationen mit Inhibitor-Bindung bzw. Repressoren
41 Kombinatorische Kontrolle TF in Eukaryoten Einsetzen von einer begrenzten Anzahl TFs in unterschiedlichen Kombinationen, um ein breites Spektrum von Expressionsmustern zu erzeugen z.b. Heterodimerisierung von Leucine zipper Proteinen verändert die Spezifität der DNA-Bindung. Eukaryotische Genregulatoren bilden häufig Komplexe auf der DNA 5 Regulator- Proteine Gen an Gen aus
42 Regulation der Transkriptionsfaktoren Beispiel de novo Biosynthese ABA-abhängige Bildung von MYB22 Phosphorylierung phospho-tf aktiv: z.b. bzip ABI5 phospho-tf inaktiv: z.b. HDZIP AtHB6 Abbau des Auxin-induzierte Proteolyse reprimierenden TF-Bind-Partners von IAA/AUX Ligandenbindung Freisetzung vom Ankerprotein Steroidrezeptoren (Säuger) (nukleäre K.) Cytosolische nukleäre K. NF- B / I- B (Säuger), bzip17
Promotoren und Transkriptionsfaktoren (TF)
Promotoren und Transkriptionsfaktoren (TF) Übersicht Promoteranalyse Transiente Genexpression DNA/TF Bindung TFs in Eukaryoten Anzahl Klassen Domain shuffling Kombinatorische Kontrolle Methoden zur Isolation
MehrGenexpression: Transkriptionsfaktoren (TF)
Genexpression: Transkriptionsfaktoren (TF) Übersicht Transkriptionsregulation Enhancer, Isolatoren, cis-elemente DNA/TF Bindung TFs in Eukaryoten Anzahl Klassen Domain shuffling Kombinatorische Kontrolle
MehrGenexpression. Introns, T7-Typ DNA Polymerase, RNA Editing, Transsplicing
Genexpression Übersicht Mais mtdna Reis mtdna u. ctdna Introns, T7-Typ DNA Polymerase, RNA Editing, Transsplicing Eukaryotische Genstruktur Aufbau eines Gens Promotor und regulatorische Sequenzen Exons
MehrEukaryontische DNA-Bindedomänen
1. Viele eukaryotische (und auch prokaryotische) Transkriptionsfaktoren besitzen eine DNA-bindende Domäne, die an eine ganz bestimmte DNA- Sequenz binden kann. Aufgrund von Ähnlichkeiten in der Struktur
MehrFunktion. Transkriptionsfaktor in der Ethylen-Signaltransduktion
Modifiziertes Funktion Funktionen Protein des Target Ubiquitinierung Phytochrom Polyubi.: (Ubiquitylierung) AUX/IAA EIN2 Auxin-Signaltransduktion Transkriptionsfaktor in der Ethylen-Signaltransduktion
MehrElektronenmikroskopie zeigte die Existenz der A-, P- und E- trna-bindungsstellen. Abb. aus Stryer (5th Ed.)
Elektronenmikroskopie zeigte die Existenz der A-, P- und E- trna-bindungsstellen Die verschiedenen Ribosomen-Komplexe können im Elektronenmikroskop beobachtet werden Durch Röntgenkristallographie wurden
MehrMolekulargenetik der Eukaryoten WS 2014/15, VL 12. Erwin R. Schmidt Institut für Molekulargenetik
Molekulargenetik der Eukaryoten WS 2014/15, V 12 Erwin R. Schmidt Institut für Molekulargenetik Der basale Transkriptionskomplex plus genspezifische TFs Zusammenfassung: Präinitiationskomplexe der verschiedenen
MehrTranskription und Translation sind in Eukaryoten räumlich und zeitlich getrennt. Abb. aus Stryer (5th Ed.)
Transkription und Translation sind in Eukaryoten räumlich und zeitlich getrennt Die Initiation der Translation bei Eukaryoten Der eukaryotische Initiationskomplex erkennt zuerst das 5 -cap der mrna und
MehrGenexpressionsregulation
Genexpressionsregulation Genexpressionsregulation Different tissue types 1 2 3 4 5 6 7 8 Taken from Caron et al., 2001 Verschiedene Ebenen der Genexpressionsregulation Epigenetic mechanisms Transkriptionskontrolle
MehrInstitut für Biochemie und Molekulare Medizin. Lecture 1 Translational components. Michael Altmann FS 2011
Institut für Biochemie und Molekulare Medizin Lecture 1 Translational components Michael Altmann FS 2011 Gene Expression Fliessdiagramm der eukaryotischen Genexpression Die Expression eines Gens kann auf
MehrMolekulargenetik der Eukaryoten WS 2014/15, VL 11. Erwin R. Schmidt Institut für Molekulargenetik
Molekulargenetik der Eukaryoten WS 2014/15, VL 11 Erwin R. Schmidt Institut für Molekulargenetik Abhängig von der Genklasse: Genstruktur der Eukaryoten 1. RNA Pol I Gene: 18S, 5,8S, 28S rrna 2. RNA Pol
MehrTranskription in Prokaryoten (Bakterien)
Einführung Transkription in Prokaryoten (Bakterien) Transkription in Eukaryoten - Eukaryotische RNA-Polymerasen - Transkription durch RNA-Polymerase II - Transkription durch RNA-Polymerase I & III - Genregulation
MehrMolekulare Mechanismen der Signaltransduktion
Molekulare Mechanismen der Signaltransduktion 07 - Identifizierung von ARF1 + Hinweise für Vorträge Folien: http://tinyurl.com/modul-mms http://www.pnas.org/content/111/14/5427/f1.large.jpg neues Modell
MehrTranskription Teil 2. - Transkription bei Eukaryoten -
Transkription Teil 2 - Transkription bei Eukaryoten - Inhalte: Unterschiede in der Transkription von Pro- und Eukaryoten Die RNA-Polymerasen der Eukaryoten Cis- und trans-aktive Elemente Promotoren Transkriptionsfaktoren
MehrZentrales Dogma der Biologie
Zentrales Dogma der Biologie Transkription: von der DNA zur RNA Biochemie 01/1 Transkription Biochemie 01/2 Transkription DNA: RNA: Biochemie 01/3 Transkription DNA: RNA: Biochemie 01/4 Transkription RNA:
MehrDNA mrna Protein. Initiation Elongation Termination. RNA Prozessierung. Unterschiede Pro /Eukaryoten
7. Transkription Konzepte: DNA mrna Protein Initiation Elongation Termination RNA Prozessierung Unterschiede Pro /Eukaryoten 1. Aus welchen vier Nukleotiden ist RNA aufgebaut? 2. RNA unterscheidet sich
MehrGenregulation in Bakterien. Das LAC Operon
Genregulation in Bakterien Das LAC Operon Der Fluss der genetischen Information Transkription Translation DNA mrna Protein Replikation (Reverse Transkription) Modifikation DNA Funktionelles Protein Horizontaler
MehrDNA mrna Protein. Initiation Elongation Termination. RNA Prozessierung. Unterschiede Pro /Eukaryoten
7. Transkription Konzepte: DNA mrna Protein Initiation Elongation Termination RNA Prozessierung Unterschiede Pro /Eukaryoten 3. Aus welchen vier Nukleotiden ist RNA aufgebaut? 4. DNA RNA 5. Ein Wissenschaftler
Mehr2. Seminar:
2. Seminar: 29.04.2009 1. Ballaset al. (1993): Identification of the Auxin-responsive Element, AuxRE, in the Primary indoleacetic Acid-inducible Gene, PS- IAA4/5, of Pea (Pisumsativum). J Mol Biol 233:
Mehr2. Seminar:
2. Seminar: 29.04.2009 1. Ballaset al. (1993): Identification of the Auxin-responsive Element, AuxRE, in the Primary indoleacetic Acid-inducible Gene, PS- IAA4/5, of Pea (Pisumsativum). J Mol Biol 233:
MehrMolekulargenetik der Eukaryoten WS 2014/15, VL 10. Erwin R. Schmidt Institut für Molekulargenetik
Molekulargenetik der Eukaryoten WS 2014/15, VL 10 Erwin R. Schmidt Institut für Molekulargenetik Replikationsgabel bei Prokaryoten Replikationsgabel bei Eukaryoten Pol e Pol d GINS (Go, Ichi, Nii, and
Mehr2. Seminar:
2. Seminar: 04.05.2010 1. Ballaset al. (1993): Identification of the Auxin-responsive Element, AuxRE, in the Primary indoleacetic Acid-inducible Gene, PS- IAA4/5, of Pea (Pisumsativum). J Mol Biol 233:
MehrVORANGEGANGENE MODELLE
VORANGEGANGENE MODELLE UNSER THEMA HEUTE Ziel dieses Papers: - Nähere Charakterisierung der AuxREs - Analyse eines zu den AuxREs gehörenden Transkriptionsfaktors WAS BEREITS BEKANNT WAR: - Auxin moduliert
MehrThema Transkription und Genregulation Erwin R. Schmidt Institut für Molekulargenetik Gentechnologische Sicherheitsforschung & Beratung
Thema Transkription und Genregulation 21.12.2012 Erwin R. Schmidt Institut für Molekulargenetik Gentechnologische Sicherheitsforschung & Beratung Thema: Gene und Transkription Was ist ein Gen? Heute: Gendefinition:
MehrGezielte Modifikation pflanzlicher Erbinformation mittels Designer-Endonukleasen
Gezielte Modifikation pflanzlicher Erbinformation mittels Designer-Endonukleasen Jochen Kumlehn Plant Reproductive Biology Leibniz-Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung (IPK) Gatersleben
MehrKV: Genexpression und Transkription Michael Altmann
Institut für Biochemie und Molekulare Medizin KV: Genexpression und Transkription Michael Altmann Herbstsemester 2008/2009 Übersicht VL Genexpression / Transkription 1.) Was ist ein Gen? 2.) Welche Arten
MehrHypothetisches Modell der letzten Papers
Hypothetisches Modell der letzten Papers Bis dahin bekannt (1997) : - Induktion der Zellelongation durch Auxin -Auxin-responsiveGene untereinander hohe Homologie - Promotorsequenz für Auxin response in
MehrDNA mrna Protein. Initiation Elongation Termination. RNA Prozessierung. Unterschiede Pro /Eukaryoten
7. Transkription Konzepte: DNA mrna Protein Initiation Elongation Termination RNA Prozessierung Unterschiede Pro /Eukaryoten 1. Aus welchen vier Nukleotiden ist RNA aufgebaut? 2. RNA unterscheidet sich
MehrTranskription und Regulation der Genexpression
Transkription und Regulation der Genexpression Dr. Laura Bloch Laura.Bloch@med.uni-jena.de 1. Das zentrale Dogma der Molekularbiologie 24.11.2014 Laura Bloch 2 2. RNA vs. DNA Desoxyribose und Ribose die
MehrGenaktivierung und Genexpression
Genaktivierung und Genexpression Unter Genexpression versteht man ganz allgemein die Ausprägung des Genotyps zum Phänotyp einer Zelle oder eines ganzen Organismus. Genotyp: Gesamtheit der Informationen
MehrGeneral Concepts to Dissect Signaling Pathways
General Concepts to Dissect Signaling Pathways Forward Genetics Molecular Biology Biochemistry Receptors Early Genes Growth & Development Gene Expression Binding Proteins ( Biochemistry) ( Reverse Genetics)
MehrDNA-Replikation. Ein Prozess in drei Stufen 1. Initiation 2. Elongation 3. Termination
DNA-Replikation Ein Prozess in drei Stufen 1. Initiation 2. Elongation 3. Termination Die Initiation der DNA-Replikation bei Eukaryoten am ori erfolgt erst nach der Lizensierung durch ORC und weitere Proteine
MehrMolekulare Mechanismen der Signaltransduktion. 06 - Kartierung des AXR1 Gens + early auxin-induced genes Folien: http://tinyurl.
Molekulare Mechanismen der Signaltransduktion 06 - Kartierung des AXR1 Gens + early auxin-induced genes Folien: http://tinyurl.com/modul-mms bisheriges Modell auxin auxin AXR1 auxin response AXR1 potentieller
MehrKV: Translation Michael Altmann
Institut für Biochemie und Molekulare Medizin KV: Translation Michael Altmann Herbstsemester 2008/2009 Übersicht VL Translation 1.) Genexpression 2.) Der genetische Code ist universell 3.) Punktmutationen
Mehr05_10_Genes_info.jpg
Übertragung der Information von DNA auf RNA - Transkription von RNA auf Protein - Translation Übertragung der Information vom Gen auf Protein 05_10_Genes_info.jpg 1 Figure 6-2 Molecular Biology of the
MehrOrganisation und Evolution des Genoms
Organisation und Evolution des Genoms Organisation und Evolution des Genoms Definition Genom: vollständige DNA-Sequenz eines Organismus I. Einfachstes Genom: Prokaryoten Zwei Gruppen, evolutionär unterschiedlicher
MehrVertiefendes Seminar zur Vorlesung Biochemie I
Vertiefendes Seminar zur Vorlesung Biochemie I 30.01.2015 Klausurvorbereitung: Gerhild van Echten-Deckert Rekombinante DNA Fon. +49-228-732703 Homepage: http://www.limes.uni-bonn.de Klärung einiger Begriffe:
MehrEukaryotische messenger-rna
Eukaryotische messenger-rna Cap-Nukleotid am 5 -Ende Polyadenylierung am 3 -Ende u.u. nicht-codierende Bereiche (Introns) Spleißen von prä-mrna Viele Protein-codierende Gene in Eukaryoten sind durch nicht-codierende
MehrBiochemisches Grundpraktikum
Biochemisches Grundpraktikum Dr. Ellen Hornung; Email: ehornun@gwdg.de; Tel: 39-5748 Einteilung der Praktikumsplätze: Eintragen in Listen am - Dienstag, 10.11.2009, von 12:00 13:00 - Freitag, 13.11.2009,
MehrInhalt Genexpression Microarrays E-Northern
Inhalt Genexpression Microarrays E-Northern Genexpression Übersicht Definition Proteinbiosynthese Ablauf Transkription Translation Transport Expressionskontrolle Genexpression: Definition Realisierung
MehrÜbung 11 Genregulation bei Prokaryoten
Übung 11 Genregulation bei Prokaryoten Konzepte: Differentielle Genexpression Positive Genregulation Negative Genregulation cis-/trans-regulation 1. Auf welchen Ebenen kann Genregulation stattfinden? Definition
MehrInhalt 1 Modellorganismen
Inhalt 1 Modellorganismen....................................... 1 1.1 Escherichia coli....................................... 1 1.1.1 Historisches...................................... 3 1.1.2 Lebenszyklus.....................................
MehrBiologie I/B: Klassische und molekulare Genetik, molekulare Grundlagen der Entwicklung Theoretische Übungen SS 2016
Biologie I/B: Klassische und molekulare Genetik, molekulare Grundlagen der Entwicklung Theoretische Übungen SS 2016 Fragen für die Übungsstunde 4 (20.06. 24.06.) Regulation der Transkription II, Translation
MehrDNA-bindende Proteinstrukturen (und ihre Rolle bei Signaltransduktion und Transkription)
DNA-bindende Proteinstrukturen (und ihre Rolle bei Signaltransduktion und Transkription) Ein Vortrag im Rahmen des F1-Praktikums Biochemie an der Johannes-Gutenberg-Uni-Mainz Vortragender: Christian Lehmann
MehrÜbung 11 Genregulation bei Prokaryoten
Übung 11 Genregulation bei Prokaryoten Konzepte: Differentielle Genexpression Positive Genregulation Negative Genregulation cis-/trans-regulation 1. Auf welchen Ebenen kann Genregulation stattfinden? Definition
MehrGenstruktur der Eukaryoten
Genstruktur der Eukaryoten Abhängig von der Genklasse: 1. RNA Pol I Gene: 18S, 5,8S, 28S rrna 2. RNA Pol II Gene: alle mrnas 3. RNA Pol III Gene: trnas, 5S rrna, einige snrnas Hemmung der Polymerasen durch
MehrEntwicklungs /gewebespezifische Genexpression
Übung 11 Genregulation bei Prokaryoten Konzepte: Entwicklungs /gewebespezifische Genexpression Positive Genregulation Negative Genregulation cis /trans Regulation 1. Auf welchen Ebenen kann Genregulation
MehrÜbertragung der in der DNA gespeicherten Information
Übertragung der in der DNA gespeicherten Information von DNA auf RNA - Transkription von RNA auf Protein - Translation Übertragung der Information vom Gen auf Protein 05_10_Genes_info.jpg 1 Figure 6-2
MehrPosttranskriptionale RNA-Prozessierung
Posttranskriptionale RNA-Prozessierung Spaltung + Modifikation G Q Spleissen + Editing U UUU Prozessierung einer prä-trna Eukaryotische messenger-rna Cap-Nukleotid am 5 -Ende Polyadenylierung am 3 -Ende
MehrEntwicklungs /gewebespezifische Genexpression. Coexpression funktional überlappender Gene
Übung 11 Genregulation bei Prokaryoten Konzepte: Entwicklungs /gewebespezifische Genexpression Coexpression funktional überlappender Gene Positive Genregulation Negative Genregulation cis /trans Regulation
Mehr1. Skizzieren Sie schematisch ein Gen mit flankierender Region. Bezeichnen und beschriften Sie:
1. Skizzieren Sie schematisch ein Gen mit flankierender Region. Bezeichnen und beschriften Sie: - 5 UTR (leader) - 3 UTR (trailer) - Terminator - Stopp-Kodon - Initiationskodon - Transkriptionsstartstelle
MehrPraktikum der Molekulargenetik
Ulrich Kück (Hrsg.) Praktikum der Molekulargenetik unter der Mitarbeit von A. Bunse, H. Holländer-Czytko, S. Jeske, C. Klämbt, R. Klapper, I. Kubigsteltig, F. Meinhardt, J. Nickelsen, M. Nowrousian, S.
MehrDie Regulation der Transkription ist eine Schnittstelle zwischen Zellwachstum und HIV-stimulierter Genexpression
Schulte, Antje et al. Die Regulation der Transkription... Tätigkeitsbericht 2007 Struktur- und Zellbiologie Die Regulation der Transkription ist eine Schnittstelle zwischen Zellwachstum und HIV-stimulierter
MehrErster Baum genetisch sequenziert Genetische Veränderung geplant - Ökologen warnen vor Gentech- Pflanzen
Erster Baum genetisch sequenziert Genetische Veränderung geplant - Ökologen warnen vor Gentech- Pflanzen Das erste Genom eines Baumes wurde nach Angaben des Wissenschaftsmagazins Science nun fertig entschlüsselt.
MehrMikrobiologie 2. Vertretung. Prof. Dr. Nicole Frankenberg-Dinkel. Dr. Susanne Zehner. Follow us on:
Mikrobiologie 2 Prof. Dr. Nicole Frankenberg-Dinkel Vertretung Dr. Susanne Zehner Follow us on: Transkription Kontrolle der Transkription Translation Wiederholung Transkription Erster Schritt der Expression
MehrGentechnik/ Genom-Editierung
Gentechnik/ Genom-Editierung Assoc. Prof. Mag. Dr. Helmut Dolznig Dezember 2018 ÖAK Kurs 1 2 Warum Gentechnik? Als molekularbiologisches Hilfsmittel (Klonierung) Produktion von rekombinanten Proteinen
MehrPromotor kodierende Sequenz Terminator
5.2 Genexpression Sequenz in eine RNA-Sequenz. Die Enzyme, die diese Reaktion katalysieren, sind die DNA-abhängigen RNA-Polymerasen. Sie bestehen aus mehreren Untereinheiten, die von den Pro- bis zu den
MehrIdentifikation einer neuen WRKY-Transkriptionsfaktorbindungsstelle. in bioinformatisch identifizierten,
Identifikation einer neuen WRKY-Transkriptionsfaktorbindungsstelle in bioinformatisch identifizierten, Pathogen-responsiven c/s-elementen aus Arabidopsis thaliana Von der Fakultät für Lebenswissenschaften
MehrRNA und Expression RNA
RNA und Expression Biochemie RNA 1) Die Transkription. 2) RNA-Typen 3) RNA Funktionen 4) RNA Prozessierung 5) RNA und Proteinexpression/Regelung 1 RNA-Typen in E. coli Vergleich RNA-DNA Sequenz 2 Die Transkriptions-Blase
MehrZelluläre Reproduktion: Zellzyklus. Regulation des Zellzyklus - Proliferation
Zelluläre Reproduktion: Zellzyklus Regulation des Zellzyklus - Proliferation Alle Zellen entstehen durch Zellteilung Der Zellzyklus kann in vier Haupt-Phasen eingeteilt werden Interphase Zellwachstum;
MehrVom Gen zum Protein. Zusammenfassung Kapitel 17. Die Verbindung zwischen Gen und Protein. Gene spezifizieren Proteine
Zusammenfassung Kapitel 17 Vom Gen zum Protein Die Verbindung zwischen Gen und Protein Gene spezifizieren Proteine Zellen bauen organische Moleküle über Stoffwechselprozesse auf und ab. Diese Prozesse
MehrRegulation der Genexpression: regulierbare Promotoren, Proteine und sirna
Regulation der Genexpression: regulierbare Promotoren, Proteine und sirna Biochemie Praktikum Christian Brendel, AG Grez Ebenen der Genregulation in Eukaryoten Cytoplasma DNA Zellkern Introns Exons Chromatin
MehrTRANSKRIPTION I. Die Herstellung von RNA bei E-Coli
TRANSKRIPTION I Die Herstellung von RNA bei E-Coli Inhalt Aufbau der RNA-Polymerase Promotoren Sigma-Untereinheit Entwindung der DNA Elongation Termination der Transkription Modifizierung der RNA Antibiotika
MehrStand von letzter Woche
RUB ECR1 AXR1 Stand von letzter Woche E2 U? E1-like AXR1 Repressor ARF1 Proteasom AuxRE Repressor wird sehr schnell abgebaut notwendig für Auxinantwort evtl. Substrat für SCF Identifikation des SCF-Ubiquitin
MehrDNA Replikation ist semikonservativ. Abb. aus Stryer (5th Ed.)
DNA Replikation ist semikonservativ Entwindung der DNA-Doppelhelix durch eine Helikase Replikationsgabel Eltern-DNA Beide DNA-Stränge werden in 5 3 Richtung synthetisiert DNA-Polymerasen katalysieren die
MehrGenregulation bei Eukaryoten
Genregulation bei Eukaryoten 1. Allgemeines über Genregulation 2. Aufbau der DNA 3. Enhancer 4. Aktivierung und Repression 5. System, das Östrogene wahrnimmt und auf sie anspricht - DNA- Bindungsdomäne
MehrHypothetische Modelle
Hypothetische Modelle Hypothetische Modelle Das Paper Identification of an SCF ubiquitin ligase complex required for auxin response in Arabidopsis thaliana William M. Gray,1,4 J. Carlos del Pozo,1,4 Loni
MehrVorlesungsthemen Mikrobiologie
Vorlesungsthemen Mikrobiologie 1. Einführung in die Mikrobiologie B. Bukau 2. Zellaufbau von Prokaryoten B. Bukau 3. Bakterielles Wachstum und Differenzierung B. Bukau 4. Bakterielle Genetik und Evolution
MehrVorlesung Molekulare Humangenetik
Vorlesung Molekulare Humangenetik WS 2013/2014 Dr. Shamsadin DNA-RNA-Protein Allgemeines Prüfungen o. Klausuren als indiv. Ergänzung 3LP benotet o. unbenotet Seminar Block 2LP Vorlesung Donnerstags 14-16
MehrSodium-Calcium-Exchangergene NCX-1and
Diss. ETH No.12875 Cloningof the MultipartitePromoterof the Sodium-Calcium-Exchangergene NCX-1and Characterizationof its Activityin Vascular Smooth Muscle Cells. A dissertationsubmittedto the SWISS FEDERAL
MehrPraktikum Biochemie B.Sc. Water Science WS Enzymregulation. Marinja Niggemann, Denise Schäfer
Praktikum Biochemie B.Sc. Water Science WS 2011 Enzymregulation Marinja Niggemann, Denise Schäfer Regulatorische Strategien 1. Allosterische Wechselwirkung 2. Proteolytische Aktivierung 3. Kovalente Modifikation
MehrSchrittweise Rekrutierung von Komponenten des Transkriptionsapparates über Genspezifische Aktivatoren durch lokale Änderung der Chromatinstruktur:
Stunde 4: Beispiele für die Wirkung von Histon modifierenden Enzymen bei der Genaktivierung. Wie analysiert man das? Analyse der lokalen Histonmodifikation Analyse der globalen Histonmodifikation 64 65
MehrStrategies to introduce resistance in cassava against viruses causing brown streak disease using sirna
Strategies to introduce resistance in cassava against viruses causing brown streak disease using sirna Beena M Ravindran and Stephan Winter WCRTC Nanning, Guangxi, China, 18-22 January 2016 Most Important
Mehrrot red braun brown rot red RS-8 rot red braun brown R S V~
Kleiner Ring 9 /Germany Phone: 0049 4122 / 977 381 Fax: 0049 4122 / 977 382 Sample connections: Feedback module with integrated detection of occupied tracks for the RS-feedback bus (Lenz Digital plus)
MehrExpressionskontrolle in Eukaryonten
Expressionskontrolle in Eukaryonten Warum muss Genexpression kontrolliert werden? 1. Gewebsspezifische Kontrolle - nicht jedes Genprodukt ist in allen Zellen erforderlich - manche Genprodukte werden ausschliesslich
MehrCRISPR-Cas9: Prinzipien und Anwendung der Genomeditierung
CRISPR-Cas9: Prinzipien und Anwendung der Genomeditierung 28.11.2016, Wissenswerte, Bremen Dirk Heckl Pediatric Hematology & Oncology Genome Editing und CRISPR-Cas9 Genome Editing: Genmodifikation durch
MehrGenome Editing beim Menschen
Genome Editing beim Menschen Naturwissenschaftlich-medizinischer Sachstand Prof. Dr. Boris Fehse Forschungsabteilung Zell- und Gentherapie Klinik für Stammzelltransplantation Was bedeutet Genome Editing?
Mehrdipl. vorgelegt von geboren am 14. Juni 1957 Angenommen auf Antrag von: Diss. ETH Nr ORGANISATION GENOMISCHER SEQUENZEN DES M-KREATINKINASE-GENS
Diss. ETH Nr. 7854 ORGANISATION GENOMISCHER SEQUENZEN DES MKREATINKINASEGENS ABHANDLUNG zur Erlangung des Titels eines DOKTORS DER NATURWISSENSCHAFTEN der EIDGENOESSISCHEN TECHNISCHEN HOCHSCHULE ZUERICH
MehrDNA-Replikation. Konrad Beyreuther. Stefan Kins
DNA-Replikation Konrad Beyreuther Stefan Kins DNA-Replikation Originalgetreue Verdopplung des genetischen Materials als Voraussetzung für die kontinuierliche Weitergabe der in der DNA verschlüsselten Information
MehrInformationsgehalt von DNA
Informationsgehalt von DNA Topics Genes code, gene organisation, signals, gene detection Genomes genome organisation, nucleotide patterns, junk DNA DNA als Informationsträger DNA Building Blocks Desoxyribose
MehrUntersuchung der Quartärstruktur
Untersuchung der Quartärstruktur Analyse von Protein-Netzwerken In vitro Hydrodynamische Verfahren (z.b. Gelfiltration) Spektroskopische Verfahren (z.b. FRET) Kreuzvernetzung ( Crosslinking ) Immunologische
MehrHypothetische Modelle
Hypothetische Modelle Heutiges Paper Vorgehensweise: Screening nach neuen Mutanten mit neuen Phänotyp Neuer Phänotyp: CPD, NPA- Resistenz (CPD, NPA: Wachstumshemmung durch Inhibierung des Auxin- Transport
MehrAufbau und Funktion des Genoms: Von der Genstruktur zur Funktion
Assoc. Prof. PD Mag. Dr. Aufbau und Funktion des Genoms: Von der Genstruktur zur Funktion Wien, 2013 Währinger Straße 10, A-1090 Wien helmut.dolznig@meduniwien.ac.at www.meduniwien.ac.at/medizinische-genetik
MehrGenisolierung in 2 Stunden : Die Polymerase-Ketten-Reaktion (PCR)
PCR Genisolierung in 2 Stunden : Die Polymerase-Ketten-Reaktion (PCR) von Kary B. Mullis entwickelt (1985) eigentlich im Mai 1983 bei einer nächtlichen Autofahrt erstes erfolgreiches Experiment am 16.12.1983
MehrC SB. Genomics Herausforderungen und Chancen. Genomics. Genomic data. Prinzipien dominieren über Detail-Fluten. in 10 Minuten!
Genomics Herausforderungen und Chancen Prinzipien dominieren über Detail-Fluten Genomics in 10 Minuten! biol. Prin cip les Genomic data Dr.Thomas WERNER Scientific & Business Consulting +49 89 81889252
MehrDie regulatorische Rolle der TFIIH Proteinkinasen in Pflanzen Regulatory roles of plant TFIIH protein kinases
Die regulatorische Rolle der TFIIH Proteinkinasen in Pflanzen Regulatory roles of plant TFIIH protein kinases Koncz, Csaba Max-Planck-Institut für Pflanzenzüchtungsforschung, Köln Korrespondierender Autor
MehrStammzüchtung. Selektion von natürlichen Varianten. Ungerichtete genetische Veränderungen zufallsverteilte induzierte Mutagenese
Stammzüchtung Selektion von natürlichen Varianten Ungerichtete genetische Veränderungen zufallsverteilte induzierte Mutagenese Kreuzungen genetische Rekombination Sexuelle Kreuzungen Induzierte Zellfusion
MehrAbhandlung. Cytosolische und plastidäre Chorismat-Mutase Isozyme. Eidgenössischen Technischen Hochschule Zürich
ioo. Lil i t 0*. Diss.ETH Nr. 11653 Cytosolische und plastidäre Chorismat-Mutase Isozyme von Pflanzen: Molekulare Charakterisierung und enzymatische Eigenschaften Abhandlung zur Erlangung des Titels Doktorin
MehrTranslation benötigt trnas und Ribosomen. Genetischer Code. Initiation Elongation Termination
8. Translation Konzepte: Translation benötigt trnas und Ribosomen Genetischer Code Initiation Elongation Termination 1. Welche Typen von RNAs gibt es und welches sind ihre Funktionen? mouse huma n bacter
MehrResearch Collection. Promoter analysis and transcriptional regulation of the CMT1Adisease gene peripheral myelin protein PMP22.
Research Collection Doctoral Thesis Promoter analysis and transcriptional regulation of the CMT1Adisease gene peripheral myelin protein PMP22 Author(s): Maier, Marcel Publication Date: 2003 Permanent Link:
MehrFinite Difference Method (FDM)
Finite Difference Method (FDM) home/lehre/vl-mhs-1-e/folien/vorlesung/2a_fdm/cover_sheet.tex page 1 of 15. p.1/15 Table of contents 1. Problem 2. Governing Equation 3. Finite Difference-Approximation 4.
MehrGENETIK. für Studierende. Michaela Aubele. für Ahnungslose. Eine Einstiegshilfe. 2. Auflage. Dr. Michaela Aubele, München.
Michaela Aubele GENETIK für Ahnungslose Eine Einstiegshilfe für Studierende 2. Auflage von Prof. Dr. Michaela Aubele, München Mit 52 Abbildungen und 33 Tabellen S. Hirzel Verlag die VII Vorwort V Kurzer
MehrThema: Eukaryotische Genregulation und RNA- Prozessierung. Spleißen, Capping, Polyadenylierung, RNA-Editieren Erwin R. Schmidt 11. 01.
Thema: Eukaryotische Genregulation und RNA- Prozessierung Spleißen, Capping, Polyadenylierung, RNA-Editieren Erwin R. Schmidt 11. 01. 2013 Worin unterscheiden sich die Gene bzw. die Genprodukte von Eukaryoten
Mehr