Von der DNA zur Datenbank: Sequenzierung & Assemblierung
|
|
- Ina Siegel
- vor 7 Jahren
- Abrufe
Transkript
1 Vorlesung Einführung in die Bioinforma4k SoSe 2012 Von der DN zur Datenbank: Sequenzierung & ssemblierung Prof. Daniel Huson ZBI enter for Bioinformatics Entdeckung der DN Friedrich Miescher ( ) 1869 Miescher entdeckte DN in der Küche des Schlosses Hohentübingen 2 Biomolekulare rundlage des Lebens Wiki.org Watson und rick - Struktur der DN ist eine Doppelhelix - Die Reihenfolge der Basen enthält InformaNonen, die in der Zelle verarbeitet werden 3 1
2 DN und Proteine 4 Protein Sequenzierung 1955 Biochemiker Frederick Sanger besnmmt die erste vollständige minosäurensequenz eines Proteins, Insulin. 1 malwmrllpl lallalwgpd paaafvnqhl cgshlvealy lvcgergffy tpktrreaed 61 lqvgqvelgg gpgagslqpl alegslqkrg iveqcctsic slyqlenycn 5 DN Sequenzierung 1975 Frederick Sanger entwickelt die Kettenabbruchmethode zur Sequenzierung von DN Wikipedia.org 6 2
3 enomics " enomics ist das Studium der enomsequenzen einzelner Organismen " Sequenzierung und ssemblierung " nnotation und nalyse " enomvergleich 7 enomics " enomgrößen: " Virus 5-10 Kilobasen (kb) " Bakterien: 1-10 Millionen Basen (Mb) " rabidopsis thaliana: 120 Mb " Fruchtfliege: 140 Mb " Mensch: 3 Millarden Basen (b) enetics is a way of thinking. enomics is a set of tools. Mary-laire King (Science, Feb 2011) 8 Sequenzierung Basen DN (x150000) Probe elesene DN Sequenz DN Molekül Datenbank heißt Read 9 3
4 Sanger Sequenzierung DN Polymerase XXXXXX Deoxynukleotide 10 Sanger Sequenzierung DN Polymerase XXXXXX Deoxynukleotide efärbte di-deoxynukleotide 11 Kapillar- echnologie 12 4
5 Sequenzfabriken 13 enomik 2001 Die Sequenzierung des enoms des Menschen Mondlandung 14 Sequenzierung & ssemblierung Schrotschuss Zerteilung der DN Klonierung und Sequenzierung ssemblierung und nnotation 15 5
6 ssemblierung 16 Sequenzierungsprojekte OLD: enomes online database 17 Second- enera4on Sequenzierungstechnologien " Seit 2005 neue Hochdurchsatzmethoden 18 6
7 Second- enera4on Sequenzierung Source: Stephan. Schuster, Penn State Nature, Emulsion mplifika4on a) Wasser-in-Öl Mikroreaktoren c) uflösung der Mikroreaktoren b) Klonierung des Fragments und Befestigung an der Kugel Source: Kugeln verteilen auf einer PicoiterPlateM Enzyme hinzugefügt Kugeln werden in Mikrowells verteilt Zentrifugation 44 μm Source:
8 Pyrosequenzierung " Parallele Sequenzierung der Fragmente: Fluss Fluss 22 Pyrosequenzierung " Parallele Sequenzierung der Fragmente: Fluss Fluss Fluss usw Pyrosequenzierung " BasenbesNmmung durch nalyse einer Serie von Bildern Source:
9 egenüberstellung Sanger Next en " Erste eneration (Sanger Sequenzierung): " 100kb/Lauf, mittlere Read Länge 1000bp, Preis: 500$/Mb " Zweite eneration: " Roche(454): 600 Mb/Lauf, 600bp, 20$/Mb " Illumina: 400 b/lauf, 100bp, 0.50$/Mb " SOLiD: 500 b/lauf, 50bp, 0.50$/Mb " Dritte eneration: " PacBio SMR: 25b/Lauf, >1000bp,?$/Mb " anz neu: " Ion orrent: 100bp/Lauf, 10x billiger als Roche(454) 25 ssemblierung enom Shotgun Sequenzierung ssemblierung Mapping auf das enom 26 ssemblierung " Sequenzierung produziert Millionen von kurzen DN Reads " BioinformaNk: Suche überlappende Sequenzen und füge sie zusammen 27 9
10 NBI Datenbank " Die Hauptresource für Sequenzdaten ist NBI: 28 NBI Datenbank 29 NBI Datenbank Hund-enom? 30 10
11 NBI Datenbank Hund-enom 31 Zusammenfassung " DN enthält Bauanleitungen für die Zelle " Sequenzierungsmethoden produzieren kurze Reads von DN Sequenz " Längere Sequenzabschni]e werden aus Reads assembliert " Es gibt > 5000 Sequenzierungsprojekte " Sequenzdaten (DN, Proteine, RN) werden in der NBI Datenbank abgelegt und sind dort frei zugänglich 32 11
A T C G G C T A A T A T
Vorlesung*Einführung*in*die*Bioinforma4k*SoSe*2013* * Von*der*DNA*zur*Datenbank:* Sequenzierung*&*Assemblierung* * Prof.&Daniel&Huson& ZBIT Center for Bioinformatics Singapore Center on Environmental Life
MehrInhalt. Was ist Bioinformatik? Was ist Genomik? Was ist Metagenomik? Metagenomische Analyse. Was ist Bioinformatik? Warum Bioinformatik?
Metagenomik http://outdoors.webshots.com http://soils.usda.gov Daniel H. Huson www.lanl.gov Inhalt Was ist Bioinformatik? Was ist enomik? Was ist Metagenomik? Metagenomische nalyse Inhalt Was ist Bioinformatik?
MehrSequenziertechnologien
Sequenziertechnologien Folien teilweise von G. Thallinger übernommen 11 Entwicklung der Sequenziertechnologie First Generation 1977 Sanger Sequenzierung (GOLD Standard) Second Generation 2005 454 Sequencing
Mehr1. Die Gene befinden sich im Zellkern. Zellleib. 2. Chromosomen bestehen aus DNA. 4. Ein Gen ist ein DNA-Abschnitt 7. Protein-Herstellung nach Bedarf
rundlagen 1. Die ene befinden sich im Zellkern 3. lle hromosomen zusammen bilden das enom Zellleib Bakterium Pflanzenzelle menschliches enom Zellkern Muskelzelle Nervenzelle DN 2. hromosomen bestehen aus
MehrNeue DNA Sequenzierungstechnologien im Überblick
Neue DNA Sequenzierungstechnologien im Überblick Dr. Bernd Timmermann Next Generation Sequencing Core Facility Max Planck Institute for Molecular Genetics Berlin, Germany Max-Planck-Gesellschaft 80 Institute
MehrWissenschaftlich-technische Entwicklungen im Bereich der Multiplex- und High-Throughput-Diagnostik. Karl J. Lackner
Wissenschaftlich-technische Entwicklungen im Bereich der Multiplex- und High-Throughput-Diagnostik Karl J. Lackner Hochdurchsatzverfahren in der molekularen bzw. genetischen Diagnostik Next Generation-Sequenzierung
MehrAlgorithmen und Anwendungen zur Kartierung von Genomen
Algorithmen und Anwendungen zur Kartierung von Genomen Dr. Dominik Grimm Probelehrveranstaltung Wissenschaftszentrum Straubing Hochschule Weihenstephan-Triesdorf Straubing, 14. Juli 2017 14. Juli 2017
MehrÜbersicht Sequenziermethoden
DNA-Sequenzierung Übersicht Sequenziermethoden Sanger-Sequenzierung Pyrosequencing (Roche/454) Illumina/Solexa Pacific Biosciences (PacBio) Sanger-Sequenzierung Didesoxymethode, Kettenabruch- Synthese
MehrMolekularbiologische Methoden
Molekularbiologische Methoden im Lebensmittel-Labor Dr. rer. nat. Armin Pahl LADR GmbH MVZ Dr. Kramer & Kollegen 04152 803-0 www.ladr.de DNA 1866 Gregor Mendel veröffentlicht seine Versuche über Pflanzen-Hybriden,
Mehr1. Beschreiben Sie die Rolle der folgenden Proteine bei der DNA- Replikation in E. coli:
1. Beschreiben Sie die Rolle der folgenden Proteine bei der DNA- Replikation in E. coli: Übung 7 - DnaA bindet an 13 bp DNA Sequenz (DnaA Box, 5 Wiederholungen bei E. coli) im oric ori wird in AT reicher
MehrApplied Bioinformatics. maria.fischer@i-med.ac.at http://icbi.at/courses/bioinformatics_ex
Applied Bioinformatics SS 2013 maria.fischer@i-med.ac.at http://icbi.at/courses/bioinformatics_ex Organisatorisches Termine Mo 18.03.2013 RR19 9:00 Di 19.03.2013 RR19 9:00 Mi 20.03.2013 RR19 9:00 Übungsziele
MehrVon Mendel bis -Omics Geschichte und Grundlagen der Humangenetik , Walther Vogel, Institut für Humangenetik
Von Mendel bis -Omics Geschichte und Grundlagen der Humangenetik 19.04.2018, Walther Vogel, Institut für Humangenetik Erste Grundlagen ca 1850 bis 1900 Gregor Mendel (1822 1884) Erbfaktoren (Gene) dominant
MehrEinführung in die Umweltwissenschaften
Einführung in die Umweltwissenschaften Genetik und Gentechnologie (pro und contra) 16.11. 2012 WS 2011/12 H.P. Aubauer, P. Bajons, V. Schlosser Basen:? Purinbasen: Adenin DNA - Grundbausteine Guanin Phosphate
MehrPrüfung Molekulare Genetik
Prüfung Molekulare enetik SBH06 Name: Maximale Punktzahl: 40 Erreichte Punktzahl: Note: Seite 1 von 7 ufgabe 1 Wie bezeichnet man den Vorgang der Übersetzung von RN in Proteine? Translation Transformation
MehrTestmethoden der Molekularpathologie. im Vergleich
Testmethoden der Molekularpathologie im Vergleich Andreas Bösl (Feldkirch) Gerlinde Winter (Graz) Testmethoden der Molekularpathologie PCR Fragmentanalyse Gelelektrophorese, Kapillarelektrophorese Sequenzierung
MehrBioinformatik I: Grundlagen der Gentechnik
Bioinformatik I: Grundlagen der Gentechnik Dr. Maik Böhmer Institut für Biologie und Biotechnologie der Pflanzen Schlossplatz 7 Schwerpunkte: Vorlesung 1: Einführung & Enzyme der Gentechnik Vorlesung 2:
MehrVertiefendes Seminar zur Vorlesung Biochemie I
Vertiefendes Seminar zur Vorlesung Biochemie I 30.01.2015 Klausurvorbereitung: Gerhild van Echten-Deckert Rekombinante DNA Fon. +49-228-732703 Homepage: http://www.limes.uni-bonn.de Klärung einiger Begriffe:
MehrAusprägungsfach Bioinformatik im Rahmen des Bachelor-Studiengangs Informatik. CIBIV Center for Integrative Bioinformatics Vienna
Ausprägungsfach Bioinformatik im Rahmen des Bachelor-Studiengangs Informatik Center for Integrative Bioinformatics Vienna (CIBIV) Max F. Perutz Laboratories (MFPL) Vienna, Austria http://www.cibiv.at CIBIV
MehrAbbildungs- und Tabellenverzeichnis Abkürzungsverzeichnis Genbezeichnung. 1. Einleitung 1
Abbildungs- und Tabellenverzeichnis Abkürzungsverzeichnis Genbezeichnung VI VIII X 1. Einleitung 1 1.1 Das Plastom 1 1.2 Transkription in Chloroplasten 4 1.2.1 Die plastidäre Transkriptionsmaschinerie
MehrAntibiotika sind oft Inhibitoren der Genexpression
Antibiotika sind oft Inhibitoren der Genexpression Inhibitoren der Transkription: Rifampicin, Actinomycin α-amanitin Inhibitoren der Translation: Puromycin, Streptomycin, Tetracycline, Chloramphenicol
MehrGenomsequenzierung für Anfänger
Genomsequenzierung für Anfänger Philipp Pagel 8. November 2005 1 DNA Sequenzierung Heute wird DNA üblicherweise mit der sogenannten Sanger (oder chain-terminationoder Didesoxy-) Methode sequenziert dessen
MehrEinblicke in das menschliche Erbgut (Genom) am Computer
Einblicke in das menschliche Erbgut (Genom) am Computer Prof. Dr. Antje Krause FH Bingen 06721 / 409 253 akrause@fh-bingen.de Binger Nacht der Wissenschaft - 16.04.2010 Das menschliche Genom ist entschlüsselt
MehrDas Prinzip der DNA-Sequenzierung Best.- Nr. 201.3055
Das Prinzip der DNA-Sequenzierung Best.- Nr. 201.3055 Allgemeine Informationen Prinzip der DNA-Sequenzierung Ziel dieses Versuchs ist einen genauen Überblick über die Verfahrensweise der DNA- Sequenzierung
MehrDNA: Aufbau, Struktur und Replikation
DNA: Aufbau, Struktur und Replikation Biochemie Die DNA als Träger der Erbinformation Im Genom sind sämtliche Informationen in Form von DNA gespeichert. Die Information des Genoms ist statisch, d. h. in
MehrHumane Genotyp-Phänotyp-Datenbanken: Ein Statusbericht
Workshop: Datenbank genomischer Varianten für die klinische Anwendung und die medizinische Forschung Essen 19. März 2014 Humane Genotyp-Phänotyp-Datenbanken: Ein Statusbericht Thomas Bettecken Max-Planck-Institut
MehrVererbung. Die durch Fortpflanzung entstandene Nachkommenschaft gleicht den Elternorganismen weitgehend
Vererbung Die durch Fortpflanzung entstandene Nachkommenschaft gleicht den Elternorganismen weitgehend Klassische Genetik Äußeres Erscheinungsbild: Phänotypus setzt sich aus einer Reihe von Merkmalen (Phänen))
MehrWas ist der Promotor? Antwort: Eine spezielle Nucleotidsequenz auf der DNA, an der die RNA-Polymerase bindet um die Transkription zu starten.
Was ist der Promotor? Antwort: Eine spezielle Nucleotidsequenz auf der DNA, an der die RNA-Polymerase bindet um die Transkription zu starten. Wie bezeichnet man den Strang der DNA- Doppelhelix, der die
MehrBioinformatik: The Next Generation
Bioinformatik: The Next Generation Prof. Dr. Caroline Friedel Lehr- und Forschungseinheit Bioinformatik Was ist Bioinformatik? Theoretische und Praktische Informatik Statistik, Mathematik Molekularbiologie,
Mehr2.1 Die Entstehung des Gehirns aus neuralen Stammzellen Transkriptionsfaktoren in der Gehirnentwicklung...16
Inhaltsverzeichnis Danksagung...3 Inhaltsverzeichnis...5 Abkürzungverzeichnis...1 1 Zielsetzung...4 2 Einleitung...6 2.1 Die Entstehung des Gehirns aus neuralen Stammzellen...6 2.2 Radiale Gliazellen...9
MehrGenetik Praktikumsklausur SS2005
Genetik Praktikumsklausur SS2005 1. Aufgabe: Der Genotyp AbaB wird geselbstet, dabei werden 256 Nachkommen gebildet. Davon erhalten 16 Pflanzen den Genotyp ABAB a) gekoppelt b) nicht gekoppelt c) teilweise
MehrBioinformatik: The Next Generation
Bioinformatik: The Next Generation Prof. Dr. Caroline Friedel Lehr- und Forschungseinheit Bioinformatik Was ist Bioinformatik? Prof. Dr. Caroline Friedel, Tag der offenen Tür der LMU 2 Was ist Bioinformatik?
MehrV4 Analyse von Genomsequenzen
V4 nalyse von enomsequenzen - ene identifizieren Intrinsische und Extrinsische Verfahren: Homologie bzw. Hidden Markov Modelle - ranskriptionsfaktorbindestellen identifizieren Position Specific Scoring
MehrAufgabe 1. Bakterien als Untersuchungsgegenstand!
Genetik I Aufgabe 1. Bakterien als Untersuchungsgegenstand 1. Beschriften Sie die Abbildung zu den Bakterien. 2. Nennen Sie Vorteile, die Bakterien wie Escherichia coli so wertvoll für die genetische Forschung
MehrCenter for Biotechnology, Bielefeld
Andreas Albersmeier CeBiTec Bielefeld 3. Life Science Conference Analytik Jena Jena 14.05.2014 Center for Biotechnology, Bielefeld sketchup.google.com Genomik Transkriptomik Proteomics Metabolomics Genom
MehrIndividuelle Genomsequenzen Aussichten für die Tierzucht
Individuelle Genomsequenzen Aussichten für die Tierzucht Ruedi Fries WZW / Lehrstuhl für Tierzucht Agrarw. Symposium - 1 Auswirkungen der Genomischen Revolution auf die Tierzucht (und Pflanzenzucht) Agrarw.
MehrGentechnologie fur Einsteiger
T. A. Brown Gentechnologie fur Einsteiger 6. Auflage ubersetzt von Sebastian Grundprinzipien der Klonierung und 1 1 Klonierung und DNA-Analyse so wichtig? 3 Friihe Entwicklungen in der Genetik 4 1.2 Die
MehrSynthetische Biologie
Synthetische Biologie Segen oder Fluch? http://www.kwick.de Science Bridge - SG 19.11.2010 1 Gliederung 2 Was ist Synthetische Biologie? Fortschritt und Potential der synthetischen Biologie Ethische Aspekte
MehrV4 Analyse von Genomsequenzen
V4 nalyse von enomsequenzen - ene identifizieren Intrinsische und Extrinsische Verfahren: Homologie bzw. Hidden Markov Modelle - ranskriptionsfaktorbindestellen identifizieren Position Specific Scoring
Mehroqtans: Oqtans: Reproduzierbare, quantitative Transkriptom- Auswertung, auch in der Cloud Sebastian J. Schultheiss sjs@computomics.
oqtans: Oqtans: Reproduzierbare, quantitative Transkriptom- Auswertung, auch in der Cloud Sebastian J. Schultheiss sjs@computomics.com Computomics GmbH & Co. KG und Friedrich Miescher Laboratory of the
MehrGlossar. Agarose Das weiße Pulver, das aus Meeresalgen gewonnen wird. Nach der Zugabe
Glossar Agarose Das weiße Pulver, das aus Meeresalgen gewonnen wird. Nach der Zugabe von Wasser (bzw. Puffer) lässt sich das Agarose-Pulver in einer Mikrowelle lösen. Durch Erhitzen entsteht eine transparente,
MehrEvolution. Genetik für Bioformatiker # 1. Peter N. Robinson. Institut für Medizinische Genetik und Humangenetik Charité Universitätsmedizin Berlin
Evolution enetik für Bioformatiker # 1 Peter N. Robinson Institut für Medizinische enetik und Humangenetik harité niversitätsmedizin Berlin 16. Oktober 2014 Peter N. Robinson (harité) Evolution 16. Oktober
MehrÜbung 9. a) In welchem Teil eines Operons führen Mutationen zur Veränderungen der produzierten Menge eines Enzyms?
Bitte schreiben Sie Ihre Antworten direkt auf das Übungsblatt. Falls Sie mehr Platz brauchen verweisen Sie auf Zusatzblätter. Vergessen Sie Ihren Namen nicht! Abgabe der Übung bis spätestens 19. 05. 08-16:30
MehrBiochemisches Grundpraktikum
Biochemisches Grundpraktikum Dr. Ellen Hornung; Email: ehornun@gwdg.de; Tel: 39-5748 Einteilung der Praktikumsplätze: Eintragen in Listen am - Dienstag, 10.11.2009, von 12:00 13:00 - Freitag, 13.11.2009,
MehrIn den Proteinen der Lebewesen treten in der Regel 20 verschiedene Aminosäuren auf. Deren Reihenfolge muss in der Nucleotidsequenz der mrna und damit
In den Proteinen der Lebewesen treten in der Regel 20 verschiedene Aminosäuren auf. Deren Reihenfolge muss in der Nucleotidsequenz der mrna und damit in der Nucleotidsequenz der DNA verschlüsselt (codiert)
MehrTanja Zeller. Universitäres Herzzentrum Hamburg. Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf
Tanja Zeller Universitäres Herzzentrum Hamburg Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf Genomik und System Biologie Kardiovaskuläre Forschung Genomik und Systems Biologie Biomarker Discovery Genetische Epidemiologie
MehrGrundlagen der Zellulären Biochemie
Grundlagen der Zellulären Biochemie Replikation, Sequenzierung und PCR Vorlesung zum Modul BCB P07 im Bachelor-Studiengang Biochemie Hannover Prof. J. Alves, Institut für Biophysikalische Chemie, MHH http://www.mh-hannover.de/bpc_grundzellbc.html
MehrIdentifikation einer neuen WRKY-Transkriptionsfaktorbindungsstelle. in bioinformatisch identifizierten,
Identifikation einer neuen WRKY-Transkriptionsfaktorbindungsstelle in bioinformatisch identifizierten, Pathogen-responsiven c/s-elementen aus Arabidopsis thaliana Von der Fakultät für Lebenswissenschaften
MehrGentechnologie für Einsteiger
T. A. Brown Gentechnologie für Einsteiger 3. Auflage Aus dem Englischen übersetzt von Sebastian Vogel Spektrum Akademischer Verlag Heidelberg Berlin Vorwort Vorwort zur dritten englischen Auflage Vorwort
MehrMasterarbeit. Variantentolerantes Readmapping durch Locality Sensitive Hashing. Jens Quedenfeld November Gutachter: Sven Rahmann Dominik Köppl
Masterarbeit Variantentolerantes Readmapping durch Locality Sensitive Hashing Jens Quedenfeld November 2015 Gutachter: Sven Rahmann Dominik Köppl Technische Universität Dortmund Fakultät für Informatik
MehrInhalt Genexpression Microarrays E-Northern
Inhalt Genexpression Microarrays E-Northern Genexpression Übersicht Definition Proteinbiosynthese Ablauf Transkription Translation Transport Expressionskontrolle Genexpression: Definition Realisierung
MehrHochdurchsatz Generierung und Analyse von Arabidopsis thaliana-proteinen
MAX-PLANCK-INSTITUT FÜR MOLEKULARE GENETIK Hochdurchsatz Generierung und Analyse von Arabidopsis thaliana-proteinen Dissertation zur Erlangung der Doktorwürde des Fachbereichs Biologie, Chemie, Pharmazie
MehrBioinformatik an der FH Bingen
Bioinformatik an der FH Bingen Prof. Dr. Antje Krause 05.11.2010 Wie alles begann... 1955 erste Proteinsequenz (nach 12 Jahren Arbeit) veröffentlicht (Insulin vom Rind) Frederick Sanger MALWTRLRPLLALLALWPPPPA
MehrVORTRÄGE N447. Nordrhein-Westfälische Akademie der Wissenschaften WALTER SCHAFFNER OTTO SPANIOL. Wie werden unsere Gene ein- und ausgeschaltet?
Nordrhein-Westfälische Akademie der Wissenschaften VORTRÄGE N447 WALTER SCHAFFNER Wie werden unsere Gene ein- und ausgeschaltet? OTTO SPANIOL Mobilfunk und Sicherheit - (Wie) Passt das zusammen? Westdeutscher
MehrUNIVERSITÄTSKLINIKUM Schleswig-Holstein. Sequenzierung. Norbert Arnold. Dept. Gynecology and Obstetrics Oncology Laboratory
Sequenzierung Norbert Arnold Neue Sequenziertechnologien (seit 2005) Next Generation Sequenzierung (NGS, Erste Generation) Unterschiedliche Plattformen mit unterschiedlichen Strategien Roche 454 (basierend
MehrSolid-State Nanopores. Vortrag von Ann-Kathrin Wagner am 15. Juli 2013
Solid-State Nanopores Vortrag von Ann-Kathrin Wagner am 15. Juli 2013 Gliederung 1. Motivation 2. Biologische Poren 3. Herstellung von Festkörper-Poren 4. Experiment 5. Kraftspektroskopie 6. Ausblick 7.
MehrEntwicklungs /gewebespezifische Genexpression. Coexpression funktional überlappender Gene
Übung 11 Genregulation bei Prokaryoten Konzepte: Entwicklungs /gewebespezifische Genexpression Coexpression funktional überlappender Gene Positive Genregulation Negative Genregulation cis /trans Regulation
MehrKapitel 5: Protein-Datendanken
Kapitel 5: Protein-Datendanken Vom Gen zum Protein n Motivation und historische Entwicklung n Proteomics Datengewinnung PEDRo-Projekt n Protein-Datenbanken Anforderungen Sequenz-Datenbanken Domain/Familien-Datenbanken
MehrExercises to Introduction to Bioinformatics Assignment 5: Protein interaction networks. Samira Jaeger
Exercises to Introduction to Bioinformatics Assignment 5: Protein interaction networks Samira Jaeger Aufgabe 1 Netzwerkzentralität (6P) In der Vorlesung haben Degree Centrality besprochen. Finde drei weitere
MehrBiologie I/B: Klassische und molekulare Genetik, molekulare Grundlagen der Entwicklung Theoretische Übungen SS 2016
Biologie I/B: Klassische und molekulare Genetik, molekulare Grundlagen der Entwicklung Theoretische Übungen SS 2016 Fragen für die Übungsstunde 2 (06.06. 10.06.) DNA-Schäden, Mutationen und Reparatur 1.
MehrInhaltsverzeichnis. 1 Was bitte ist denn»molekularbiologie«? Einige grundlegende Methoden... 13
Inhaltsverzeichnis 1 Was bitte ist denn»molekularbiologie«?............... 1 1.1 Das Substrat der Molekularbiologie, oder: Molli-World für Anfänger...... 2 1.2 Was brauche ich zum Arbeiten?....................
MehrV4 Analyse von Genomsequenzen
V4 nalyse von enomsequenzen - ene identifizieren Intrinsische und Extrinsische Verfahren: Homologie bzw. Hidden Markov Modelle - ranskriptionsfaktorbindestellen identifizieren Position Specific Scoring
MehrRestriktion und Gentechnik
Restriktion und Gentechnik Einteilung 1.) Restriktion - Restriktionsenzyme - Southern Blotting 2.)Gentechnik - sticky ends - blunt ends Restriktion Grundwerkzeuge der Gentechnik - Restriktionsenzymanalyse
Mehr9.) Wie heißen die kurzen RNA-Moleküle, mit deren Hilfe die Polymerase die Replikation der DNA starten kann? a) Starter b) Primer c) Beginner
Lernkontrolle M o d u l 1 A w i e... A n k r e u z e n! 1.) Wie viele Chromosomen besitzt eine menschliche Körperzelle? a) 23 b) 46 c) 44 2.) In welchem Zellorganell befindet sich die DNA? a) Zellkern
MehrPersonalisierte Medizin
Personalisierte Medizin Einblicke in das menschliche Genom aus Sicht der Bioinformatik Prof. Dr. Antje Krause FH Bingen a.krause@fh-bingen.de Kurzer Ausflug in die Genetik DNA (Desoxyribonukleinsäure)
Mehr2.2. Peptide. Peptide entstehen durch Kondensation der a-carboxylgruppe einer Aminosäure mit der a-aminogruppe einer anderen Aminosäure
2.2. Peptide Peptide entstehen durch Kondensation der a-carboxylgruppe einer Aminosäure mit der a-aminogruppe einer anderen Aminosäure Peptid: bis zu ~30 linear über Peptidbindung verknüpfte Aminosäuren
MehrGentechnische Methoden
Desmond S. T. Nicholl Gentechnische Methoden 2. Auflage Aus dem Englischen übersetzt von Renate FitzRoy und Kurt Beginnen Spektrum Akademischer Verlag Heidelberg Berlin Inhalt Vorwort XI 1. 1.1 1.2 1.3
Mehrhttps://cuvillier.de/de/shop/publications/2978
Andreas Christmann (Autor) Zur bakteriellen Oberflächenpräsentation kombinatorischer Peptidbibliotheken und deren Anwendung auf Fragestellungen der Immunologie, Molekularbiologie und der Molekualren Medizin
MehrBioinformatik. Zeichenketten und Stringalgorithmen. Ulf Leser Wissensmanagement in der. Bioinformatik
Bioinformatik Zeichenketten und Stringalgorithmen Ulf Leser Wissensmanagement in der Bioinformatik Inhalt dieser Vorlesung Warum Stringmatching? Strings und Matching Naiver Algorithmus Ulf Leser: Bioinformatik,
MehrAlgorithmische Bioinformatik
Algorithmische Bioinformatik Biologische Daten als Strings Ulf Leser Wissensmanagement in der Bioinformatik Ziele für heute Wert von Reduktionismus: Genome als Strings Reinschmecken in Stringmatching Erster
MehrDas internationale Human-Genom Projekt. Stand Ergebnisse Perspektiven
Das internationale Human-Genom Projekt Stand Ergebnisse Perspektiven 2003 1953 April, 25 th, 1953 Watson, J.D., and F.H.C.Crick. 1953. Molecular Structure of Nucleic Acids: A Structure for Deoxynucleic
MehrSeminar Biomedical Informatics
Martin Dugas und Xiaoyi Jiang Institut für Informatik Sommersemester 2017 Organisation Vorlage: Englischsprachige Publikation Vortrag: ca. 30min + 15min Diskussion, Hand-out, Blockseminar Anfang Juni Seminararbeit:
MehrBioinformatik. Zeichenketten und Stringalgorithmen. Ulf Leser Wissensmanagement in der. Bioinformatik
Bioinformatik Zeichenketten und Stringalgorithmen Ulf Leser Wissensmanagement in der Bioinformatik Inhalt dieser Vorlesung Warum Stringmatching? Strings und Matching Naiver Algorithmus Ulf Leser: Bioinformatik
MehrDarwins Erben - Phylogenie und Bäume
Vorlesung Einführung in die Bioinforma4k SoSe2011 Darwins Erben - Phylogenie und Bäume Prof. Daniel Huson ZBIT Center for Bioinformatics Center for Bioinformatics Charles Darwin und Bäume Darwin's Notizbuch
Mehr1. Nennt Informationen, die ein Wissenschaftler für die Durchführung des farbig markierten Schrittes benötigt. 2. Nennt zusätzliche Probleme die bei
Wir erinnern uns 1. Nennt Informationen, die ein Wissenschaftler für die Durchführung des farbig markierten Schrittes benötigt. 2. Nennt zusätzliche Probleme die bei der Verwendung eines Gens aus einer
MehrGenetik - The Human Genome Project. Überblick über die Genetik. Die gesamte Erbinformation eines Menschen befindet sich in jedem Zellkern
Genetik - The Human Genome Project Überblick über die Genetik Die gesamte Erbinformation eines Menschen befindet sich in jedem Zellkern seines Körpers. 1 2 Im Organismus müsssen nun ständig Enzyme u. a.
MehrDatenhaltung und verwaltung am IPK. Steffen Flemming
Datenhaltung und verwaltung am IPK Steffen Flemming 15.10.2012 Seite 2 Inhalt Meine Person Institut Status LIMS e!dal DataCite Seite 3 Über mich Dipl. Ing. Informatik (FH) Vertiefung DB GBIS Mitentwickler
MehrInhaltsverzeichnis. Polymerase Chain Reaction Theoretischer Hintergrund - 2 -
Inhaltsverzeichnis 1 Theoretischer Hintergrund - 2-1.1 Die Komponenten der PCR - 2-1.2 Das Verfahren der PCR - 3-1.3 Die Gelelektrophorese - 5-2 Material und Methoden - 6-3 Ergebnisse - 7-3.1 Ergebnisse
MehrModell für rezessive Epistasie
Modell für rezessive Epistasie Selbsten Beide Enzyme aktiv Figure 6-19 Enzym 2 defekt Enzym 1 defekt Kein Substrat Block am ersten Enzym Aufspaltung der F2 in 9:4:3 Suppression Beispiel Hefe a ts Stirbt
MehrErbgutanalyse mit wachsendem Automatisierungsgrad
Powered by Seiten-Adresse: https://www.gesundheitsindustriebw.de/de/fachbeitrag/aktuell/erbgutanalyse-mitwachsendem-automatisierungsgrad/ Erbgutanalyse mit wachsendem Automatisierungsgrad Mit einer eigens
MehrVom Gen zum Naturstoff!
Pierre Stallforth // HKI Jena Vom Gen zum Naturstoff Sequenzierung: Wie erhalte ich genomische Informationen eines Organismus Genetische Knockouts, (CRISPR-Cas9) Veränderung: Bioinformatik: Datenbanken,
MehrDie doppelsträngige Helix wird zunächst aufgetrennt. Enzym: Helicase (ATP-abhängig)
Die doppelsträngige Helix wird zunächst aufgetrennt. Enzym: Helicase (ATP-abhängig) Die doppelsträngige Helix wird zunächst aufgetrennt. Enzym: Helicase (ATP-abhängig) Jetzt liegen diese Stränge einzeln
MehrEntwicklungs /gewebespezifische Genexpression
Übung 11 Genregulation bei Prokaryoten Konzepte: Entwicklungs /gewebespezifische Genexpression Positive Genregulation Negative Genregulation cis /trans Regulation 1. Auf welchen Ebenen kann Genregulation
MehrWährend der Synthese synthetisiert die Polymerase den neuen Strang in 5 3 Richtung und bewegt sich in 3 5 -Richtung am Matrizenstrang entlang:
4.4 Replikation und PCR Ablauf der Replikation in vivo: Die Replikation wird von einer DNA-abhängigen DNA- Polymerase katalysiert. Jede DNA-Polymerase synthetisiert den neuen Strang in 5 3 Richtung, hierzu
MehrÜbung 11 Genregulation bei Prokaryoten
Übung 11 Genregulation bei Prokaryoten Konzepte: Differentielle Genexpression Positive Genregulation Negative Genregulation cis-/trans-regulation 1. Auf welchen Ebenen kann Genregulation stattfinden? Definition
MehrPython im Bioinformatiker-Alltag
Python im Bioinformatiker-Alltag Marcel Martin Bioinformatik für Hochdurchsatztechnologien, TU Dortmund 6. Oktober 2011 1 von 27 Worum gehts? Bioinformatik Löst Probleme in Biologie oder Medizin Teilbereich
Mehrkam zum Prozess vor einem Gericht in Los Angeles, Kalifornien. Chaplin erwirkte einen Bluttest, um anhand der Blutgruppen zu zeigen, dass er nicht
kam zum Prozess vor einem Gericht in Los Angeles, Kalifornien. Chaplin erwirkte einen Bluttest, um anhand der Blutgruppen zu zeigen, dass er nicht der Vater war. Er kannte die Blutgruppe des Kindes nicht,
MehrAF. Bioinformatik im Bachelor-Studiengang Informatik. CIBIV Center for Integrative Bioinformatics Vienna. Bioinformatik eine Definition
AF. Bioinformatik im Bachelor-Studiengang Informatik Center for Integrative Bioinformatics Vienna (CIBIV) Max F. Perutz Laboratories (MFPL) Vienna, Austria http://www.cibiv.at April 11, 2011 CIBIV Center
MehrGentechnik/Gentechnologie
Gentechnik/Gentechnologie Bei zelltechnischen Verfahren werden Gene wenn überhaupt, dann nur im Gesamtverband, also als ganzes Genom verschoben oder kombiniert. Bei Gentechnologischen Verfahren wird in
MehrNennen Sie die unterschiedlichen rrnas der A.) prokaryotischen und B.) eukaryotischen Ribosomen.
Averhoff, 9 Fragen, 39 Punkte Frage 1 Erläutern Sie kurz die Bezeichnungen 5-Ende und 3-Ende der RNA. 2 Punkte Frage 2 7 Punkte Nennen Sie die unterschiedlichen rrnas der A.) prokaryotischen und B.) eukaryotischen
MehrDas Mikrobiom in Gynäkologie, Geburtshilfe und Reproduktionsmedizin. Wilfried Feichtinger
Das Mikrobiom in Gynäkologie, Geburtshilfe und Reproduktionsmedizin Wilfried Feichtinger Mikrobiom Das Mikrobiom bezeichnet im weiteren Sinne die Gesamtheit aller den Menschen oder andere Lebewesen (z.
MehrMaike van Ohlen (Autor) Pieris rapae und das Glucosinolat-Myrosinase-System Cyanidentgiftung in Lepidoptera
Maike van Ohlen (Autor) Pieris rapae und das Glucosinolat-Myrosinase-System Cyanidentgiftung in Lepidoptera https://cuvillier.de/de/shop/publications/6781 Copyright: Cuvillier Verlag, Inhaberin Annette
MehrAGES-Webribo. Systematik in Clostridium difficile PCR-Ribotyping. Alexander Indra
AGES-Webribo Systematik in Clostridium difficile PCR-Ribotyping Alexander Indra AGES-Institut für medizinische Mikrobiologie und Hygiene Wien Nationale Referenzzentrale für Clostridium difficile Clostridium
MehrRekombinante Antikorper. fur,,lab-on-chip"
Rekombinante Antikorper fur,,lab-on-chip" Von der Fakultat fur Lebenswissenschaften der Technischen Universitat Carolo-Wilhelmina zu Braunschweig zur Erlangung des Grades einer Doktorin der Naturwissenschaften
MehrSoftwarewerkzeuge der. Bioinformatik
Bioinformatik Wintersemester 2006/2007 Tutorial 1: Biologische Datenbanken SRS Tutorial 1: Datenbanken 1/22 Sequenzquellen DNA- Sequenzierung Protein- Sequenzierung Translation Proteinsequenzen Tutorial
MehrAbbildungsverzeichnis. Tabellenverzeichnis. Abkürzungsverzeichnis. 1 Einleitung 1
Inhaltsverzeichnis Inhaltsverzeichnis I Abbildungsverzeichnis VI Tabellenverzeichnis VIII Abkürzungsverzeichnis IX 1 Einleitung 1 1.1 Wasser, ein limitierender Faktor für die Landwirtschaft 1 1.2 Anpassungen
MehrDNA-Replikation. Konrad Beyreuther. Stefan Kins
DNA-Replikation Konrad Beyreuther Stefan Kins DNA-Replikation Originalgetreue Verdopplung des genetischen Materials als Voraussetzung für die kontinuierliche Weitergabe der in der DNA verschlüsselten Information
MehrRegulation der Expression, Funktion und Internalisierung von muscarinischen Acetylcholinrezeptoren
00G Regulation der Expression, Funktion und Internalisierung von muscarinischen Acetylcholinrezeptoren INAUGURAL-DISSERTATION zur Erlangung der Doktorwürde im Fachbereich Pharmazie der Freien Universität
Mehr