Fragen zu den Seminarthemen

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1 Fragen zu den Seminarthemen A: Wolfgang Schumann L.M. Gumbiner-Russo et al. (2001) The TGV transgenic vectors for single-copy gene expression from the Escherichia coli chromosome Gene 273: Was versteht man unter einer mock Transformation? 2. Was versteht man unter der Reversion einer Punkt-Mutation? B. Härtl et al. (2001) Development of a new integration site within the Bacillus subtilis chromosome and construction of compatible expression cassettes J. Bacteriol. 183: Auf welchem Prinzip beruht die Integration eines gewünschten Gens in ein chromosomales? 2. Was versteht man unter ektopischer Integration? N. Hasan (1995) Construction of lacits and laci q ts expression plasmids and evaluation of the thermosensitive lac repressor Gene 163: Auf welchem Konzept beruhen ts-mutationen? 2. Aus wieviel Untereinheiten besteht die aktive Form des LacI-Repressors? L.M. Guzman et al. (1995) Tight regulation, modulation, and high-level expression by vectors containing the arabinose P BAD promoter. J. Bacteriol. 177: Was versteht man unter einem depletion assay? 2. Warum liegen high-copy-number Plasmide vom ColE1-Typ in einer E. coli pcnb-mutante in geringer Kopienzahl vor? H.D. Nguyen and W. Schumann (2006) Establishment of an experimental system allowing immobilization of proteins on the surface of Bacillus subtilis cells J. Biotechnol. 122: Was ist die Funktion der Sortasen? 2. Wie kann man ein Protein auf der Zelloberfläche mittels Immunfluoreszenz nachweisen?

2 M. Kaltwasser et al. (2002) Construction and application of epitopeand green fluorescent protein-tagging integration vectors for Bacillus subtilis. Appl. Environ. Microbiol. 68: Was versteht man unter einem Epitop-Tag? 2. Welchen Vorteil bietet die Fusion eines Epitop-Tags an ein Protein? Chong et al. (1997) Single-column purification of free recombinant proteins using a self-cleavable affinity tag derived from a protein splicing element Gene 192: Was versteht man unter Protein-Splicing? 2. Wie kann man Protein-Splicing bei der Produktion von rekombinanten Proteinen einsetzen? C.F. Schierle et al. (2003) The DsbA signal sequence directs efficient, cotranslational export of passenger proteins to the Escherichia coli periplasm via the signal recognition particle pathway. J. Bacteriol. 185: Welche drei Mechanismen der Translokation von Proteinen durch die cytoplasmatische Membran von Bakterienzellen sind bekannt? 2. In welcher Form werden zu translozierende Polypeptide durch diese drei Mechanismen sekretiert? R.B. Kapust and D.S. Waugh (1999) Escherichia coli maltose-binding protein is uncommonly effective at promoting the solubility of polypeptides to which is fused Protein Science 8: In welchem Kompartiment findet man MBP? Was ist seine Funktion? 2. Was versteht man unter einem Reinigungs-Tag? T.A. Carrier and J.D. Keasling (1999) Library of synthetic 5' secondary structures to manipulate mrna stability in Escherichia coli Biotechnol. Prog. 15: Wie kann eine 5'-Sekundärstruktur einer mrna ihre Stabilität beeinflussen? 2. Wie kann man den Einfluss einer 5'-Sekundärstruktur auf die Stabilität einer mrna nachweisen?

3 C.B. Glascok and M.J. Weickert (1998) Using chromosomal laci Q1 to control expression of genes on high-copy number plasmids in Escherichia coli. Gene 223: Was versteht man unter einer Promotor-up Mutation? 2. Der lac-promotor kann mit IPTG oder Allolactose induziert werden. Welche Vorteile bietet IPTG? K. Nishihara et al. (1998) Chaperone coexpression plasmids: Differential and synergistic roles of DnaK-DnaJ-GrpE and GroES-GroEL in assisting folding of an allergen of Japanese cder pollem, Cryj2, in Escherichia coli Appl. Environ. Microbiol. 64: Welche beiden wichtigen Proteinklassen stehen unter der Kontrolle von 32? 2. Wie kann man lösliche von unlöslichen (aggregierten) Proteinen trennen? ATT Le (2007) A novel cold-inducible expression system for Bacillus subtilis Protein Expr. Purif. 53: Was versteht man unter inclusion bodies? 2. Was versteht man unter einem Zwei-Komponenten System bei Bakterien? Wie funktioniert es?

4 B. Stefan Heidmann The Two-Hybrid-System in yeast (Durfee et al., 1993) a) Wozu dient das Two-Hybrid-System in der Hefe und wie funktioniert es? [What is the purpose of the two hybrid system in yeast and how does it work?] b) Wie sind die Vektoren aufgebaut, die im Two-Hybrid-System Anwendung finden (Skizze)? [How do the vectors look like that are used in the two hybrid system (schematical drawing)?] Microarrays (DeRisi et al., 1997) a) Welche zwei Methoden kennen Sie, mit denen DNA-Microarrays erzeugt werden? Beschreiben Sie die Unterschiede. [Name two methods how to generate microarrays. Describe the differences!] b) Wie wird vorgegangen, um mit Hilfe von Mikroarrays Unterschiede im Expressionsprofil zweier Gewebe oder Zustände von Zellen/Geweben zu vergleichen? [How are microarrays used to examine differences in the expression profile of different tissues or states of tissues/cells?] The green fluorescent protein (Hagting et al., 1998) a) Beschreiben Sie die Eigenschaften des grün fluoreszierenden Proteins (GFP). [What are the properties of the green fluorescent protein (GFP)?] b) Worin liegen die Vorteile in der Verwendung von GFP gegenüber anderen Markierungstechniken? [What are the advantages of using GFP when compared with other labelling techniques?] Inhibition of gene function by double stranded RNA (RNAi) (Fire et al., 1998) a) Was versteht man unter RNAi? [What is RNAi?] b) Über welchen Mechanismus wird mrna-abbau durch doppelsträngige RNA induziert? [What is the mechanism of mrna downregulation by double stranded RNA?] Generation of knockout mice (Blasco et al., 1997) a) Wie werden Knockout-Mäuse erzeugt? Beschreiben Sie stichwortartig das Vorgehen. [How are knockout mice generated? Describe the procedure in brief statements] b) Welche Aufgabe hat die Telomerase? [What is the function of telomerase?]

5 Drosophila: Generation of transgenic flies using P-elements (Spradling und Rubin, 1982) a) Wie werden transgene Drosophila-Stämme mit Hilfe von P-Elementen erzeugt? Beschreiben Sie die Methode. [How are transgenic flies generated using P-elements? Describe the method] b) Was sind Polytänchromosomen und wie können sie beim Kartieren von Transgen-Insertionen benützt werden? [What are polytene chromosomes and how are they used for mapping of transgene insertions?] Treating neurological diseases using RNAi (Kumar et al., 2007) a) Was versteht man unter der Blut-Hirn-Schranke? [What is the blood-brain barrier?] b) Wie konnte bei Kumar et al (2007) die Blut-Hirn-Schranke überwunden werden, um doppelsträngige RNA ins Gehirn einzubringen? [By which method was dsrna delivered across the blood-brain barrier in the article by Kumar et al (2007)?] Role of micro-rnas in the p53 tumour suppressor network (He et al., 2007) a) Was sind micro-rnas? [What are micro-rnas?] b) Was sind die Konsequenzen der Aktivierung von p53?. [What are the consequences of p53 activation?]