Die Masse machts!?! Hedda L. Verhasselt. PEG Frühjahrstagung der Sektion Antimykotische Therapie Bonn, März 2018
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- Cathrin Koch
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1 Die Masse machts!?! Hedda L. Verhasselt PEG Frühjahrstagung der Sektion Antimykotische Therapie Bonn, März 2018
2 Isolat Extraktion Gerät und Datenbank Folie Autor
3 Hefen: Vergleich der Extraktionsmethoden Korrekte ID LogScore bei korrekter ID korrekte ID LogScore 2 n=103 E1: intact/whole cell MALDI E2: Ameisensäure E3: komplette Extraktion (Ethanol, Ameisensäure, Acetonitril) E4: modifizierte E3 Folie Autor 5 min 5 min Med Mycol May;51(4):371-7.
4 Proteinextraktion Schimmelpilze VITEK MS MOULD KIT Folie Autor Enferm Infecc Microbiol Clin May;35(5):
5 Datenbankeinträge laut Hersteller V Vitek MS V Folie Autor Cassagne, Mycoses, 2016, 59,
6 Entwicklung der Datenbankeinträge laut Hersteller V Vitek MS V Dimorphe Pilze 0 4 Folie Autor Cassagne, Mycoses, 2016, 59,
7 Multicenter-Studie 1,519 Isolate: 26 Genera und 51 Spezies Vitek MS v3.0 und Vitek MS mold reagent kit Keine in-house Datenbank nur in der Datenbank enthaltene Spezies wurden untersucht 91% korrekte Spezies-ID, 2% korrekte Genus-ID 15 Isolate wurden falsch identifiziert, aber richtiges Genus Folie Autor J Clin Microbiol Jan 24;56(2).
8 Insg. 91 Isolate (6%) Folie Autor J Clin Microbiol Jan 24;56(2).
9 Folie Autor J Clin Microbiol Jan 24;56(2).
10 Zusätzliche 82 Isolate wurden getestet, die nicht in der Datenbank waren Keine ID bei n=60 Inkorrekte ID bei n=22 Folie Autor J Clin Microbiol Jan 24;56(2).
11 Single center-studie 319 Isolate, 43 Genera Vorgehensweise: Vitek MS v3.0 und SpectraIdentifier R2.1.0 (1) Keine ID Vergleich mit SARAMIS v4.12 (1+2) Extraktion laut Hersteller Keine in-house Datenbank Auch nicht in der Datenbank enthaltene Spezies wurden untersucht (1) 213 (66.8%) korrekte ID (1+2) zusätzliche 32 Isolate wurden identifiziert 245 (76.8%) korrekte IDs Folie Autor J Clin Microbiol Aug;54(8):
12 103 ohne ID davon konnte SARAMIS 32 identifizieren Von den übrigen 71 ohne ID waren nur 2 Isolate (A. fumigatus, R. microsporus) in der Datenbank enthalten 3 Misidentifizierungen Profit: Cladosporium, Curvularia, Scopulariopsis Folie Autor J Clin Microbiol Aug;54(8):
13 Online-Tool: Pilzdatenbank und Software Webseite und Software, die eine Pilzdatenbank mit 938 Spezies und 246 Genera scannen Folie Autor J Clin Microbiol Sep;55(9):
14 Zusammenstellung einer offenen Liste Informationen zu Speziesnamen, Asservat sowie Angaben zur Validität der Isolat- Benennung (z.b. molekularbiologische Identifizierung) und zu den technischen Details des Eintrages (Gerät, Kultivierung, Präparation etc.). Überblick über bereits vorhandene Datenbankeinträge Kontaktförderung zum Ersteller/Besitzer des Datenbankeintrages KEINE Datenbankeinträge zum freien Download hinterlegt Folie Autor
15 Evaluation eines Online-Tools IHEM/MRS=belgisch/französische Pilz-Sammlung MSI= Online ID Software MBT= MALDI Biotyper Hoher Schwierigkeitsgrad aufgrund hoher Speziesdiversität und Unterrepräsentation relativ einfach zu identifizierender Stämme (A.fumigatus, A. flavus und A. terreus) Zeitbedarf: 5 sec pro Spektrum Bruker-MBT (604 Referenzen) 27 sec pro Spektrum IHEM/MRS-MBT (5,676 Referenzen) 0.14 sec pro Spektrum IHEM/MRS-MSI (etwa 6000 Referenzen) Folie Autor J Clin Microbiol Sep;55(9):
16 Aspergillus species Entscheidungskriterien: Nutzung von Quadruplikaten und Herabsetzung des ID-Scores auf 1.7 verringert die Anzahl unidentifizierter Proben OHNE die Verlässlichkeit zu verändern. Folie Autor Front Microbiol Jun 29;8:1209. BMC Microbiol Jan 31;17(1):25.
17 Schwierige Aspergillus-Spezies Bruker Filamentous Fungi Library version 1.0 Folie Autor Diagn Microbiol Infect Dis Jan;87(1):28-31.
18 Mucorales n=111 Bruker Filamentous Fungi library v % korrekte Spezies-ID Bruker Filamentous Fungi library v1.0 plus in-house Beijing Medical University (BMU) Datenbank 81.1% Folie Autor J Clin Microbiol Feb 7. pii: JCM
19 Bruker versus Vitek MS Spezies nicht in der Datenbank Bruker: 11 Hefen, 28 filamentöse Pilze nicht in Datenbank vorhanden. Keine Misidentifikationen. Vitek MS: 6 Hefen (2 MisID), 51 filamentöse Pilze (12 Misidentifizierungen, v.a. auf Genusebene) Folie Autor PLoS One Dec 10;10(12):e
20 Weiche Faktoren Folie Autor PLoS One May 18;12(5):e
21 Candida auris In beiden IVD-Datenbanken nicht enthalten, aber in beiden RUO Bruker: komplette Extraktion ist besser! Folie Autor J Clin Microbiol Feb;55(2):
22 ID direkt aus positiven Blutkulturen Vitek MS RUO mit SARAMIS v.4.12 plus in-house Datenbank in-house Protein Extraktion: 4-ml Blut+ 0.5% Natriumlaurylsulfat Zentrifugation, Sediment waschen bis blutfrei Komplette Extraktion Quadruplikate, valide ID bei Konfidenzlevel 75% Folie Autor Med Mycol Nov 1;54(8):885-9.
23 Folie Autor ECCMID 2014
24 Proof-of-concept Studie Frage 1: Kann MALDI-TOF MS die minimale Konzentration an Voriconazol, die eine Profiländerung im Spektrum verursacht (MPCC~ MHK), bestimmen? Frage 2: Kann diese MPCC Aspergillus spp.-isolate als WT oder non-wt klassifizieren? Frage 3: Hat diese Methode Vorteile gegenüber traditioneller BMD? Folie Autor J Clin Microbiol Jul;55(7):
25 Zusammenfassung Erhöhen die Erfolgsquote: komplette Extraktion, Quadruplikate und Herabsetzung des ID-Scores auf 1.7 (Bruker) Kommerzielle Datenbanken benötigen Optimierung Zugang zu RUO-Datenbanken sollte erleichtert werden, Online Tools sind verfügbar Antimykotika-Empfindlichkeitstestung mittels MALDI-TOF MS funktioniert. Folie Autor
26 Folie Autor
27 Folie Autor
28 Vitek MS: Achtung! Folie Autor
29 Folie Autor
30 Folie Autor
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