Blitzschnell in die Tiefe

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1 Active Motif La Hulpe, Belgien Matthias Lehne Tel Amsbio Tel BioCat Heidelberg Elke Gamer Tel Epicentre Vertrieb D/A: Biozym Scientifc Monika Burbach Tel Silicon Biosystems Bologna, Italien siliconbiosystems.com Distribution: Cenibra, NOMe-Seq RapidSeq MasterMix Directional mrna Sample Prep Kit RapidSeq High Yield Directional mrna Sample Prep Kit RapidSeq MasterMix Small RNA Sample Prep Kit RapidSeq High Yield Small RNA Sample Prep Kit NxSeq DNA Sample Prep Kit 1 Mint-2 cdna Synthesis Kit Trimmer-2 cdna Normalization Kit TargetRich CRX Cancer Research Panel RapidSeq Directional mrna Sample Prep Kit RapidSeq Small RNA Sample Prep Kit Norgen PCR Purification and Primer Dimer Removal Kit ScriptSeq Complete Kits (Human/Mouse/Rat) ScriptMiner Small RNA-Seq Library Preparation Kit Ampli1 WGA Kit NGS- Roche 454 NxSeq DNA Sample Prep Kit 2 NxSeq 40kb Mate-Pair, 454, Ion Torrent Cloning Kit Adapter/PlugOligos für 454. SOLiD oder All NGS Alle NGS- - - Geeignet für alle Hoch auflösendes Einzel-Molekül Nucleosome Occupancy and Methylome Sequencing Kit Simultane Analyse der Besetzung der DNA mit Nucleosomen und DNA-bindenden Proteinen, sowie des DNA-Methylierungsprofils Untersuchung unterschiedlicher epigenetischer Modifizierungen am gleichen DNA-Strang: Nukleosom- Footprint im Kontext des DNA-Methylierungsprofils/ Transkriptionsfaktorbindung in Abhängigkeit vom Chromatin-Status Mit und ohne Aligner Einfache Arbeitsschritte Mit und ohne Aligner Automationsfähiges Protokoll Einfache Arbeitsschritte Hohe Ausbeute direktionaler NGS-Libraries Geeignet für geringe RNA-Mengen und (-Qualität) Für die Identifizierung und Quantifizierung von kurzer RNA Mit und ohne Aligner Einfache Arbeitsschritte Für die Identifizierung und Quantifizierung von kurzer RNA Mit und ohne Aligner Einfache Arbeitsschritte Geeignet für geringe RNA-Mengen und (-Qualität) 100 ng DNA-Template reichen aus Reduzierte Bildung von Chimären und / false junctions Schnelles Protokoll Ab 700,- Ab 700,- Ab 620,- Ab 620,- 290,- bis 525,- 270,- bis 487,- Für De-Novo-Komplettgenom-Sequenzierung 569,- bis Eingebaute Primerbindestellen, keine Adapterligation notwendig 1.869,- Bis zu 64% gefilterte Reads Optimierte cdna-synthese für Next Generation-Sequencing Fulllength angereicherter repräsentat. cdna Pool Schnelles Protokoll 750,- Entfernung häufiger Transkripte aus cdna-libraries 630,- Erhöhte NGS-Effiziens Keine Trennschritte nötig Krebsgen-Panel für Target-Anreicherung Deckt die zehn am häufigsten mutierten Krebsgene ab Custom Design und Service verfügbar , ,- bis Herstellung direktionaler NGS-Libraries Detektion seltener 960,- Transkripte und Splice-Isoformen Minimale Setup-Zeit FFPE RNA kompatibel Benötigt nur 100 pg total RNA 760,- Hands-on-Time unter einer Stunde DNA-Fragment-Reinigung für Next Generation-Sequencing 99,- bis 415,- > 90% Recovery Größe 100 Bp bis Bp Komplette Herstellung von RNA-Seq Libraries in nur einem Tag 1.080,- ( Direktionale Libraries typischerweise mit weniger als 3% rrna 6 Reaktionen) Reads Input ab 100 ng Gesamt-RNA, inklusive FFPE RNA 3.960,- (24) Barcode/Index-kompatibel: ScriptSeq-Index-Primer zur Herstellung von Barcode-Libraries sind separat erhältlich Kit enthält RNA-Removal-Komponente (RiboZero) Herstellung von Libraries aus mirna (auch pflanzliche mirna) und 700,- (12 anderen monophosphorylierten kleinen RNAs; wahlweise auch von Reaktionen) kleinen RNAs, die eine Cap-Struktur bzw. ein 5 Triphosphatende besitzen Strang-spezifisches Tagging der RNA ermöglicht direktionales Sequenzieren 1-5 µg Gesamt-RNA oder 100 pg Sizeselected RNA können als Startmaterial eingesetzt werden Reduziert deutlich die Adapter-Dimere in der Sequenzier-Library Amplifikationskit für die Gesamt-DNA einer einzelnen Zelle Robuste und reproduzierbare Reaktionen mit Kontrollkit Einfaches homogenes Protokoll zur Vermeidung von Template-Verlusten Für lebende oder fixierte Zellen Für beliebige nachgelagerte molekulare Analysen incl. NGS San Diego, CA (USA) Verschiedene Kits zur Herstellung von Libraries Nähere Details unter Bioo Scientific/ HiSS Diagnostics Austin, TX (USA) Freiburg NEXTflex DNA Sequencing Kit NEXTflex PCR-free DNA Sequencing Kit NEXTflex ChIP-Seq Kit GAIIx, HiSeq- 2000/1000 und MiSeq- Für 1 µg fragmentierte genomische DNA Erlaubt Magnet-Beadbasierte Aufreinigungen Bis zu 96 verschiedene Adapter erhältlich für Multiplex-Ansätze Keine Amplifikationsschritte Für 500 ng bis 3 µg fragmentierte genomische DNA Bis zu 96 verschiedene Adapter erhältlich für Multiplex-Ansätze Geeignet für Minimum 1 ng Ausgangsmaterial Bis zu 96 verschiedene Adapter erhältlich für Multiplex-Ansätze 330,- (8 Reaktionen) 1.590,- (48) 330,- (8) 1.590,- (48) NEXTflex Methyl-Seq Kit Kompatibel mit MeDIP oder MeCAP zur Ermittlung differentiell methylierter Regionen und zur Quantifizierung des Methylierungsstatus Bis zu 96 verschiedene Adapter erhältlich für Multiplex-Ansätze 76 11/2012

2 Bioo Scientific/ HiSS Diagnostics (Fortsetzung, Kontaktdaten siehe S. 76) Life Technologies/ Ion Torrent San Francisco, CA (USA) Life Technologies/ Applied Biosystems Grand Island, NY (USA) Merck Millipore New England Biolabs Frankfurt Tel (kostenfrei in DE) Tel (kostenfrei in AT) NEXTflex Bisulfite-Seq Kit NEXTflex RNA-Seq Kit NEXTflex Directional RNA- Seq Kit (dutp-based) NEXTflex Directional RNA- Seq Kit (ligation-based) NEXTflex Small RNA Sequencing Kit NEXTflex DNA-Seq Kit for Ion Torrent NEXTflex DNA-Seq Kit for SOLiD 5500 NEXTflex DNA-Seq Kit for SOLiD 4 Ion Xpress Plus Fragment Library Kit Ion Plus Fragment Library Kit Ion Plus Library Kit for Library Builder Ion Xpress Plus Library Kit for Library Builder Ion AmpliSeq Library Kit SOLiD Mate-Paired Library Kit 5500 SOLiD Fragment Library Kit SOLiD Total RNA-Seq Kit Library Builder Fragment Core Kit Library Builder Whole Transcriptome Core Kit PureGenome Kits und Reagenzien NEBNext DNA Library Prep Master Mix Set for NEBNext mrna Library Prep Master Mix Set for NEBNext ChIP-Seq Library Prep Master Mix Set for NGS- GAIIx, HiSeq- 2000/1000 und MiSeq- Life Technologies Ion Proton & Ion PGM Sequencer Life Technologies SOLiD 5500 Life Technologies SOLiD 4 Ion PGM Sequencer Ion Proton Sequencer 5500 SOLiD/W Genetic Analyzers 5500 SOLiD/W Genetic Analyzers Ilumina-kompatible Alle -NGS- Alle -NGS- Alle -NGS- Geeignet für RRBS (reduced representation bisulfite sequencing) oder genomweite Sequenzierung nach Bisulfitkonvertierung zur basengenauen Bestimmung der Methylierungsstellen Bis zu 12 verschiedene methylierte Adapter erhältlich für Multiplex-Ansätze Geeignet ab 10 ng poly-a-angereicherte RNA oder rrnaabgereicherte RNA, für längere Fragmente ( nt) Bis zu 96 verschiedene Adapter erhältlich für Multiplex-Ansätze Direktionalität wird durch Einbau von dutp bei der Zweitstrangsynthese und nachfolgenden Verdau des Uridin-enthaltenden Strangs mittels Uracil-DNA-Glycosylase erreicht Geeignet ab 10 ng poly-a-angereicherte RNA oder rrna-abgereicherte RNA, für längere Fragmente ( nt) Bis zu 96 verschiedene Adapter erhältl. f. Multiplex-Ansätze Direktionalität durch sukzessive Ligation von adenyliertem 3 Adapter und 5 Adapter Benötigt obligatorisch das NEXTflex Randomized Adapter Set Geeignet ab 10 ng poly-a-angereicherte RNA oder rrna-abgereicherte RNA, für kürzere Fragmente ( nt) Bis zu 48 verschiedene Adapter erhältlich für Multiplex-Ansätze Für die Sequenzierung von micrornas, piwi RNAs and anderen kurzen, nicht-kodierenden RNAs Bis zu 48 verschiedene Adapter erhältlich für Multiplex-Ansätze Für 10 ng - 1 µg fragmentierte genomische DNA Erlaubt Aufreinigung mittels Magnet-Beads Bis zu 64 verschiedene Adapter erhältlich für Multiplex-Ansätze Herstellung von Libraries für Ion Torrent Sequenzierer Enzymatisches Zerstückeln und Konstruktion von bis zu 20 DNA Libraries Für 10 DNA-Library-Konstruktionen Automatische Library-Konstruktion von 13 Ion Torrent-Fragment-Libraries mit Library-Builder Reagenzien für acht Amplifikations- und Librarykonstruktions- Reaktionen Ion Total RNA-Seq Kit v2 TargetSeq Custom Enrichment Kits Ion PGM Sequencer Ion Proton Sequencer 5500 SOLiD/W Genetic Analyzers RNA-basiert Library-Konstruktion von bis zu 12 Proben 100Kb - 60MB Anreicherungsskala High-density Proben Design Pre-capture Probenmultiplexing Ion TargetSeq Exome Kits Selektive, spezifische und wirtschaftliche Anreicherung von Exons und anderen Regionen des humanen Genoms Alle Reagenzien, Säulen und Gele für die Konstruktion von 12 Libraries enthalten Alle Reagenzien, Enzyme etc. für die Konstruktion von 12 Libraries enthalten RNA-basierte Library-Konstruktion von bis zu 12 Proben Für Library-Builder Minimaler Setup Bis 13 Libraries pro Lauf und 26 Libraries pro Tag Ermöglicht die Erstellung von NGS (Next Generation-Sequencing)- Bibliotheken in unter zwei Stunden Liefert bessere Ergebnisse durch maximale Ausbeute mit weniger Ausgangs-DNA und minimalem Bias Bietet höhere Genomabdeckung und mehr korrekt zugeordnete Reads Verarbeitung von Proben aus praktisch allen biologischen Flüssigkeiten, Geweben und Gewebeschnitten Integrierter NEBNext HiFi 2x Master Mix Adaptoren und Oligos separat erhältlich (s. unten) Magnetic Bead Protokolle 100% kompatibel mit Automatisierung Auch als Produkt mit Einzelkomponenten verfügbar Inkl. NGS-optimierter Reverser Transkriptase Adaptoren, Oligos und Poly A-Enrichment-Modul separat erhältlich (s. unten) Magnetic Bead Protokolle 100% kompatibel mit Automatisierung Auch als Produkt mit Einzelkomponenten verfügbar (E6100 S/L) Integrierter NEBNext HiFi 2x Master Mix zur optimalen Amplifizierung von Libraries unabhängig vom GC/AT Gehalt Adaptoren und Oligos separat erhältlich (s. unten) Magnetic Bead Protokolle 100% kompatibel mit Automatisierung 490,- (8) 2.360,- (48) 510,- (8) 1.410,- (24) 2.385,- (48) 1.260,- (24) 2.330,- (48) 170,- (8 ) 795,- (48) 320,- (8) 1.090,- (48) 320,- (8) 1.090,- (48) 788,- 526,- 750,- 1060,- 750, , ,- 768, ,- 916, ,- 350,- (12 Reaktionen) 1.400,- (60) 525,- (12) 2.100,- (60) 285,- (12) 1.140,- (60) 11/

3 New England Biolabs (Fortsetzung, Kontaktdaten siehe S. 78) NEBNext Multiplex Small RNA Library Prep Set for NEBNext Small RNA Library Prep Set for NEBNext Singleplex Oligos for NEBNext Multiplex Oligos for (Index Primer Set 1) NEBNext Multiplex Oligos for (Index Primer Set 2) NEBNext High-Fidelity 2X PCR Master Mix NEBNext DNA Library Prep Master Mix Set for 454 NEBNext Quick DNA Library Prep Master Mix Set for 454 NEBNext mrna Library Prep Master Mix Set for 454 NEBNext DNA Library Prep Master Mix Set for SOLiD NEBNext mrna Library Prep Master Mix for SOLiD NEBNext Small RNA Library Prep Reagent Set for SOLiD NEBNext ChIP-Seq Library Prep Master Mix Set for SOLiD NEBNext Multiplex Small RNA Library Prep Set for SOLiD NEBNext Fast DNA Library Prep Set for Ion Torrent NEBNext Fast DNA Frag. & Library Prep Set f. Ion Torrent NEBNext End Repair Module NEBNext da-tailing Module NEBNext Quick Ligation Module NEBNext Fill-In and ssdna Isolation Module NEBNext mrna Second Strand Synthesis Module NEBNext RNase III RNA Fragmentation Module NEBNext Magnesium RNA Fragmentation Module NEBNext Poly(A) mrna Magnetic Isolation Module NGS- Alle -NGS- Alle -NGS- Alle -NGS- Alle -NGS- Alle -NGS- Alle -NGS- Roche 454 Genome Sequencer FLX Roche 454 Genome Sequencer FLX Roche 454 Genome Sequencer FLX SOLiD 4, SOLiD 5500 (da-tailing Module separat erhältl.) SOLiD 4, SOLiD 5500 SOLiD 4, SOLiD 5500 SOLiD 4, SOLiD 5500 (da-tailing Module separat erhältl.) SOLiD 4, SOLiD 5500 Life Technologies Ion Torrent PGM Life Technologies Ion Torrent PGM Inklusive Adaptoren und 12plex Barcode-Primer Single Tube -Reaktion ohne Aufreinigungsschritte für erhöhte Ausbeuten und schnellere Protokolle Substanzielle Reduzierung von unerwünschten Adaptor-Dimeren Optional: Strang-spezifische mrna-sequenzierung Inklusive Adaptoren und Single Plex-Primer Ideal für Home Brew Barcode-e Single Tube -Reaktion ohne Aufreinigungsschritte für erhöhte Ausbeuten und schnellere Protokolle Substantielle Reduzierung von unerwünschten Adaptor-Dimeren Single Plex-Adaptor und -Primer für - Reduzierte Adaptor-Dimerisierung Erhöhte Library-Ausbeuten und Ligationseffizienz Kompatibel mit DNA, RNA und ChIP Seq- Applikationen Ideal für Home Brew Barcode-e Multiplex-Primer und -Adaptor für - Index-Primer 1-12 Reduzierte Adaptor-Dimerisierung Erhöhte Library-Ausbeuten und Ligationseffizienz Kompatibel mit DNA, RNA und ChIP Seq-Applikationen Multiplex-Primer und Adaptor für - Indexprimer Reduzierte Adaptor-Dimerisierung Erhöhte Library-Ausbeuten und Ligationseffizienz Kompatibel mit DNA, RNA und ChIP Seq-Applikationen Optimiert für fehlerfreie Amplifikation für -NGS-Libraries Exzellente Amplifikation unabhängig von AT/GC Gehalt Zuverlässiger und NGS-optimierter Master-Mix Reduzierte Hands On-Time Zeit- und Geld-Ersparnis durch das Master-Mix-Format Auch als Produkt mit Einzelkomponenten verfügbar Inkl. NGS-optimiertem cdna und Library-Modul Praktische und zuverlässige Master-Mix-Formulierung Auch als Produkt mit Einzelkomponenten verfügbar Zeit- und Geld-Ersparnis durch das Master-Mix-Format Inkl. NGS-optimierter Reverser Transkriptase Inklusive Adaptoren und 12plex Barcode-Primer Single Tube -Reaktion ohne Aufreinigungsschritte für erhöhte Ausbeuten und schnellere Protokolle Substanzielle Reduzierung von unerwünschten Adaptor- Dimeren Optional: Strang-spezifische mrna-sequenzierung Zuverlässige Master-Mix-Formulierung mit schnellen Protokollen Inklusive Adaptoren und 12plex Barcode-Primer Single Tube -Reaktion ohne Aufreinigungsschritte für erhöhte Ausbeuten und schnellere 2.240,- (32) Protokolle Substantielle Reduzierung von unerwünschten Adaptor- Dimeren Optional: Strang-spezifische mrna-sequenzierung Zuverlässige Master-Mix-Formulierung mit schnellen Protokollen 195,- (10) 790,- (50) Zuverlässige Master-Mix-Formulierung mit schnellen Protokollen Inklusive NEBNext DNA-Fragmentation-Master-Mix Größtmögliche Flexibilität durch Modulsystem Einfache Anpassung an Ihren Workflow Plattformübergreifend einsetzbar 300,- (20) 1.200,- (100) 75,- (20) 300,- (100) 295,- (20) 1.180,- (100) Größtmögliche Flexibilität durch Modulsystem Einfache Anpassung 70,- (100) an Ihren Workflow Plattformübergreifend einsetzbar Optimal bei direkter Ligation der Fragmente an ssdna- oder ssrna-adaptoren Größtmögliche Flexibilität durch Modulsystem Einfache Anpassung 45,- (200) an Ihren Workflow Plattformübergreifend einsetzbar Optimal bei subsequenter reverser Transkription und anschließender Ligation der dsdna an Adaptoren Größtmögliche Flexibilität durch Modulsystem Einfache Anpassung an Ihren Workflow Plattformübergreifend einsetzbar Optimiert für Hochdurchsatz-Anwendungen und Elution in kleinen Volumina 1.470,- (24) 4.998,- (96) 1.200,- (24) 4.080,- (96) 54,- (24) 243,- (96) 132,- (24) 480,- (96) 132,- (24) 480,- (96) 90,- (50) 360,- (200) 300,- (10) 1.200,- (50) 300,- (10) 1.200,- (50) 475,- (10) 1.900,- (50) 375,- (10) 1.500,- (50) 550,- (10) 2.200,- (50) 600,- (10) 2.400,- (50) 310,- (10) 1.240,- (50) 235,- (10) 940,- (50) 85,- (20) 340,- (100) 100,- (20) 400,- (100) 67,- (24) 242,- (96) 78 11/2012

4 Roche Diagnostics Deutschland Mannheim Tel (DE) roche.com Clontech/ Takara Bio Europe Tel (DE) Tel (CH) Tel (AT) GS FLX Titanium Rapid Library Prep Kit GS FLX Titanium Rapid Library MID Adaptors Kit GS GType HLA MR Primer Set GS GType HLA HR Primer Set GS GType RUNX1 Primer Set GS GType TET2/CBL/KRAS Primer Set SMARTer Ultra Low RNA Kit for Sequencing NGS- GA II, HiSeq, HiScanSQ und My Seq Geräte 1 Kit für die Preparation von 12 Shotgun-Libraries für die Sequen - zierung mit dem GS FLX, GSFLX+ oder - 1 Set mit 12 verschiedenen MIDs Multi-Identifier (MID) dienen als Barcode, um verschiedene Libraries zu markieren, zu amplifizieren und gemeinsam zu sequenzieren 1 Set mit HLA-Primern (4 PCR-Platten, 40 Reaktionen) für Medium Resolution HLA-Typing Set mit spezifischen PCR-Primern, die polymorphe Regionen des Human Leukocyte Antigens (HLA) abdecken Die Primer sind in PCR-Platten vorgelegt 1 Set mit HLA-Primern (4 PCR-Platten, 40 Reakt.), die zusammen m. MR- Primern f. High Resolution HLA-Typing verwendet werden Set m. spezifischen PCR-Primern, die polymorphe Regionen des Human Leukocyte Antigens (HLA) abdecken Die Primer sind in PCR-Platten vorgelegt 1 Set mit spezifischen RUNX1-Primern (4 PCR-Platten, 48 Reakt.) Set mit spezif. PCR-Primern, die als Marker für die Charakterisierung v. verschiedenen Leukämien dienen Primer sind in PCR-Platten vorgelegt 1 Set mit spezifischen TET2, CBL und KRAS-Primern (4 PCR-Platten, 12 Reaktionen) Set mit spezifischen PCR-Primern, die als Marker für die Charakterisierung von verschiedenen Leukämien dienen Die Primer sind in PCR-Platten vorgelegt Amplifikation von Full Length-cDNA Transkriptom Analyse mit 10 pg Gesamt-RNA Single-Tube-Protokoll 1.490, ,- 500,- 500,- 800,- 800, ,- (10 Reaktionen) 8.900,- (100) Next Generation Sequencing (Geräte) Fluidigm San Francisco, CA (USA) San Diego, CA (USA) Life Technologies/ Applied Biosystems Grand Island, NY (USA) Ion Torrent (Life Technologies) San Francisco, CA (USA) Name des Geräts Access Array HighSeq 2500 MiSeq Genome Analyzer IIx HiScanSQ 5500 W Series Genetic Analyzer Library Builder Ion PGM Sequencer Sequenzierungs- Technik Herstellung von Amplicon- Libraries von höchster Qualität mit geringem Arbeitsaufwand Kompatibel mit allen üblichen Sequenziersystemen HiSeq 1000 Sequenzierung durch Synthese Reversible Farbstoff-Terminatoren HighSeq 2000 HighSeq 1500 Ligation-basierte Sequenzierung (Wildfire Technology) Automation von 5500 SOLiD, Wildfire und Halbleiter-Sequenzierung Halbleiter-Sequenzierung Leseweiten Datenmenge pro Lauf Microfluidik-Plattform, die 48 Proben mit jeweils 48 Primersets kombiniert Dabei werden PCR-Reaktionen mit weniger als 50 ng DNA pro Probe simultan in einem Lauf durchgeführt 2 x 100 Bp 300 GB 2 x 100 Bp 600 GB Schneller Lauf: 2 x 150 Bp; 60 GB Hoher Output: 2 x 100 Bp; 300 GB Schneller Lauf: 2 x 150 Bp; 120 GB Hoher Output: 2 x 100 Bp; 600 GB 2 x 250 Bp 7,5-8,5 GB 2 x 150 Bp 95 GB 2 x 100 Bp 150 GB 75 Bp paired end 50 x 50 (Dezember 2012), mate pair 2 x 60 (Dezember 2012) bis zu 380 Gb pro Lauf Stellt bis zu 13 Libraries pro Tag her 400 Bp Leseweite 10 MB (Ion 314 chip) in 2-3 h 100 MB (Ion 316 chip) in 2-3 h 1000 MB (Ion 318chip) in 2-3 h Sonstiges, Besonderheiten, Allgemeines Entwickelt für Targeted Resequencing Offene Plattform, unterstützt alle Spezies und Sequenzieranwendungen Flexiblität: Kompatibilität zu den meistbenutzten Sequenzierplattformen Geringere Kosten pro Probe ermöglichen große Studien Pay-per-lane und Application-per-lane-Sequenzierung Direkte library amplification auf Flowchip in 2 Stunden 36 Exome pro Lauf bei 100x Coverage 96 Barcodierung verfügbar Upgrade auf Wildfire -Konfiguration für 5500 Series Genetic Analyzer möglich Halbautomatisches, das DNA-Fragment ,- und RNA-Libraries generiert Kompatibel mit Ion Torrent, SOLiD und Wildfire Chemie Einfacher Upgrade auf DNA- and RNA-Reinigung Benchtop-Sequenzierer Drei Chip-Optionen ,- (kleinster Chip 10Mb) Benötigt keine Optik incl. Server Mehrheit der Basen bei Q30 Lokale und Cloud-basierte Datenanalyse 11/

5 Next Generation Sequencing (Geräte) Ion Torrent (Life Technologies) (Fortsetzung, Kontakt - daten siehe S. 81) Roche Diagnostics Deutschland Mannheim Tel service.sequencing@ roche.com Name des Geräts Ion Proton Sequencer Ion Chef GS FLX+ Sequenzierungs- Technik Halbleiter-Sequenzierung Automation der Halbleiter- Sequenzierung Hochparallele Pyrosequenzierung Hochparallele Pyrosequenzierung Leseweiten Datenmenge pro Lauf Gegenwärtig 200 Bp bis zu 10 Gb (PI Chip) in 2-3 h, ~60 Gb (PII Chip, verfügbar ab Anfang 2013), ~120 Gb (PIII Chip, verfügbar 2013) Automatische Templat-Herstellung und Chip Beladung Lange Leseweiten, 700 Basen Modal Read Length 1 Mio Reads pro Lauf mit 700 Mb Durchsatz Lange Leseweiten, 500 Basen Modal Read Length Reads pro Lauf mit 40 Mb Durchsatz Sonstiges, Besonderheiten, Allgemeines Seit Oktober 2012 auf dem Markt Schnelle Benchtop-Sequenzierung von Genomen Je nach Chip drei Durchsatzoptionen Einfache Sequenzierungs-Chemie Exom & Genomsequenzierung in 2-4 stündigen Sequenzierungs-Läufen Lieferbar ab 2013 Lange Reads ideal für Transkriptom-Sequen - zierung, Metagenom-Analysen und Amplicon- Sequenzierung Genauigkeit Einfache Bioinformatik Benchtop Lange Reads ideal für De-Novo-Sequenzierung oder Resequenzierung von Mikroorganismen, Transkriptom-Sequen - zierung, Metagenom Analysen und Amplicon- Sequenzierung 99.99% Genauigkeit Einfache Bioinformatik ,- (inkl. Server) Next Generation Sequencing (Service) Active Motif La Hulpe, Belgien Bianca Garms Tel garms@activemotif.com BioCat Heidelberg Elke Gamer Tel gamer@biocat.com Verfügbare NGS- HiSeq ChIP-Seq, MeDIP-Seq, hmedip Seq, MethylCollectorUltra-Seq, Targeted Next-Gen Bisulfite Seq shrna Screens mit gepoolten shrna Libraries Kompletter Anfang-bis-Ende Service Inkl. Chromatin-IP/(h)MeDIP, MBD-Protein-Präzipitation Inkl. strenger Qualitätskontrollen Inkl. Next Gen-Sequenzierung Inkl. gründlicher Datenanalyse, barcodierte Libraries Kompletter Service beinhaltet: Barcode-Amplifikation und Enumeration, HT-Sequenzierung (), Sequenz-Datenanalyse Anwendungen 3.550,- bis 6.000,- (je Probe) 2.000,- (Cell pellet) GATC Biotech Konstanz Tel customerservice@ gatc-biotech.com GENterprise Mainz Tel info@genterprise.de IMGM Laboratories Martinsried Tel info@imgm.com LGC Genomics / KBioscience Tel ngs@lgcgenomics.com Roche GS FLX HiSeq 2000 PacBio RS HiSeq2000 Roche 454 (, GS FLX, GS FLX+), (MiSeq), Ion Torrent (PGM) Roche 454, illumina HiSeq2000, illumina MiSeq De novo-sequenzierung Re- Sequenzierung Targeted (re)- sequencing Methylom- / Epigenom-Studien ChIP-Seq De-Novo-Sequenzierung & Re- Sequenzierung eukaryotischer / prokaryotischer cdna SmallRNA / microrna gdna Sequencing, Gene Regulation Analysis, Sequencing-Based Transcriptome Analysis, SNP Discovery and Structural Variation Analysis, Cytogenetic Analysis, DNA-Protein Interaction Analysis, Exome Enrichment, Sequencing- Based Methylation Analysis, etc. Metagenomics, Targeted Resequencing (Amplikon- und Hybridisierungs-basiertes Target Enrichment), Whole Genome Resequencing, De novo- Sequencing Alle Standardanwendungen inkl. 16S Analysis, Metagenomics, Mitochondriale Genome, Geno - typisierung, Amplikon-basierte Target-Resequenzierung All-in-one Services: Probenvorbereitung, Sequenzierung und Bioinformatik Anbieter von Multiplattform-Sequenzierstrategien; u.a. auch Hybridstrategien unter Verwendung der PacBio RS und Roche GS FLX für lange Contigs Zertifizierter Serviceanbieter: ISO 9001:2000, CSPro (), CSP (Agilent Technologies), HiSeq und Roche GS FLX- akkreditiert durch die DAkkS nach ISO/IEC17025 Vollautomatisierte und LIMS-gesteuerte Arbeitsabläufe, Probenprozessierung mit Barcode-Labels Library-Konstruktion für Next Generation Sequencing Bioinformatik NGS Libraries, DNA-Libraries RNA Libraries HiSeq2000 Sequencing (1 x 50, 1 x 100, 2 x 100 Basenpaare) Detailliertere Metagenomics-Analyse der in den untersuchten Proben vorhandenen Spezies mittels GS FLX+-Technologie Persönlicher Projektmanager Outsourcing in Teilen oder als kompletter Workflow möglich, von der DNA-Isolierung bis hin zur bioinformatischen Datenauswertung Auswahl der passenden NGS-Plattform, je nach Applikation und Projektumfang DNA- / RNA-Extraktion (niederer und hoher Durchsatz) 96/384/1536 Format (multicopy, medium & high throughput) Biobanking KASPTM-Genotypisierung Ab 110,- (NGS) Ab 310,- (DNA) Ab 2.100,- (1x50) Ab 2.600,- (1x100) Ab 3.200,- (2x100) Applikations - abhängig StarSEQ Mainz Tel info@starseq.com MiSeq Krebspanel, Multiplexed PCR Amplicon Sequencing, Targeted Resequencing, Hybrid Capture, etc. Cancer Panel Reference Lab NGS Library Construction Service Bioinformatik Ab 1.290,- (1 x 50 Bp; 850 Mb) ab 1.590,- (2 x 150 Bp; 5,1 Gb) 1.850,- (2 x 250 Bp; 8,5 Gb) 80 11/2012

6 In Laborjournal 11/2012 fehlten in der Next Generation Sequencing die Produkte der Firma Peqlab. Hier sind sie: Peqlab Biotechnologie Erlangen Florian Bundis Tel KAPA Library Prep KAPA Library Prep Real-Time KAPAHiFi Library Amp KAPAHiFi Library Amp Real-Time KAPAHiFi Uracil+ KAPA Library Quant SOLiD KAPA Library Quant Ion Torrent NGS- Alle NGS- KAPA Library Quant KAPA Library Quant 454 FLX/Lib-A KAPA Library Quant 454 Titanium/Lib-L Alle NGS- Alle NGS- Alle NGS- Roche 454 FLX- u. 454 Titanium Ampli - con-bibliotheken mit Lib-A-Adaptern Roche 454 Titanium-Bibliotheken mit Lib-L-Adaptern ABI SOLiD Ion Torrent PGM und Proton Enthält alle Enzyme und Reaktionspuffer Enthält alle Enzyme und Reaktionspuffer Antikörperbasierte HotStart Proofreading-DNA-Polymerase Wie oben, aber Amplifikation über Proofreading-Real-Time-PCR Uraciltolerante Proofreading-DNA-Polymerasen Auf Real Time-PCR basier. Quantifizierung v. NGS-Bibliotheken 11/