MRE-Typisierungsmethoden

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1 MRE-Typisierungsmethoden AG Krankenhaushygiene im Bezirksamt Tempelhof-Schöneberg von Berlin

2 RESISTOGRAMME DIREKTVERGLEICH 2

3 PULSFELDGELELEKTROPHORESE (PFGE) 3

4 PULSFELDGELELEKTROPHORESE (PFGE) Tenover 1995: Interpreting Chromosomal DNA Restriction Patterns Produced by Pulsed-Field Gel Electrophoresis: Criteria for Bacterial Strain Typing 4

5 SEQUENZBASIERTE METHODEN Zahlencode, Vorteil: - Schnelle Technik - Keine subjektive Interpretation, computergestützte Auswertung - Vergleichbarkeit zwischen verschiedenen Zeitpunkten - Vergleichbarkeit zwischen verschiedenen Laboren - Zentrale Datenbanken möglich - Gut abspeicherbar 5

6 SEQUENZBASIERTE METHODEN: SPA-TYPISIERUNG spa-gen: Protein A DNA Sich wiederholende Sequenzen Spa-Typisierung MLST cgmlst Ganzgenomsequenzierung 6

7 SEQUENZBASIERTE METHODEN: SPA-TYPISIERUNG Grobe Einteilung möglich: Spa-Typisierung MLST cgmlst U. Vogel

8 SEQUENZBASIERTE METHODEN: MLST DNA Core genome (in allen Stämmen vorhanden) 8

9 SEQUENZBASIERTE METHODEN: MLST Core genome (in allen Stämmen vorhanden) Housekeeping genes : - Nicht regulierte Gene - unabhängig vom Zelltyp und von äußeren Einflüssen exprimiert - typischerweise Grundstoffwechsel 9

10 SEQUENZBASIERTE METHODEN: MLST Core genome (in allen Stämmen vorhanden) Housekeeping genes 10

11 SEQUENZBASIERTE METHODEN: MLST MLST Multilocus sequence typing Ca. 7 Gene -> Globale Evolutionsanalysen 11

12 SEQUENZBASIERTE METHODEN: MLST MLST Multilocus sequence typing cgmlst Core genome MLST Ganzgenomsequenzierung Ca. 7 Gene Ca Gene MRSA: ungefähr eine Punktmutation im Monat Diese ist in cgmlst bereits sichtbar -> Globale Evolutionsanalysen Auch variable Elemente typisiert und verglichen -> sehr genau

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14 Screenshot Vortrag Guido Werner, NRZ Staphylokokken und Enterokokken Zur Situation bei MRSA und VRE aus: Strommenger et al., unpublished 14

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17 Hygienecenter vor einem Zimmer - Pflegezentrale Eimerdeckel - Fahrbare elektronische Patientenakte - Tee-/Wasserwagen für Angehörige - Pflegeschrank eines Zimmers, innen 17

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21 Studienintervall I: Studienintervall II: Ganzgenomsequenzierung von: - MRSA - VRE MRGN e. coli MRGN p. aeruginosa Aufhebung der Isolierung von Patienten mit 3 MRGN in Risikobereichen 21

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23 *HERR CE: Additional costs for preventing the spread of methicillin-resistant Staphylococcus aureus and a strategy for reducing these 23 costs on a surgical ward. Infect Control Hosp Epidemiol Sep;24(9): ,09 pro Patientenisolat für WGS 70,4% Verbrauchsmaterialien 19,9% Hardwareabschreibung und Softwarekosten 9,7% Laborkosten Kosten pro Intervall für WGS: Intervall I: ,84 Intervall II: ,88 Gegenrechnung: Kostenberechnung bei MRE nach Herr 2003*: 371,95 /Isobett/d Intervall II: 56 Patienten auf Risikostationen mit 3MRGN über 17,9 Tage bei Bettenauslastung von 85,3%: Anfallende Kosten ,37

24 Fazit WGS: schnelles, auswertbares, vergleichbares Werkzeug Differenzierung zufällige Häufung/realer Ausbruch A priori-isolierung verhindert nicht die Übertragung Nicht mehr Übertragungen im Risikobereich bei Nicht- Isolierung (Ressourcen!) The Lancet, 2014, Fätkenheuer: Screening and isolation to control meticillin-resistant Staphylococcus aureus: sense, nonsense, and evidence 24

25 Fazit WGS: schnelles, auswertbares, vergleichbares Werkzeug Differenzierung zufällige Häufung/realer Ausbruch A priori-isolierung verhindert nicht die Übertragung Nicht mehr Übertragungen im Risikobereich bei Nicht- Isolierung (Ressourcen!) Kosteneffizient 25